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万見
- PDB-5f1v: biomimetic design results in a potent allosteric inhibitor of dih... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5f1v
タイトルbiomimetic design results in a potent allosteric inhibitor of dihydrodipicolinate synthase from Campylobacter jejuni
要素4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthaseDihydrodipicolinate synthase
キーワードLYASE/LYASE inhibitor / schiff-base (シッフ塩基) / aldolase / TIM barrel (TIMバレル) / LYASE-LYASE inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase / 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase activity / diaminopimelate biosynthetic process / lysine biosynthetic process via diaminopimelate / 細胞質
類似検索 - 分子機能
4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase, DapA / Schiff base-forming aldolase, conserved site / Dihydrodipicolinate synthase signature 1. / Schiff base-forming aldolase, active site / Dihydrodipicolinate synthase signature 2. / DapA-like / Dihydrodipicolinate synthetase family / Dihydrodipicolinate synthetase family / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel ...4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase, DapA / Schiff base-forming aldolase, conserved site / Dihydrodipicolinate synthase signature 1. / Schiff base-forming aldolase, active site / Dihydrodipicolinate synthase signature 2. / DapA-like / Dihydrodipicolinate synthetase family / Dihydrodipicolinate synthetase family / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIMバレル / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-3VN / TRIETHYLENE GLYCOL / 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Campylobacter jejuni (カンピロバクター)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Conly, C.J.T. / Palmer, D.R.J. / Sanders, D.A.R.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada) カナダ
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2016
タイトル: Biomimetic Design Results in a Potent Allosteric Inhibitor of Dihydrodipicolinate Synthase from Campylobacter jejuni.
著者: Skovpen, Y.V. / Conly, C.J. / Sanders, D.A. / Palmer, D.R.
履歴
登録2015年11月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年2月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年2月24日Group: Database references
改定 2.02017年9月27日Group: Atomic model / Author supporting evidence ...Atomic model / Author supporting evidence / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.name / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 3.02018年5月30日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Polymer sequence / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity_poly / entity_poly_seq / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_mod_residue / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_validate_chiral / struct_conn
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly_seq.mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_mod_residue.auth_comp_id / _pdbx_struct_mod_residue.label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 3.12020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 3.22023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 3.32023年11月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
B: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
C: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
D: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)132,96921
ポリマ－130,5944
非ポリマー2,37517
水7,224401
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10350 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area39710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.270, 96.950, 146.970
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase / Dihydrodipicolinate synthase / HTPA synthase


分子量: 32648.543 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Campylobacter jejuni (カンピロバクター)
遺伝子: dapA / プラスミド: pQE-80L / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL1-blue
参照: UniProt: Q9PPB4, 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase

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非ポリマー , 5種, 418分子

#2: 化合物
ChemComp-3VN / (2R,5R)-2,5-diamino-2,5-bis(4-aminobutyl)hexanedioic acid / bis-Lysine / 2,2′-エチレンビス[(R)-2,6-ジアミノヘキサン酸]


分子量: 318.412 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H30N4O4
#3: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 150.173 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 401 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

非ポリマーの詳細Authors state that in ligand 3VN, carbonyl groups are de-protonated, and amine groups are protonated.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.51 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 16% PEG 4000, 0.2 M NaAct, 0.1 mM TRIS

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9798 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2013年3月1日
放射モノクロメーター: KOHZU double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9798 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 59651 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 1.34 % / Biso Wilson estimate: 22.62 Å2 / Rmerge F obs: 0.983 / Rmerge(I) obs: 0.167 / Rrim(I) all: 0.397 / Χ2: 1.015 / Net I/σ(I): 11.79 / Num. measured all: 1110812
反射 シェル解像度: 2.2→2.26 Å / Rmerge F obs: 0.034 / Rmerge(I) obs: 0.781 / Mean I/σ(I) obs: 3.44 / Num. measured obs: 13656 / Num. possible: 38523 / Num. unique obs: 7716 / Rrim(I) all: 24.807 / Rejects: 0 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIXdev_1378精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3LER

3ler


解像度: 2.2→48.47 Å / FOM work R set: 0.9035 / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 16.85 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2028 2982 5 %
Rwork0.1571 56664 -
obs0.1594 59646 99.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 69.13 Å2 / Biso mean: 24.6 Å2 / Biso min: 10.39 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→48.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9115 0 160 401 9676
Biso mean--40.97 28.87 -
残基数----1184
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0059444
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.99212742
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0661465
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041620
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.1513559
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 21 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.2-2.2360.19041390.169526342773
2.236-2.27460.26331390.171226562795
2.2746-2.31590.21211420.167726922834
2.3159-2.36050.22371400.167126492789
2.3605-2.40870.23021400.156826682808
2.4087-2.4610.2131410.164926732814
2.461-2.51830.20621390.154726542793
2.5183-2.58130.2241420.145926852827
2.5813-2.6510.19791390.144526522791
2.651-2.7290.21021420.152126972839
2.729-2.81710.2031410.15126792820
2.8171-2.91780.19711420.158126862828
2.9178-3.03460.20891410.164126902831
3.0346-3.17270.21711410.158426842825
3.1727-3.33990.19331430.155227042847
3.3399-3.54910.2011410.155426842825
3.5491-3.8230.20011440.152427252869
3.823-4.20760.18591440.148427492893
4.2076-4.8160.2011430.14927192862
4.816-6.06570.20971470.170427852932
6.0657-48.48670.17041520.161828993051
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 6.3131 Å / Origin y: 3.3139 Å / Origin z: 18.5231 Å
111213212223313233
T0.1398 Å2-0.0164 Å2-0.0008 Å2-0.1089 Å20.002 Å2--0.129 Å2
L0.31 °2-0.1109 °2-0.0591 °2-0.3971 °20.1059 °2--0.3831 °2
S0.0008 Å °0.0141 Å °0.0364 Å °-0.0652 Å °-0.0016 Å °-0.0403 Å °-0.0242 Å °0.0242 Å °0.0035 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA3 - 298
2X-RAY DIFFRACTION1allB2 - 298
3X-RAY DIFFRACTION1allC3 - 298
4X-RAY DIFFRACTION1allD4 - 298
5X-RAY DIFFRACTION1allG1
6X-RAY DIFFRACTION1allH1
7X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 520
8X-RAY DIFFRACTION1allJ1
9X-RAY DIFFRACTION1allK1
10X-RAY DIFFRACTION1allL1
11X-RAY DIFFRACTION1allM1
12X-RAY DIFFRACTION1allN1
13X-RAY DIFFRACTION1allO1
14X-RAY DIFFRACTION1allP1
15X-RAY DIFFRACTION1allI1
16X-RAY DIFFRACTION1allQ1
17X-RAY DIFFRACTION1allR1
18X-RAY DIFFRACTION1allT1
19X-RAY DIFFRACTION1allU1
20X-RAY DIFFRACTION1allV1
21X-RAY DIFFRACTION1allE1
22X-RAY DIFFRACTION1allF1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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