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万見
- PDB-5gaj: Solution NMR structure of De novo designed PLOOP2X3_50 fold prote... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5gaj
タイトルSolution NMR structure of De novo designed PLOOP2X3_50 fold protein, Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) target OR258
要素DE NOVO DESIGNED PROTEIN OR258
キーワードDE NOVO PROTEIN (De novo) / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG / PSI-Biology
機能・相同性Rossmann fold - #11230 / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法溶液NMR / molecular dynamics
データ登録者Liu, G. / Castelllanos, J. / Koga, R. / Koga, N. / Xiao, R. / Pederson, K. / Janjua, H. / Kohan, E. / Acton, T.B. / Kornhaber, G. ...Liu, G. / Castelllanos, J. / Koga, R. / Koga, N. / Xiao, R. / Pederson, K. / Janjua, H. / Kohan, E. / Acton, T.B. / Kornhaber, G. / Everett, J. / Baker, D. / Montelione, G.T. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Solution NMR structure De novo designed PLOOP2X3_50 fold protein, Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) target OR258
著者: Liu, G. / Montelione, G.T.
履歴
登録2015年12月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年1月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Structure summary
カテゴリ: database_2 / entity ...database_2 / entity / pdbx_database_status / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_prerelease_seq
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_number_of_molecules / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DE NOVO DESIGNED PROTEIN OR258


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,7691
ポリマ－15,7691
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 DE NOVO DESIGNED PROTEIN OR258


分子量: 15769.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌)

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic13D simutalneous 13C-aromatic, 13C-aliphatic, 15N edited 1H-1H NOESY
121isotropic13D 1H-13C NOESY aromatic
131isotropic13D HN(CA)CB
141isotropic13D CCH-TOCSY
151isotropic12D 1H-15N HSQC
161isotropic12D 1H-13C HSQC aliphatic
172isotropic12D 1H-13C HSQC methyl

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
solution10.89 mM [U-13C; U-15N] OR258, 5 mM DTT, 100 mM sodium chloride, 10 mM TRIS-HCl, 0.02 % sodium azide, 90% H2O/10% D2OLow Salt - 5 mM DTT 100 mM NaCl 10 mM Tris-HCl pH 7.5 0.02 % NaN3NC_sample90% H2O/10% D2O
solution20.89 mM [5%-13C; U-15N] OR258, 5 mM DTT, 100 mM sodium chloride, 10 mM TRIS-HCl, 0.02 % sodium azide, 90% H2O/10% D2OLow Salt - 5 mM DTT 100 mM NaCl 10 mM Tris-HCl pH 7.5 0.02 % NaN3NC5_sample90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.89 mMOR258[U-13C; U-15N]1
5 mMDTTnatural abundance1
100 mMsodium chloridenatural abundance1
10 mMTRIS-HClnatural abundance1
0.02 %sodium azidenatural abundance1
0.89 mMOR258[5%-13C; U-15N]2
5 mMDTTnatural abundance2
100 mMsodium chloridenatural abundance2
10 mMTRIS-HClnatural abundance2
0.02 %sodium azidenatural abundance2
試料状態イオン強度: 115 mM / Label: conditions_1 / pH: 7.5 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
AutoAssignZimmerman, Moseley, Kulikowski and Montelionechemical shift assignment
XEASYBartels et al.peak picking
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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