[日本語] English
万見
- PDB-5cpw: Crystal structure of murine polyomavirus PTA strain VP1 in comple... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5cpw
タイトルCrystal structure of murine polyomavirus PTA strain VP1 in complex with the GT1a glycan
要素VP1
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / Murine Polyomavirus / Virus protein (ウイルス) / carbohydrate complex (炭水化物) / virus-host interaction
機能・相同性
機能・相同性情報


caveolin-mediated endocytosis of virus by host cell / T=7 icosahedral viral capsid / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
Capsid protein VP1,Polyomavirus / Polyomavirus Vp1; Chain A / Capsid protein VP1,Polyomavirus / Polyomavirus capsid protein VP1 superfamily / Polyomavirus coat protein / Double-stranded DNA virus, group I, capsid / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Capsid protein VP1 / Capsid protein VP1
類似検索 - 構成要素
生物種Murine polyomavirus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Liaci, A.M. / Buch, M.H.C. / Neu, U. / Stehle, T.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research FoundationSFB 685 ドイツ
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2015
タイトル: Structural and Functional Analysis of Murine Polyomavirus Capsid Proteins Establish the Determinants of Ligand Recognition and Pathogenicity.
著者: Buch, M.H. / Liaci, A.M. / O'Hara, S.D. / Garcea, R.L. / Neu, U. / Stehle, T.
履歴
登録2015年7月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年10月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月6日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: VP1
B: VP1
C: VP1
D: VP1
E: VP1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)165,11318
ポリマ－158,1545
非ポリマー6,95913
水32,3371795
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)219.600, 219.600, 99.740
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11E-759-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 6

