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- PDB-5dn2: Human NRP2 b1 domain in complex with the peptide corresponding to... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dn2
タイトルHuman NRP2 b1 domain in complex with the peptide corresponding to the C-terminus of VEGF-A
要素
  • Neuropilin-2Neuropilin
  • Vascular endothelial growth factor A
キーワードSIGNALING PROTEIN / Neuropilin-2 / VEGFA / Angiogenesis (血管新生) / heparin (ヘパリン) / receptor (受容体)
機能・相同性
機能・相同性情報


vestibulocochlear nerve structural organization / dorsal root ganglion morphogenesis / ventral trunk neural crest cell migration / sympathetic neuron projection guidance / facioacoustic ganglion development / basophil chemotaxis / trigeminal ganglion development / cellular stress response to acid chemical / VEGF-A complex / Signaling by VEGF ...vestibulocochlear nerve structural organization / dorsal root ganglion morphogenesis / ventral trunk neural crest cell migration / sympathetic neuron projection guidance / facioacoustic ganglion development / basophil chemotaxis / trigeminal ganglion development / cellular stress response to acid chemical / VEGF-A complex / Signaling by VEGF / lymph vessel morphogenesis / trigeminal nerve structural organization / sensory neuron axon guidance / facial nerve structural organization / gonadotrophin-releasing hormone neuronal migration to the hypothalamus / vascular endothelial growth factor receptor 1 binding / negative regulation of establishment of endothelial barrier / branchiomotor neuron axon guidance / vascular endothelial growth factor receptor binding / VEGF ligand-receptor interactions / positive regulation of mast cell chemotaxis / positive regulation of peptidyl-tyrosine autophosphorylation / negative regulation of adherens junction organization / post-embryonic camera-type eye development / primitive erythrocyte differentiation / positive regulation of protein kinase C signaling / negative regulation of blood-brain barrier permeability / positive regulation of cell proliferation by VEGF-activated platelet derived growth factor receptor signaling pathway / axon extension involved in axon guidance / VEGF-activated neuropilin signaling pathway / positive regulation of vascular endothelial growth factor signaling pathway / coronary vein morphogenesis / cardiac vascular smooth muscle cell development / sympathetic neuron projection extension / NrCAM interactions / Neurophilin interactions with VEGF and VEGFR / positive regulation of trophoblast cell migration / endothelial cell chemotaxis / motor neuron migration / positive regulation of endothelial cell chemotaxis by VEGF-activated vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / eye photoreceptor cell development / sympathetic ganglion development / vascular endothelial growth factor receptor-2 signaling pathway / VEGF binds to VEGFR leading to receptor dimerization / regulation of nitric oxide mediated signal transduction / neural crest cell migration involved in autonomic nervous system development / positive regulation of axon extension involved in axon guidance / positive regulation of cell migration by vascular endothelial growth factor signaling pathway / positive regulation of branching involved in ureteric bud morphogenesis / positive regulation of protein localization to early endosome / vascular wound healing / vascular endothelial growth factor receptor activity / positive regulation of blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis / nerve development / semaphorin receptor complex / tube formation / camera-type eye morphogenesis / positive regulation of epithelial tube formation / neuropilin binding / induction of positive chemotaxis / coronary artery morphogenesis / negative regulation of cell-cell adhesion mediated by cadherin / vascular endothelial growth factor receptor 2 binding / outflow tract septum morphogenesis / semaphorin receptor activity / commissural neuron axon guidance / dopaminergic neuron differentiation / positive regulation of vascular permeability / surfactant homeostasis / positive regulation of endothelial cell chemotaxis / platelet-derived growth factor receptor binding / cell migration involved in sprouting angiogenesis / extracellular matrix binding / retinal ganglion cell axon guidance / cardiac muscle cell development / 血管新生 / positive regulation of positive chemotaxis / regulation of postsynapse organization / Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / vascular endothelial growth factor signaling pathway / positive regulation of leukocyte migration / positive regulation of p38MAPK cascade / artery morphogenesis / positive regulation of DNA biosynthetic process / negative chemotaxis / branching involved in blood vessel morphogenesis / positive regulation of neuroblast proliferation / positive regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / positive chemotaxis / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activator activity / cytokine binding / positive regulation of sprouting angiogenesis / outflow tract morphogenesis / chemoattractant activity / activation of protein kinase activity / growth factor binding / positive regulation of focal adhesion assembly / mesoderm development / monocyte differentiation / positive regulation of receptor internalization
類似検索 - 分子機能
Neuropilin / Neuropilin, C-terminal / C-terminal domain of neuropilin glycoprotein / Vascular endothelial growth factor, heparin-binding domain / Vascular endothelial growth factor, heparin-binding domain superfamily / VEGF heparin-binding domain / PDGF/VEGF domain / Platelet-derived growth factor, conserved site / PDGF/VEGF domain / Platelet-derived growth factor (PDGF) family signature. ...Neuropilin / Neuropilin, C-terminal / C-terminal domain of neuropilin glycoprotein / Vascular endothelial growth factor, heparin-binding domain / Vascular endothelial growth factor, heparin-binding domain superfamily / VEGF heparin-binding domain / PDGF/VEGF domain / Platelet-derived growth factor, conserved site / PDGF/VEGF domain / Platelet-derived growth factor (PDGF) family signature. / Platelet-derived growth factor (PDGF) family profile. / Platelet-derived and vascular endothelial growth factors (PDGF, VEGF) family / Domain in meprin, A5, receptor protein tyrosine phosphatase mu (and others) / MAM domain, meprin/A5/mu / MAM domain / MAM domain profile. / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 2. / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 1. / CUB domain / Domain first found in C1r, C1s, uEGF, and bone morphogenetic protein. / CUB domain / CUB domain profile. / Spermadhesin, CUB domain superfamily / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain, discoidin domain / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) profile. / Cystine-knot cytokine / F5/8 type C domain / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain / Galactose-binding domain-like / Galactose-binding-like domain superfamily / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1,4-ジオキサン / Neuropilin-2 / Vascular endothelial growth factor A, long form
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Tsai, Y.C.I. / Frankel, P. / Fotinou, C. / Rana, R. / Zachary, I. / Djordjevic, S.
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2016
タイトル: Structural studies of neuropilin-2 reveal a zinc ion binding site remote from the vascular endothelial growth factor binding pocket.
著者: Tsai, Y.C. / Fotinou, C. / Rana, R. / Yelland, T. / Frankel, P. / Zachary, I. / Djordjevic, S.
履歴
登録2015年9月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年7月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Neuropilin-2
B: Neuropilin-2
C: Neuropilin-2
D: Neuropilin-2
F: Vascular endothelial growth factor A
G: Vascular endothelial growth factor A
E: Vascular endothelial growth factor A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,76310
ポリマ－81,4957
非ポリマー2683
水4,846269
1
A: Neuropilin-2
G: Vascular endothelial growth factor A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,2182
ポリマ－21,2182
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Neuropilin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,0213
ポリマ－17,8411
非ポリマー1802
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Neuropilin-2
E: Vascular endothelial growth factor A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,2182
ポリマ－21,2182
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Neuropilin-2
F: Vascular endothelial growth factor A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,3063
ポリマ－21,2182
非ポリマー881
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)110.250, 139.520, 106.040
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: VAL / End label comp-ID: VAL / Refine code: 5 / Auth seq-ID: 274 - 429 / Label seq-ID: 1 - 156

