PDB-5f9c: Crystal structure of the G121R mutant of human phosphoglucomutase 1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5f9c

タイトル

Crystal structure of the G121R mutant of human phosphoglucomutase 1

要素

Phosphoglucomutase-1

PGM1

キーワード

ISOMERASE (異性化酵素) / isomerase metabolism

機能・相同性

機能・相同性情報

Defective PGM1 causes PGM1-CDG / Galactose catabolism / phosphoglucomutase (alpha-D-glucose-1,6-bisphosphate-dependent) /

phosphoglucomutase activity / Glycogen breakdown (glycogenolysis) /

グリコーゲン合成 /

糖新生 / glycolytic process / glucose metabolic process / tertiary granule lumen ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Beamer, L.J.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2016
タイトル: Induced Structural Disorder as a Molecular Mechanism for Enzyme Dysfunction in Phosphoglucomutase 1 Deficiency.
著者: Stiers, K.M. / Kain, B.N. / Graham, A.C. / Beamer, L.J.

履歴

登録	2015年12月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年4月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月22日	Group: Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: citation / pdbx_struct_oper_list / software Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5f9c.cif.gz	426.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5f9c.ent.gz	351.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5f9c.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f9/5f9c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f9/5f9c	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5epcSC 5hshC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4oes-d 2xja-3 3pmg-1 4dcx-1 1uiu-2 1jdy-2 4dcy-1 4ow6-1 4qfk-2 4qfk-7 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (1) #28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Phosphoglucomutase-1

B: Phosphoglucomutase-1

ヘテロ分子

124 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Phosphoglucomutase-1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
62.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Phosphoglucomutase-1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
62.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	171.980, 171.980, 99.900
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	Phosphoglucomutase-1 / PGM1 / PGM 1 / Glucose phosphomutase 1 分子量: 61619.027 Da / 分子数: 2 / 変異: G121R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PGM1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P36871, phosphoglucomutase (alpha-D-glucose-1,6-bisphosphate-dependent)
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 80 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.97 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.65 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 1.5 M ammonium sulfate with 0.15 lithium sulfate and 0.1 CAPS buffer, pH 10.5 PH範囲: 10.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1.00001 Å
検出器	タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2015年10月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.00001 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.35→60.943 Å / Num. obs: 71761 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 14.1 % / B_iso Wilson estimate: 55.3 Å² / R_merge(I) obs: 0.123 / Net I/σ(I): 16.5
反射シェル	解像度: 2.35→2.41 Å / 冗長度: 12.4 % / R_merge(I) obs: 3.101 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング

精密化

開始モデル: 5EPC

5epc

解像度: 2.5→60.943 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 28.33 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2427	4983	5.04 %
R_work	0.1918	-	-
obs	0.1944	71761	99.8 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→60.943 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8051	0	59	80	8190

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	8249
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.125	11205
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.288	2879
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.046	1294
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1451

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5-2.5284	0.3283	141	0.3367	3127	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5284-2.5582	0.3445	151	0.3181	3134	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5582-2.5894	0.3918	162	0.3245	3073	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5894-2.6221	0.3161	181	0.3225	3118	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6221-2.6567	0.3615	196	0.3161	3095	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6567-2.693	0.3598	173	0.3095	3128	X-RAY DIFFRACTION	100
2.693-2.7315	0.3412	195	0.2965	3081	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7315-2.7723	0.3708	154	0.2877	3170	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7723-2.8156	0.3311	139	0.2735	3115	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8156-2.8618	0.3626	172	0.2705	3140	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8618-2.9111	0.3442	154	0.2696	3116	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9111-2.9641	0.269	175	0.2616	3148	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9641-3.0211	0.3124	182	0.2412	3120	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0211-3.0827	0.3069	165	0.2431	3108	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0827-3.1498	0.3306	148	0.2347	3146	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1498-3.223	0.3176	157	0.2223	3160	X-RAY DIFFRACTION	100
3.223-3.3036	0.2356	184	0.2021	3112	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3036-3.3929	0.2742	148	0.2177	3142	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3929-3.4928	0.2303	177	0.1872	3140	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4928-3.6055	0.2308	166	0.1786	3136	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6055-3.7343	0.2246	155	0.1752	3134	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7343-3.8838	0.2017	209	0.1569	3092	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8838-4.0605	0.2023	145	0.155	3160	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0605-4.2746	0.1883	122	0.1467	3168	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2746-4.5423	0.1878	185	0.1354	3130	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5423-4.8929	0.2262	193	0.139	3103	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8929-5.385	0.1986	173	0.1563	3143	X-RAY DIFFRACTION	100
5.385-6.1636	0.2597	141	0.1833	3149	X-RAY DIFFRACTION	100
6.1636-7.763	0.2046	168	0.1788	3135	X-RAY DIFFRACTION	100
7.763-60.9609	0.1716	172	0.1468	3120	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.3022	-1.5523	0.0261	4.2803	1.0328	4.0445	-0.1581	-0.2597	-0.1301	0.7818	0.5066	-0.4487	1.3199	0.4994	-0.283	0.8044	0.0716	-0.1182	0.5431	-0.0984	0.3743	33.9727	-70.9577	1.5094
2	4.6391	-0.1106	-0.6766	4.3957	2.3795	3.3417	0.1351	0.2432	0.4305	-0.6226	0.406	-0.9328	-0.8144	0.6208	-0.4324	0.5876	-0.1845	0.2147	0.5634	-0.0651	0.5562	34.0374	-42.7519	-5.0522
3	3.1061	1.4201	1.3239	3.4728	1.3969	4.666	0.1233	-0.5049	0.1179	0.3481	-0.1709	0.1178	0.0052	-0.6013	0.048	0.2439	0.0191	-0.0155	0.4265	-0.0134	0.3141	19.2943	-42.7634	15.5257
4	3.0478	1.1484	-1.0815	2.9586	-0.1608	5.8199	-0.5455	1.0959	-0.0805	-0.7519	0.667	0.3889	1.3333	-1.704	-0.0818	0.948	-0.345	-0.1433	1.3452	0.085	0.4262	-27.0407	-62.0075	-11.0556
5	3.9646	1.6936	-2.0148	5.2125	-2.1433	4.6044	0.0519	0.2676	0.8419	0.0157	0.6642	1.1825	-1.0411	-1.1041	-0.599	0.6832	0.2543	0.0954	0.8611	0.2024	0.6989	-19.7833	-34.8097	-4.496
6	3.083	-0.4708	-1.1092	2.4398	-0.4107	6.4307	0.0139	1.3113	0.2966	-0.6885	0.2705	-0.0311	-0.2691	-0.2661	-0.1494	0.5981	-0.1207	-0.0741	1.2141	0.1162	0.4043	-5.8572	-39.0853	-25.6625

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 202 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 203 through 293 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 294 through 562 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 2 through 202 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 203 through 293 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 294 through 562 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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