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASPASPVALVALAA44 - 4612 - 14
21ASPASPVALVALBB44 - 4612 - 14
31ASPASPVALVALCC44 - 4612 - 14
41ASPASPVALVALDD44 - 4612 - 14
51ASPASPVALVALEE44 - 4612 - 14
12GLUGLUILEILEAA48 - 4916 - 17
22GLUGLUILEILEBB48 - 4916 - 17
32GLUGLUILEILECC48 - 4916 - 17
42GLUGLUILEILEDD48 - 4916 - 17
52GLUGLUILEILEEE48 - 4916 - 17
13ALAALAALAALAAA5119
23ALAALAALAALABB5119
33ALAALAALAALACC5119
43ALAALAALAALADD5119
53ALAALAALAALAEE5119
14GLYGLYTHRTHRAA69 - 8337 - 51
24GLYGLYTHRTHRBB69 - 8337 - 51
34GLYGLYTHRTHRCC69 - 8337 - 51
44GLYGLYTHRTHRDD69 - 8337 - 51
54GLYGLYTHRTHREE69 - 8337 - 51
15ASPASPTHRTHRAA85 - 8653 - 54
25ASPASPTHRTHRBB85 - 8653 - 54
35ASPASPTHRTHRCC85 - 8653 - 54
45ASPASPTHRTHRDD85 - 8653 - 54
55ASPASPTHRTHREE85 - 8653 - 54
16ASPASPASPASPAA8856
26ASPASPASPASPBB8856
36ASPASPASPASPCC8856
46ASPASPASPASPDD8856
56ASPASPASPASPEE8856
17PROPROSERSERAA90 - 9958 - 67
27PROPROSERSERBB90 - 9958 - 67
37PROPROSERSERCC90 - 9958 - 67
47PROPROSERSERDD90 - 9958 - 67
57PROPROSERSEREE90 - 9958 - 67
18ALAALAASNASNAA101 - 10969 - 77
28ALAALAASNASNBB101 - 10969 - 77
38ALAALAASNASNCC101 - 10969 - 77
48ALAALAASNASNDD101 - 10969 - 77
58ALAALAASNASNEE101 - 10969 - 77
19GLNGLNASPASPAA118 - 14686 - 114
29GLNGLNASPASPBB118 - 14686 - 114
39GLNGLNASPASPCC118 - 14686 - 114
49GLNGLNASPASPDD118 - 14686 - 114
59GLNGLNASPASPEE118 - 14686 - 114
110VALVALTHRTHRAA190 - 192158 - 160
210VALVALTHRTHRBB190 - 192158 - 160
310VALVALTHRTHRCC190 - 192158 - 160
410VALVALTHRTHRDD190 - 192158 - 160
510VALVALTHRTHREE190 - 192158 - 160
111LYSLYSLYSLYSAA194162
211LYSLYSLYSLYSBB194162
311LYSLYSLYSLYSCC194162
411LYSLYSLYSLYSDD194162
511LYSLYSLYSLYSEE194162
112ILEILETHRTHRAA196 - 197164 - 165
212ILEILETHRTHRBB196 - 197164 - 165
312ILEILETHRTHRCC196 - 197164 - 165
412ILEILETHRTHRDD196 - 197164 - 165
512ILEILETHRTHREE196 - 197164 - 165
113LYSLYSLYSLYSAA199167
213LYSLYSLYSLYSBB199167
313LYSLYSLYSLYSCC199167
413LYSLYSLYSLYSDD199167
513LYSLYSLYSLYSEE199167
114ASNASNASNASNAA203171
214ASNASNASNASNBB203171
314ASNASNASNASNCC203171
414ASNASNASNASNDD203171
514ASNASNASNASNEE203171
115ASPASPGLNGLNAA205 - 206173 - 174
215ASPASPGLNGLNBB205 - 206173 - 174
315ASPASPGLNGLNCC205 - 206173 - 174
415ASPASPGLNGLNDD205 - 206173 - 174
515ASPASPGLNGLNEE205 - 206173 - 174
116ASNASNPROPROAA209 - 210177 - 178
216ASNASNPROPROBB209 - 210177 - 178
316ASNASNPROPROCC209 - 210177 - 178
416ASNASNPROPRODD209 - 210177 - 178
516ASNASNPROPROEE209 - 210177 - 178
117SERSERALAALAAA212 - 214180 - 182
217SERSERALAALABB212 - 214180 - 182
317SERSERALAALACC212 - 214180 - 182
417SERSERALAALADD212 - 214180 - 182
517SERSERALAALAEE212 - 214180 - 182
118LEULEUASPASPAA216 - 217184 - 185
218LEULEUASPASPBB216 - 217184 - 185
318LEULEUASPASPCC216 - 217184 - 185
418LEULEUASPASPDD216 - 217184 - 185
518LEULEUASPASPEE216 - 217184 - 185
119ASPASPGLYGLYAA219 - 220187 - 188
219ASPASPGLYGLYBB219 - 220187 - 188
319ASPASPGLYGLYCC219 - 220187 - 188
419ASPASPGLYGLYDD219 - 220187 - 188
519ASPASPGLYGLYEE219 - 220187 - 188
120TYRTYRTHRTHRAA222 - 237190 - 205
220TYRTYRTHRTHRBB222 - 237190 - 205
320TYRTYRTHRTHRCC222 - 237190 - 205
420TYRTYRTHRTHRDD222 - 237190 - 205
520TYRTYRTHRTHREE222 - 237190 - 205
121TYRTYRGLYGLYAA239 - 246207 - 214
221TYRTYRGLYGLYBB239 - 246207 - 214
321TYRTYRGLYGLYCC239 - 246207 - 214
421TYRTYRGLYGLYDD239 - 246207 - 214
521TYRTYRGLYGLYEE239 - 246207 - 214
122THRTHRPROPROAA248 - 251216 - 219
222THRTHRPROPROBB248 - 251216 - 219
322THRTHRPROPROCC248 - 251216 - 219
422THRTHRPROPRODD248 - 251216 - 219
522THRTHRPROPROEE248 - 251216 - 219
123LEULEULEULEUAA253221
223LEULEULEULEUBB253221
323LEULEULEULEUCC253221
423LEULEULEULEUDD253221
523LEULEULEULEUEE253221
124PHEPHETHRTHRAA255 - 258223 - 226
224PHEPHETHRTHRBB255 - 258223 - 226
324PHEPHETHRTHRCC255 - 258223 - 226
424PHEPHETHRTHRDD255 - 258223 - 226
524PHEPHETHRTHREE255 - 258223 - 226
125THRTHRTRPTRPAA260 - 288228 - 256
225THRTHRTRPTRPBB260 - 288228 - 256
325THRTHRTRPTRPCC260 - 288228 - 256
425THRTHRTRPTRPDD260 - 288228 - 256
525THRTHRTRPTRPEE260 - 288228 - 256
126THRTHRARGARGAA291 - 292259 - 260
226THRTHRARGARGBB291 - 292259 - 260
326THRTHRARGARGCC291 - 292259 - 260
426THRTHRARGARGDD291 - 292259 - 260
526THRTHRARGARGEE291 - 292259 - 260
127ASPASPASPASPAA295263
227ASPASPASPASPBB295263
327ASPASPASPASPCC295263
427ASPASPASPASPDD295263
527ASPASPASPASPEE295263
128HISHISLYSLYSAA297 - 312265 - 280
228HISHISLYSLYSBB297 - 312265 - 280
328HISHISLYSLYSCC297 - 312265 - 280
428HISHISLYSLYSDD297 - 312265 - 280
528HISHISLYSLYSEE297 - 312265 - 280

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(0.306323, 0.459904, 0.833459), (-0.455398, 0.839658, -0.295951), (-0.83593, -0.288899, 0.466646)35.104641, 51.03009, 93.308594
3given(-0.811797, 0.286859, 0.508623), (-0.274635, 0.581115, -0.766082), (-0.515326, -0.761589, -0.392965)146.981247, 50.267189, 92.815437
4given(-0.809705, -0.276842, -0.517432), (0.289743, 0.578165, -0.762741), (0.51032, -0.767518, -0.38793)181.017563, -0.97953, -0.00085
5given(0.310848, -0.456003, -0.833928), (0.458546, 0.840482, -0.288663), (0.832532, -0.292664, 0.47036)89.964577, -31.972111, -57.87133

