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- PDB-5f7h: Human T-cell immunoglobulin and mucin domain protein 4 (hTIM-4) c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5f7h
タイトルHuman T-cell immunoglobulin and mucin domain protein 4 (hTIM-4) complex with phosphoserine
要素T-cell immunoglobulin and mucin domain-containing protein 4
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / complex / hTIM-4 / phosphoserine (ホスホセリン)
機能・相同性
機能・相同性情報


cytoskeletal rearrangement involved in phagocytosis, engulfment / apoptotic cell clearance / phosphatidylserine binding / extracellular region / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / 抗体 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / 抗体 / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like ...Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / 抗体 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / 抗体 / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ホスホセリン / T-cell immunoglobulin and mucin domain-containing protein 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Gao, G.F. / Lu, G. / Wang, H. / Qi, J.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China81590761 中国
Strategic Priority Research Program of the Chinese Academy of SciencesXDB08020100 中国
引用ジャーナル: Chin.Sci.Bull. / 年: 2015
タイトル: Crystal structures of human TIM members: Ebolavirus entry-enhancing receptors
著者: Wang, H. / Qi, J.X. / Liu, N.N.
履歴
登録2015年12月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年2月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_conn_type
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: T-cell immunoglobulin and mucin domain-containing protein 4
A: T-cell immunoglobulin and mucin domain-containing protein 4
C: T-cell immunoglobulin and mucin domain-containing protein 4
D: T-cell immunoglobulin and mucin domain-containing protein 4
E: T-cell immunoglobulin and mucin domain-containing protein 4
F: T-cell immunoglobulin and mucin domain-containing protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,35618
ポリマ－76,0056
非ポリマー1,35112
水2,090116
1
B: T-cell immunoglobulin and mucin domain-containing protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,8933
ポリマ－12,6671
非ポリマー2252
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: T-cell immunoglobulin and mucin domain-containing protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,8933
ポリマ－12,6671
非ポリマー2252
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: T-cell immunoglobulin and mucin domain-containing protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,8933
ポリマ－12,6671
非ポリマー2252
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: T-cell immunoglobulin and mucin domain-containing protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,8933
ポリマ－12,6671
非ポリマー2252
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: T-cell immunoglobulin and mucin domain-containing protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,8933
ポリマ－12,6671
非ポリマー2252
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: T-cell immunoglobulin and mucin domain-containing protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,8933
ポリマ－12,6671
非ポリマー2252
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)212.444, 65.034, 68.851
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.55, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
T-cell immunoglobulin and mucin domain-containing protein 4 / TIMD-4 / T-cell immunoglobulin mucin receptor 4 / TIM-4 / T-cell membrane protein 4


分子量: 12667.476 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP residues 24-134 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TIMD4, TIM4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q96H15
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物
ChemComp-SEP / PHOSPHOSERINE / PHOSPHONOSERINE / L-ホスホセリン / ホスホセリン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 185.072 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8NO6P
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 116 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.54 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: hTIM-4 crystals were soaked in reservoir solution with the addition of 20 mM O-Phospho-L-serine (sigma-aldrich) and 5 mM CaCl2 for 20 h.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年5月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 30954 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.116 / Rsym value: 0.116 / Net I/σ(I): 12.143
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.81 / Mean I/σ(I) obs: 1.333 / Rsym value: 0.81 / % possible all: 95.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000data processing
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
PHENIX1.8.2_1309精密化
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3BI9

3bi9


解像度: 2.5→48.216 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 32.29 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.278 1427 4.61 %
Rwork0.2097 --
obs0.2128 30928 98.58 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→48.216 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5268 0 72 116 5456
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0085462
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.287384
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.0752012
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.075828
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005936
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.492-2.5810.41641420.3452688X-RAY DIFFRACTION91
2.581-2.68440.41571720.30162857X-RAY DIFFRACTION98
2.6844-2.80650.33831510.26952911X-RAY DIFFRACTION99
2.8065-2.95450.3481380.24122998X-RAY DIFFRACTION100
2.9545-3.13960.30821320.23862996X-RAY DIFFRACTION100
3.1396-3.38190.2731620.20212948X-RAY DIFFRACTION100
3.3819-3.72210.23861380.18722972X-RAY DIFFRACTION100
3.7221-4.26040.27781280.18643032X-RAY DIFFRACTION100
4.2604-5.36660.21481130.17073034X-RAY DIFFRACTION100
5.3666-48.2250.24261510.2043065X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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