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- PDB-5gmu: Crystal structure of chorismate mutase like domain of bifunctiona... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5gmu
タイトルCrystal structure of chorismate mutase like domain of bifunctional DAHP synthase of Bacillus subtilis in complex with Chlorogenic acid
要素Protein AroA(G)
キーワードISOMERASE (異性化酵素) / Type II chorismate mutase / CML domain / Bifunctional DAHP synthase / Chlorogenic acid (クロロゲン酸)
機能・相同性
機能・相同性情報


chorismate mutase / chorismate mutase activity / 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase / 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase activity / aldehyde-lyase activity / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Chorismate mutase, Firmicutes/Deinococcus / Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase, subtype 2 / Chorismate mutase / Chorismate mutase domain superfamily / Chorismate Mutase Domain, subunit A / Chorismate mutase II, prokaryotic-type / Chorismate mutase type II / Chorismate mutase domain profile. / Chorismate mutase type II / DAHP synthetase I/KDSA ...Chorismate mutase, Firmicutes/Deinococcus / Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase, subtype 2 / Chorismate mutase / Chorismate mutase domain superfamily / Chorismate Mutase Domain, subunit A / Chorismate mutase II, prokaryotic-type / Chorismate mutase type II / Chorismate mutase domain profile. / Chorismate mutase type II / DAHP synthetase I/KDSA / DAHP synthetase I family / Aldolase-type TIM barrel / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-7LH / Protein AroA(G)
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Pratap, S. / Dev, A. / Sharma, V. / Yadav, R. / Narwal, M. / Tomar, S. / Kumar, P.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Structure of Chorismate Mutase-like Domain of DAHPS from Bacillus subtilis Complexed with Novel Inhibitor Reveals Conformational Plasticity of Active Site.
著者: Pratap, S. / Dev, A. / Kumar, V. / Yadav, R. / Narwal, M. / Tomar, S. / Kumar, P.
履歴
登録2016年7月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年7月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein AroA(G)
B: Protein AroA(G)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,6705
ポリマ－20,8622
非ポリマー8093
水2,090116
1
A: Protein AroA(G)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,8833
ポリマ－10,4311
非ポリマー4522
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area170 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area6930 Å2
手法PISA
2
B: Protein AroA(G)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,7872
ポリマ－10,4311
非ポリマー3561
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area6990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)35.685, 47.049, 56.797
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.23, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 0 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Refine code: 0 / Auth seq-ID: 4 - 87 / Label seq-ID: 4 - 87

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 Protein AroA(G)


分子量: 10430.755 Da / 分子数: 2
断片: Chorismate Mutase type II like domain, UNP residues 1-90
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: aroA, BSU29750
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
株 (発現宿主): BL21-Gold(DE3)pLysS AG / 参照: UniProt: P39912, chorismate mutase
#2: 化合物 ChemComp-7LH / (1R,3R,4S,5R)-3-[3-[3,4-bis(oxidanyl)phenyl]propanoyloxy]-1,4,5-tris(oxidanyl)cyclohexane-1-carboxylic acid


分子量: 356.325 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H20O9
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 116 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.65 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.2M Potassium sodium tartrate tetrahydrate, 0.1M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.6, 2.0M Ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR-H / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2015年5月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 16372 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 24.58
反射 シェル解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.266 / Mean I/σ(I) obs: 3.76 / CC1/2: 0.926 / % possible all: 88

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0151精密化
HKL-2000data processing
SCALAデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3NVT

3nvt


解像度: 1.8→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 4.897 / SU ML: 0.079 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.137 / ESU R Free: 0.129 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21523 875 5.3 %RANDOM
Rwork0.17514 ---
obs0.17728 15497 97.84 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å
原子変位パラメータBiso mean: 32.143 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.74 Å20 Å2-1.81 Å2
2--0.23 Å20 Å2
3---1.37 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.8→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1391 0 55 116 1562
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0191524
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021454
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7692.0092060
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.94233351
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8445182
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.9726.32287
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.43115299
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.861510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.2222
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.021740
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02332
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.1951.708710
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.1281.705709
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.0592.529892
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.0582.531893
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.4232.216814
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.3222.149756
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.0073.0721084
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.69523.2641828
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.77422.0891726
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 5048 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.13 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 1.803→1.85 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.275 51 -
Rwork0.261 1031 -
obs--88.91 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.9252-0.45770.1442.2274-0.14812.91530.02410.0610.05920.0233-0.0614-0.0305-0.04640.03750.03730.0405-0.02250.02420.0319-0.00750.01821.471-1.19513.882
21.49230.09990.38921.95441.45623.2236-0.0037-0.16930.0630.2307-0.0302-0.03270.1254-0.03140.03380.0820.00620.02810.04130.00610.02773.955-1.35621.957
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A4 - 88
2X-RAY DIFFRACTION2B2 - 88

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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