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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5dj0 | |||||||||
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タイトル | Fc Heterodimer Design 11.2 Y349S/K370Y + E357D/S364Q | |||||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM (免疫系) / Heterodimer / Immunoglobulin (抗体) / CH3 / Fc / Bispecific Antibody (二重特異性モノクローナル抗体) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 補体依存性細胞傷害 / 抗体依存性細胞傷害 / Fc-gamma receptor I complex binding / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / immunoglobulin complex, circulating / IgG immunoglobulin complex / immunoglobulin receptor binding / FCGR activation / Role of phospholipids in phagocytosis ...補体依存性細胞傷害 / 抗体依存性細胞傷害 / Fc-gamma receptor I complex binding / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / immunoglobulin complex, circulating / IgG immunoglobulin complex / immunoglobulin receptor binding / FCGR activation / Role of phospholipids in phagocytosis / complement activation, classical pathway / antigen binding / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / Regulation of Complement cascade / FCGR3A-mediated phagocytosis / B cell receptor signaling pathway / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / antibacterial humoral response / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / blood microparticle / 獲得免疫系 / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.28 Å | |||||||||
Model details | Design XXX | |||||||||
データ登録者 | Atwell, S. / Leaver-Fay, A. / Froning, K.J. / Aldaz, H. / Pustilnik, A. / Lu, F. / Huang, F. / Yuan, R. / Dhanani, S.H. / Chamberlain, A.K. ...Atwell, S. / Leaver-Fay, A. / Froning, K.J. / Aldaz, H. / Pustilnik, A. / Lu, F. / Huang, F. / Yuan, R. / Dhanani, S.H. / Chamberlain, A.K. / Fitchett, J.R. / Gutierrez, B. / Hendle, J. / Demarest, S.J. / Kuhlman, B. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2016 タイトル: Computationally Designed Bispecific Antibodies using Negative State Repertoires. 著者: Leaver-Fay, A. / Froning, K.J. / Atwell, S. / Aldaz, H. / Pustilnik, A. / Lu, F. / Huang, F. / Yuan, R. / Hassanali, S. / Chamberlain, A.K. / Fitchett, J.R. / Demarest, S.J. / Kuhlman, B. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5dj0.cif.gz | 106.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5dj0.ent.gz | 81.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5dj0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dj/5dj0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dj/5dj0 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 5di8C 5dj2C 5dj6C 5dj8C 5djaC 5djcC 5djdC 5djxC 5djyC 5djzC 5dk0C 5dk2C 5dvkC 5dvlC 5dvmC 5dvnC 5dvoC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25570.916 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 104-330 / 変異: Y349S, K370Y / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: transient expression / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IGHG1 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01857 | ||
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#2: タンパク質 | 分子量: 27009.330 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 104-330 / 変異: E357D, S364Q / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: transient expression / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IGHG1 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01857 | ||
#3: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1533.749 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: CPC Scientific Inc., Sunnyvale CA / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) | ||
#4: 多糖 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.8 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 13% PEG 3350 + 200mM Magnesium Formate dihydrate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 193 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08B1-1 / 波長: 0.97949 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月18日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97949 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.28→30 Å / Num. obs: 27745 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.7 % / Rpim(I) all: 0.05 / Rrim(I) all: 0.097 / Rsym value: 0.07 / Net I/av σ(I): 9.512 / Net I/σ(I): 11.1 / Num. measured all: 103367 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.28→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 7.05 / SU ML: 0.167 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.256 / ESU R Free: 0.219 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 35.83 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.28→30 Å
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拘束条件 |
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