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- PDB-2nvn: Crystal structure of a protein with a cupin-like fold and unknown... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2nvn
タイトルCrystal structure of a protein with a cupin-like fold and unknown function (YP_400729.1) from Synechococcus SP. PCC 7942 (Elongatus) at 2.50 A resolution
要素Hypothetical protein
キーワードStructural Genomics/Unknown function / YP_400729.1 / hypothetical protein / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Structural Genomics-Unknown function COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Protein of unknown function DUF1818 / Domain of unknown function (DUF1818) / Transcriptional Coactivator Pc4; Chain A / ssDNA-binding transcriptional regulator / Transcriptional Co-activator pc4; Chain A / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DUF1818 domain-containing protein / Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Synechococcus elongatus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of hypothetical protein (YP_400729.1) from Synechococcus SP. PCC 7942 (Elongatus) at 2.50 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2006年11月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年12月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42023年1月25日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年11月13日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 300 BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 ... BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 CHAIN(S). SEE REMARK 350 FOR INFORMATION ON GENERATING THE BIOLOGICAL MOLECULE(S). ASSIGNMENT OF BIOMOLECULE AS A DIMER IS BASED UPON EBI/PISA ANALYSIS.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypothetical protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,6242
ポリマ－13,5321
非ポリマー921
水66737
1
A: Hypothetical protein
ヘテロ分子

A: Hypothetical protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,2484
ポリマ－27,0642
非ポリマー1842
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_556y,x,-z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)82.180, 82.180, 80.500
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Hypothetical protein


分子量: 13531.932 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Synechococcus elongatus (バクテリア)
株: PCC 7942 / 遺伝子: YP_400729.1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5MZF1, UniProt: Q31MH7*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.5 %
結晶化温度: 277 K / pH: 8
詳細: 2.5M NaCl, 0.1M Imidazole, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, NANODROP, temperature 277K, pH 8.00

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.9805
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年10月9日 / 詳細: FIXED-HEIGHT EXIT BEAM, TOROIDAL FOCUSING MIRROR
放射モノクロメーター: DOUBLE-CRYSTAL SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9805 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→29.05 Å / Num. obs: 10011 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6.88 % / Biso Wilson estimate: 71.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 13.56
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / Rmerge(I) obs: 0.797 / Mean I/σ(I) obs: 1.63 / % possible all: 97.7

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MolProbity3beta29モデル構築
SHELX位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT2データ抽出
XDSデータ削減
SHELXD位相決定
autoSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.5→29.05 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 15.45 / SU ML: 0.166 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.223 / ESU R Free: 0.186
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 3. ATOM RECORDS CONTAIN RESIDUAL B FACTORS ONLY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.227 478 4.8 %RANDOM
Rwork0.208 ---
obs0.209 9972 99.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.66 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.14 Å20 Å20 Å2
2---1.14 Å20 Å2
3---2.28 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→29.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数930 0 6 37 973
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.022971
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.02649
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8231.9621326
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.47931568
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1265124
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.16922.95544
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.18915151
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.3811510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1080.2149
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021098
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02207
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1810.2152
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1460.2583
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1620.2427
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0790.2532
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1380.228
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.0980.29
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2160.239
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0810.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8631.5703
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1361.5246
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.1312964
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.7483413
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.6534.5360
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.57 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.435 31 -
Rwork0.381 709 -
obs--100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 13.618 Å / Origin y: 23.488 Å / Origin z: 29.814 Å
111213212223313233
T0.3425 Å2-0.0992 Å2-0.0374 Å2-0.3513 Å20.0163 Å2--0.0305 Å2
L3.6133 °2-1.112 °22.1403 °2-5.6788 °2-3.1778 °2--5.5905 °2
S0.2312 Å °0.1975 Å °-0.2486 Å °-0.6194 Å °0.1222 Å °0.386 Å °0.2356 Å °-0.3572 Å °-0.3534 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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