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- PDB-5exb: Wild type green fluorescent protein DendFP (Dendronephthya sp.) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5exb
タイトルWild type green fluorescent protein DendFP (Dendronephthya sp.)
要素Green fluorescent protein緑色蛍光タンパク質
キーワードFLUORESCENT PROTEIN (蛍光タンパク質) / Photoswitchable fluorescent proteins / chromophore (発色団) / beta-barrel (Βバレル) / biomarker
機能・相同性
機能・相同性情報


生物発光 / generation of precursor metabolites and energy / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
緑色蛍光タンパク質 / 緑色蛍光タンパク質 / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / 緑色蛍光タンパク質 / 緑色蛍光タンパク質 / Βバレル / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
緑色蛍光タンパク質
類似検索 - 構成要素
生物種Dendronephthya sp. (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.81 Å
データ登録者Pletnev, V.Z. / Pletneva, N.V. / Pletnev, S.V.
資金援助 ロシア, 1件
組織認可番号国
Russian Science Foundation14-14-00281 ロシア
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2016
タイトル: Crystal structure of the fluorescent protein from Dendronephthya sp. in both green and photoconverted red forms.
著者: Pletneva, N.V. / Pletnev, S. / Pakhomov, A.A. / Chertkova, R.V. / Martynov, V.I. / Muslinkina, L. / Dauter, Z. / Pletnev, V.Z.
履歴
登録2015年11月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年8月10日Group: Database references
改定 1.22016年8月17日Group: Database references
改定 1.32019年2月20日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_data_processing_status / pdbx_validate_close_contact / struct_conn
改定 1.42021年9月8日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_2 ...chem_comp / database_2 / pdbx_struct_mod_residue / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms ..._chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_validate_rmsd_bond / pdbx_validate_torsion / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Green fluorescent protein
B: Green fluorescent protein
C: Green fluorescent protein
D: Green fluorescent protein
E: Green fluorescent protein
F: Green fluorescent protein
G: Green fluorescent protein
H: Green fluorescent protein
I: Green fluorescent protein
J: Green fluorescent protein
K: Green fluorescent protein
L: Green fluorescent protein
M: Green fluorescent protein
N: Green fluorescent protein
O: Green fluorescent protein
P: Green fluorescent protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)429,93119
ポリマ－429,65416
非ポリマー2763
水34,5531918
1
A: Green fluorescent protein
D: Green fluorescent protein
F: Green fluorescent protein
O: Green fluorescent protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,4144
ポリマ－107,4144
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Green fluorescent protein
C: Green fluorescent protein
E: Green fluorescent protein
P: Green fluorescent protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,5986
ポリマ－107,4144
非ポリマー1842
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
G: Green fluorescent protein
I: Green fluorescent protein
K: Green fluorescent protein
N: Green fluorescent protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,5065
ポリマ－107,4144
非ポリマー921
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
H: Green fluorescent protein
J: Green fluorescent protein
L: Green fluorescent protein
M: Green fluorescent protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,4144
ポリマ－107,4144
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)69.384, 106.397, 137.209
Angle α, β, γ (deg.)109.680, 100.010, 101.720
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
Green fluorescent protein / 緑色蛍光タンパク質


分子量: 26853.391 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Dendronephthya sp. (無脊椎動物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8T6U0
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1918 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.32 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 M Mg formate, 20% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.81→50 Å / Num. obs: 310150 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.033 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.046 / Χ2: 0.82 / Net I/av σ(I): 19.568 / Net I/σ(I): 13.5 / Num. measured all: 615189
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.81-1.841.90.244144590.8090.2440.3450.83990.6
1.84-1.8720.217153920.8380.2170.3070.84995.8
1.87-1.9120.18152810.8980.180.2550.88796
1.91-1.9520.158153320.90.1580.2240.9596.1
1.95-1.9920.133154760.9340.1330.1880.98496.3
1.99-2.0420.109154400.9570.1090.1550.97996.5
2.04-2.0920.096154360.9620.0960.1360.9996.6
2.09-2.1520.084154160.9690.0840.1191.01196.8
2.15-2.2120.074154720.9760.0740.1041.00796.9
2.21-2.2820.069155450.9790.0690.0981.02797.1
2.28-2.3620.062155260.9830.0620.0880.95297.3
2.36-2.4620.052156590.9880.0520.0740.9197.5
2.46-2.5720.045156040.9880.0450.0640.83297.7
2.57-2.720.038155810.9910.0380.0540.79897.9
2.7-2.8720.033157220.9930.0330.0470.72498.1
2.87-3.0920.03156850.9930.030.0420.6698.2
3.09-3.4120.027157570.9950.0260.0370.64998.4
3.41-3.920.025157160.9950.0250.0350.60898.7
3.9-4.9120.022158830.9960.0220.030.49599
4.91-5020.016157680.9980.0160.0230.25798.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化解像度: 1.81→37.37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.138 / ESU R Free: 0.146 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2493 3215 1 %RANDOM
Rwork0.1821 ---
obs0.1828 306888 96.83 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 97.72 Å2 / Biso mean: 22.043 Å2 / Biso min: 4.82 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.04 Å2-0.12 Å20.04 Å2
2---0.09 Å20.03 Å2
3---0.09 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.81→37.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数29036 0 18 1918 30972
Biso mean--22.64 23.85 -
残基数----3563
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.01930109
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.0228029
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2241.97340819
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.844364804
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.41153575
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.30924.3831435
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.344155131
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.74615133
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1320.24225
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.02133910
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.020.027007
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.0082.15914294
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.0082.15814293
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.9163.22717843
LS精密化 シェル解像度: 1.806→1.853 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.322 178 -
Rwork0.23 17492 -
all-17670 -
obs--74.81 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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