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- PDB-5dlo: S. aureus MazF in complex with substrate analogue -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dlo
タイトルS. aureus MazF in complex with substrate analogue
要素
  • DNA substrate analogue AUACAUA
  • Endoribonuclease MazF
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / Toxin-Antitoxin / mRNA interferase / ribonuclease (リボヌクレアーゼ) / persistence / bacterial stress response
機能・相同性
機能・相同性情報


rRNA catabolic process / mRNA catabolic process / RNA endonuclease activity / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA binding / RNA binding
類似検索 - 分子機能
SH3 type barrels. - #110 / mRNA interferase PemK-like / PemK-like, MazF-like toxin of type II toxin-antitoxin system / Plasmid maintenance toxin/Cell growth inhibitor / SH3 type barrels. / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
デオキシリボ核酸 / Endoribonuclease MazF / Endoribonuclease MazF
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
Enterobacterio phage MS2 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.401 Å
データ登録者Zorzini, V. / Loris, R.
資金援助 ベルギー, 1件
組織認可番号国
Fonds Wetenschappelijk Onderzoek ベルギー
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Substrate recognition, regulation mechanism and activity regulation of MazF mRNA interferase.
著者: Zorzini, V. / Loris, R.
履歴
登録2015年9月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年3月25日Group: Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen ...pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details ..._pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression / _pdbx_struct_assembly_prop.value
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endoribonuclease MazF
B: DNA substrate analogue AUACAUA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,0653
ポリマ－17,0302
非ポリマー351
水3,513195
1
A: Endoribonuclease MazF
B: DNA substrate analogue AUACAUA
ヘテロ分子

A: Endoribonuclease MazF
B: DNA substrate analogue AUACAUA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,1306
ポリマ－34,0594
非ポリマー712
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_445-x-1,-y-1,z1
Buried area7060 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area10610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.600, 63.600, 69.760
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number172
Space group name H-MP64

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要素

#1: タンパク質 Endoribonuclease MazF / Toxin MazF / mRNA interferase MazF


分子量: 14952.206 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: mazF, SAHV_2053 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A7X4P5, UniProt: Q2FWI8*PLUS, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: DNA鎖 DNA substrate analogue AUACAUA


分子量: 2077.385 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Enterobacterio phage MS2 (ファージ)
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 195 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.43 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 75 mM Tris pH 8.5, 18.75% v/v tert-Butanol, 25% Glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.9801 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9801 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→31.8 Å / Num. obs: 31425 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 5.4 % / Rsym value: 0.048 / Net I/σ(I): 21.64
反射 シェル解像度: 1.4→1.49 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.03 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.7.1_743精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4MZM

4mzm


解像度: 1.401→31.8 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 14.12 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1634 1571 5 %
Rwork0.1329 --
obs0.1344 31425 99.79 %
溶媒の処理減衰半径: 1.06 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 58.992 Å2 / ksol: 0.416 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.0848 Å20 Å20 Å2
2---1.0848 Å2-0 Å2
3---2.1695 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.401→31.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数869 138 1 195 1203
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061045
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2531441
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.227417
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.098174
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004160
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.4009-1.44610.3711410.3122665X-RAY DIFFRACTION98
1.4461-1.49780.24411420.2192702X-RAY DIFFRACTION100
1.4978-1.55780.20251410.16722704X-RAY DIFFRACTION100
1.5578-1.62870.1831440.14132726X-RAY DIFFRACTION100
1.6287-1.71460.17531420.12082706X-RAY DIFFRACTION100
1.7146-1.8220.15131420.10692701X-RAY DIFFRACTION100
1.822-1.96260.1361430.10162713X-RAY DIFFRACTION100
1.9626-2.16010.14381430.11812728X-RAY DIFFRACTION100
2.1601-2.47260.15791440.11872721X-RAY DIFFRACTION100
2.4726-3.11470.16691430.1342731X-RAY DIFFRACTION100
3.1147-31.80820.14721460.13112757X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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