PDB-5dm4: Crystal structure of the plantazolicin methyltransferase BpumL in...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5dm4

タイトル

Crystal structure of the plantazolicin methyltransferase BpumL in complex with pentazolic desmethylPZN analog and SAH

要素

Methyltransferase domain family

キーワード

transferase/transferase inhibitor / N-methyltransferase /

plantazolicin / pentazolic desmethylPZN analog / transferase-transferase inhibitor complex

機能・相同性

Vaccinia Virus protein VP39 /

ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Chem-5DA /

S-アデノシル-L-ホモシステイン /

:

機能・相同性情報

生物種

Bacillus pumilus ATCC 7061 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Hao, Y. / Nair, S.K.

引用

ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2015
タイトル: Insights into methyltransferase specificity and bioactivity of derivatives of the antibiotic plantazolicin.
著者: Hao, Y. / Blair, P.M. / Sharma, A. / Mitchell, D.A. / Nair, S.K.

履歴

登録	2015年9月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年9月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月22日	Group: Derived calculations / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_oper_list / software Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.2	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年3月13日	Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5dm4.cif.gz	72.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5dm4.ent.gz	52 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5dm4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dm/5dm4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dm/5dm4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5dlyC 5dm0C 5dm1C 5dm2C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6w0q-2 5dm2-d 6bos-2 5dm1-d 1bix-d 5dfi-2 2fcv-2 5dff-2 6w3n-2 5dly-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Methyltransferase domain family

ヘテロ分子

31.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.813, 78.844, 44.754
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Methyltransferase domain family 分子量: 30385.580 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus pumilus ATCC 7061 (バクテリア) 遺伝子: BAT_2465 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2 / 参照: UniProt: B4ADV2
#2: 化合物	ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン / S-アデノシル-L-ホモシステインタイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₁₄H₂₀N₆O₅S
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-5DA / 1-[(4S)-4-(4-{4-[4-(5,5'-dimethyl-2,4'-bi-1,3-oxazol-2'-yl)-1,3-thiazol-2-yl]-5-methyl-1,3-oxazol-2-yl}-1,3-thiazol-2-yl)-4-(methylamino)butyl]guanidine 分子量: 553.660 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₂₄H₂₇N₉O₃S₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 186 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.96 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.19 %
結晶化	温度: 282 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 100mM Bis-tris pH 5.5, 200mM Li2SO4, 22-26% PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.987 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→25 Å / Num. obs: 25053 / % possible obs: 99.96 % / 冗長度: 8 % / Net I/σ(I): 10.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.7.0029	精密化
Coot		モデル構築
PHENIX		モデル構築
HKL-2000		データスケーリング

精密化

解像度: 1.75→25 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.95 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.925 / SU B: 2.633 / SU ML: 0.087 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.144 / ESU R Free: 0.136 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24303	1270	5.1 %	RANDOM
R_work	0.20059	-	-	-
obs	0.2027	23630	99.96 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.6 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.05 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.07 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.75→25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2150	0	0	186	2336

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.019	2197
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.771	2.008	2972
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.868	5	255
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.562	25.1	100
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.55	15	391
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.812	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.078	0.2	329
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	1634
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.75→1.795 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.28	96	-
R_work	0.249	1715	-
obs	-	-	100 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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