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万見
- PDB-5dvo: Fc K392D/K409D homodimer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dvo
タイトルFc K392D/K409D homodimer
要素Ig gamma-1 chain C region
キーワードIMMUNE SYSTEM / head-to-tail homodimer / Immunoglobulin / Fc
機能・相同性
機能・相同性情報


Fc-gamma receptor I complex binding / complement-dependent cytotoxicity / IgG immunoglobulin complex / antibody-dependent cellular cytotoxicity / immunoglobulin receptor binding / immunoglobulin complex, circulating / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / FCGR activation / complement activation, classical pathway ...Fc-gamma receptor I complex binding / complement-dependent cytotoxicity / IgG immunoglobulin complex / antibody-dependent cellular cytotoxicity / immunoglobulin receptor binding / immunoglobulin complex, circulating / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / FCGR activation / complement activation, classical pathway / Role of phospholipids in phagocytosis / antigen binding / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / Regulation of Complement cascade / B cell receptor signaling pathway / FCGR3A-mediated phagocytosis / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / antibacterial humoral response / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / blood microparticle / adaptive immune response / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold ...: / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin heavy constant gamma 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.5 Å
Model detailsDesign XXX
データ登録者Atwell, S. / Leaver-Fay, A. / Froning, K.J. / Aldaz, H. / Pustilnik, A. / Lu, F. / Huang, F. / Yuan, R. / Dhanani, S.H. / Chamberlain, A.K. ...Atwell, S. / Leaver-Fay, A. / Froning, K.J. / Aldaz, H. / Pustilnik, A. / Lu, F. / Huang, F. / Yuan, R. / Dhanani, S.H. / Chamberlain, A.K. / Fitchett, J.R. / Gutierrez, B. / Hendle, J. / Demarest, S.J. / Kuhlman, B.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2016
タイトル: Computationally Designed Bispecific Antibodies using Negative State Repertoires.
著者: Leaver-Fay, A. / Froning, K.J. / Atwell, S. / Aldaz, H. / Pustilnik, A. / Lu, F. / Huang, F. / Yuan, R. / Hassanali, S. / Chamberlain, A.K. / Fitchett, J.R. / Demarest, S.J. / Kuhlman, B.
履歴
登録2015年9月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年3月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年4月27日Group: Database references
改定 1.22024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ig gamma-1 chain C region
B: Ig gamma-1 chain C region
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,3624
ポリマ－51,1702
非ポリマー1922
水2,558142
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3350 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area20830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.657, 71.657, 100.785
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number78
Space group name H-MP43

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要素

#1: タンパク質 Ig gamma-1 chain C region


分子量: 25584.834 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 104-330 / 変異: K392D, K409D / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: transient expression / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IGHG1 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01857
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 142 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.84 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 100mM Sodium Acetate pH 4.5 + 2000mM Ammonium Sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 193 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.97931 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月25日 / 詳細: Diamond (111)
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→30 Å / Num. obs: 17696 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.7 % / Rpim(I) all: 0.062 / Rrim(I) all: 0.172 / Rsym value: 0.151 / Net I/av σ(I): 4.222 / Net I/σ(I): 10.4 / Num. measured all: 136052
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
2.5-2.647.50.7720.91928025830.3260.7722.7100
2.64-2.87.80.5281.31877224220.2190.5283.9100
2.8-2.997.70.3542.11774822920.1460.3545.5100
2.99-3.237.80.2153.51655721310.0890.2158.3100
3.23-3.547.80.1294.71518219530.0530.12912.2100
3.54-3.957.80.1036.81383217840.0430.10314.2100
3.95-4.567.80.0837.61214115650.0340.08317.6100
4.56-5.597.70.1115.51030513390.0440.11118.7100
5.59-7.917.70.1025.5798710430.0410.10218.4100
7.91-50.6697.30.04510.842485840.020.04527.299.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALA3.3.20データスケーリング
REFMAC5.7.0017精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
MOLREP位相決定
MOSFLMデータ削減
精密化解像度: 2.5→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.891 / SU B: 9.508 / SU ML: 0.211 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.483 / ESU R Free: 0.296 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2605 897 5.1 %RANDOM
Rwork0.1904 ---
obs0.1939 16769 99.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 105.22 Å2 / Biso mean: 32.178 Å2 / Biso min: 10.77 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.69 Å20 Å20 Å2
2--0.69 Å20 Å2
3----1.38 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3199 0 10 142 3351
Biso mean--60.29 32.67 -
残基数----410
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.023301
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2471.964522
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5845404
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.41125.034145
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.8615497
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg25.91510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2504
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0222544
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.405 69 -
Rwork0.317 1224 -
all-1293 -
obs--99.92 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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