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC
4DD

-
要素

#1: タンパク質
Neuropilin-2 / Neuropilin / Vascular endothelial cell growth factor 165 receptor 2


分子量: 17841.074 Da / 分子数: 4
断片: Neuropilin-2 domain B1 F5/8 type C 1, UNP residues 275-429
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NRP2, VEGF165R2 / プラスミド: pET15b-TEV / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / Variant (発現宿主): Rosetta-gami 2(DE3)pLysS / 参照: UniProt: O60462
#2: タンパク質・ペプチド Vascular endothelial growth factor A / / VEGF-A / Vascular permeability factor / VPF


分子量: 3376.897 Da / 分子数: 3 / 断片: VEGF-A165-HBD, UNP residues 205-232 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VEGFA, VEGF / プラスミド: pET14b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / Variant (発現宿主): Shuffle / 参照: UniProt: P15692
#3: 化合物 ChemComp-DIO / 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE / 1,4-ジオキサン / 1,4-ジオキサン


分子量: 88.105 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H8O2
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 269 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.61 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 / 詳細: 10% PEG20000, 0.1M Bicine, 2% v/v dioxane

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年5月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→86.5 Å / Num. obs: 59661 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 10.8
反射 シェル解像度: 1.95→2.05 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.223 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / % possible all: 98.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
MOSFLMデータ削減
SCALA3.3.20データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2QQJ

2qqj


解像度: 1.95→86.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 7.187 / SU ML: 0.104 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.162 / ESU R Free: 0.145 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23368 3006 5 %RANDOM
Rwork0.20425 ---
obs0.20576 56630 99.34 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.756 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.29 Å20 Å20 Å2
2---1.79 Å20 Å2
3----0.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→86.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5160 0 18 269 5447
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0195359
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.025049
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4631.9367262
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.923311550
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2985651
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.85223.213277
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.20715922
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.5891554
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.2774
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.026159
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021367
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9191.8492571
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.9121.8482570
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.5942.7533206
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.5942.7543207
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.912.0272788
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.9082.0272788
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.5492.9814047
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.24514.8715806
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.24514.8765807
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
A907medium positional0.190.5
B907medium positional0.170.5
C907medium positional0.170.5
D907medium positional0.140.5
A1451loose positional0.55
B1451loose positional0.65
C1451loose positional0.545
D1451loose positional0.535
A907medium thermal2.182
B907medium thermal1.632
C907medium thermal1.372
D907medium thermal2.372
A1451loose thermal2.5410
B1451loose thermal1.8710
C1451loose thermal1.6510
D1451loose thermal2.6410
LS精密化 シェル解像度: 1.947→1.998 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.311 199 -
Rwork0.254 4069 -
obs--97.38 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3164-0.38230.39921.155-0.18260.79420.0561-0.026-0.0203-0.1616-0.04680.07220.02550.0752-0.00940.02390.006-0.00210.138-0.00420.0544-10.791343.0668-3.7927
20.2048-0.2311-0.26571.2594-0.01630.6560.0259-0.03380.0142-0.148-0.0647-0.09650.0183-0.07530.03880.02190.00820.0270.13820.00930.06314.351426.6766-3.6816
30.64530.0967-0.02770.1865-0.26070.8729-0.0149-0.0780.017-0.00250.020.02220.02840.0631-0.0050.0756-0.0068-0.01660.0831-0.00130.023630.279455.499-24.0966
40.6538-0.00930.02250.13560.31911.01990.0060.08760.05150.01890.0074-0.00690.0852-0.0242-0.01330.07940.0228-0.00420.08870.01330.010421.097855.451624.2083
500000000000000-00.066000.06600.066000
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A274 - 429
2X-RAY DIFFRACTION2B274 - 429
3X-RAY DIFFRACTION3C274 - 429
4X-RAY DIFFRACTION4D274 - 429

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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