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- PDB-5dvk: Fc Design 7.7 B chain homodimer T366V/K409I -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dvk
タイトルFc Design 7.7 B chain homodimer T366V/K409I
要素(Ig gamma-1 chain C region) x 2
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / head-to-tail homodimer / Immunoglobulin (抗体) / Fc
機能・相同性
機能・相同性情報


補体依存性細胞傷害 / 抗体依存性細胞傷害 / Fc-gamma receptor I complex binding / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / immunoglobulin complex, circulating / IgG immunoglobulin complex / immunoglobulin receptor binding / FCGR activation / Role of phospholipids in phagocytosis ...補体依存性細胞傷害 / 抗体依存性細胞傷害 / Fc-gamma receptor I complex binding / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / immunoglobulin complex, circulating / IgG immunoglobulin complex / immunoglobulin receptor binding / FCGR activation / Role of phospholipids in phagocytosis / complement activation, classical pathway / antigen binding / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / Regulation of Complement cascade / FCGR3A-mediated phagocytosis / B cell receptor signaling pathway / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / antibacterial humoral response / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / blood microparticle / 獲得免疫系 / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / 抗体 / Immunoglobulin-like fold ...Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / 抗体 / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin heavy constant gamma 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.6 Å
Model detailsDesign XXX
データ登録者Atwell, S. / Leaver-Fay, A. / Froning, K.J. / Aldaz, H. / Pustilnik, A. / Lu, F. / Huang, F. / Yuan, R. / Dhanani, S.H. / Chamberlain, A.K. ...Atwell, S. / Leaver-Fay, A. / Froning, K.J. / Aldaz, H. / Pustilnik, A. / Lu, F. / Huang, F. / Yuan, R. / Dhanani, S.H. / Chamberlain, A.K. / Fitchett, J.R. / Gutierrez, B. / Hendle, J. / Demarest, S.J. / Kuhlman, B.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2016
タイトル: Computationally Designed Bispecific Antibodies using Negative State Repertoires.
著者: Leaver-Fay, A. / Froning, K.J. / Atwell, S. / Aldaz, H. / Pustilnik, A. / Lu, F. / Huang, F. / Yuan, R. / Hassanali, S. / Chamberlain, A.K. / Fitchett, J.R. / Demarest, S.J. / Kuhlman, B.
履歴
登録2015年9月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年3月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年4月27日Group: Database references

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ig gamma-1 chain C region
B: Ig gamma-1 chain C region


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,1292
ポリマ－27,1292
非ポリマー00
水905
1
A: Ig gamma-1 chain C region
B: Ig gamma-1 chain C region

A: Ig gamma-1 chain C region
B: Ig gamma-1 chain C region


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,2584
ポリマ－54,2584
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
Buried area5430 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area20800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.870, 107.870, 56.632
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Ig gamma-1 chain C region


分子量: 25595.023 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 104-330 / 変異: T366V, K409I / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: transient expression / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IGHG1 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01857
#2: タンパク質・ペプチド Ig gamma-1 chain C region


分子量: 1533.749 Da / 分子数: 1 / 断片: Fc-III peptide / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.43 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 100mM Hepes pH 7.5 + 10% Isopropanol + 20% PEG 4K

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データ収集

回折平均測定温度: 193 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.97931 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月21日 / 詳細: Diamond (111)
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97931
20.979311
反射解像度: 2.6→30 Å / Num. obs: 11789 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 11 % / Rpim(I) all: 0.038 / Rrim(I) all: 0.127 / Rsym value: 0.117 / Net I/av σ(I): 4.751 / Net I/σ(I): 13.5 / Num. measured all: 129162
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
2.6-2.749.60.8030.91518115830.280.8032.793.7
2.74-2.9111.30.571.31844116320.1840.574.499.8
2.91-3.1111.30.3072.51725315220.0980.3077.599.8
3.11-3.3611.30.1754.21623814370.0560.17511.599.8
3.36-3.6811.30.11561478913080.0370.11516.199.9
3.68-4.1111.20.0927.11356812080.0290.09219.5100
4.11-4.7511.20.0797.41198610740.0250.07923.3100
4.75-5.8111.10.0936.5100289050.030.09324.1100
5.81-8.2210.80.0886.777667180.0280.0882499.8
8.22-48.4289.70.0727.239124020.0260.07228.296.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALA3.3.20データスケーリング
REFMAC5.7.0017精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
MOLREP位相決定
精密化解像度: 2.6→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.928 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.893 / SU B: 12.765 / SU ML: 0.262 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.394 / ESU R Free: 0.3 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2888 549 4.7 %RANDOM
Rwork0.2347 ---
obs0.2373 11232 98.71 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 113.81 Å2 / Biso mean: 52.415 Å2 / Biso min: 21.31 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.12 Å20.56 Å20 Å2
2--1.12 Å20 Å2
3----1.68 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.6→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1722 0 0 5 1727
Biso mean---55.08 -
残基数----221
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.021775
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2861.9442436
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1675219
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.99324.67577
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.83715263
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.199156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.2273
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0211369
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.667 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.468 40 -
Rwork0.401 720 -
all-760 -
obs--89.41 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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