-
要素

#1: タンパク質
VP1


分子量: 31630.723 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Murine polyomavirus (ウイルス) / 株: PTA / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q76TX8, UniProt: P49302*PLUS
#2: 多糖 N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-8)-N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose-(1- ...N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-8)-N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-galactopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 1127.999 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DNeup5Aca2-8DNeup5Aca2-3DGalpb1-3DGalpNAcb1-4DGalpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2112h-1b_1-5][a2112h-1b_1-5_2*NCC/3=O][Aad21122h-2a_2-6_5*NCC/3=O]/1-2-1-3-3/a4-b1_b3-c1_c3-d2_d8-e2WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Galp]{[(4+1)][b-D-GalpNAc]{[(3+1)][b-D-Galp]{[(3+2)][a-D-Neup5Ac]{[(8+2)][a-D-Neup5Ac]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-8)-N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose-(1- ...N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-8)-N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose-(1-4)-[N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)]beta-D-galactopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 1419.254 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DNeup5Aca2-8DNeup5Aca2-3DGalpb1-3DGalpNAcb1-4[DNeup5Aca2-3]DGalpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,6,5/[a2112h-1b_1-5][Aad21122h-2a_2-6_5*NCC/3=O][a2112h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-2-3-1-2-2/a3-b2_a4-c1_c3-d1_d3-e2_e8-f2WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Galp]{[(3+2)][a-D-Neup5Ac]{}[(4+1)][b-D-GalpNAc]{[(3+1)][b-D-Galp]{[(3+2)][a-D-Neup5Ac]{[(8+2)][a-D-Neup5Ac]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1795 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.04 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1 M HEPES, pH 8.0, 0.8 M sodium phosphate monobasic, 1 M potassium phosphate dibasic

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年3月15日
放射モノクロメーター: Bartels Monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→50 Å / Num. obs: 269395 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 2.9 % / Rsym value: 0.133 / Net I/σ(I): 7.07
反射 シェル解像度: 1.75→1.79 Å / 冗長度: 3.4 % / Rsym value: 0.683 / % possible all: 92.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0029精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
PHENIXモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5CPU

5cpu


解像度: 1.75→47.59 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / SU B: 2.685 / SU ML: 0.047 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.072 / ESU R Free: 0.073 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1813 8140 3 %RANDOM
Rwork0.1601 ---
obs0.1607 261253 97.55 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 91.47 Å2 / Biso mean: 22.413 Å2 / Biso min: 9.02 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.06 Å20.06 Å20 Å2
2--0.06 Å20 Å2
3----0.19 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.75→47.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10846 0 457 1795 13098
Biso mean--31.37 30.67 -
残基数----1395
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0211863
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1752.00816264
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.85951457
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.20824.699481
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.099151896
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.7261555
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.21900
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0218801
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 1310 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1ALOOSE POSITIONAL0.175
2BLOOSE POSITIONAL0.115
3CLOOSE POSITIONAL0.115
4DLOOSE POSITIONAL0.155
5ELOOSE POSITIONAL0.115
1ALOOSE THERMAL1.6710
2BLOOSE THERMAL1.4110
3CLOOSE THERMAL1.4710
4DLOOSE THERMAL1.6910
5ELOOSE THERMAL1.6810
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.795 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.308 582 -
Rwork0.303 19015 -
all-19597 -
obs--96.57 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.0762-1.92731.37528.2836-3.57032.01820.001-0.0286-0.03630.25820.03330.0717-0.0824-0.0314-0.03420.2135-0.00570.04210.09830.00460.093197.48923.91352.602
21.0391-0.0316-0.10290.6359-0.04860.54560.0131-0.06330.02470.0824-0.01070.0235-0.05960.0032-0.00230.062-0.01560.0010.0084-0.00170.0021102.83945.94732.612
30.9511-0.52240.46013.229-2.22282.58810.0285-0.0482-0.08370.0748-0.0390.00820.03680.02470.01050.0245-0.01660.01270.0168-0.00840.022898.48337.1537.808
40.4226-0.2380.47153.1841-1.91241.92990.0396-0.1845-0.13980.08190.17120.34240.1462-0.2395-0.21080.1110.00010.04380.1720.02730.172663.85430.00434.887
50.56740.0840.19540.59230.0680.94170.0286-0.06920.02120.06230.00480.1015-0.011-0.1024-0.03340.03350.01520.0340.0511-0.00180.082273.80841.89930.117
60.56160.0349-0.29210.4481-0.08040.7505-0.00560.0155-0.0386-0.050.01460.14580.0799-0.1361-0.00910.0527-0.0041-0.02930.05580.00260.094868.18928.4194.806
71.05430.9423-0.56923.919-1.45851.3464-0.0156-0.0402-0.0637-0.00810.03110.12460.1078-0.0853-0.01550.02720.0062-0.01870.0433-0.01760.049171.10320.9016.803
80.78630.0553-0.03771.1097-0.41610.7506-0.00120.0555-0.1224-0.1795-0.0525-0.11720.12160.04920.05370.10580.01020.00140.0287-0.01760.045498.80718.663-10.101
90.46830.18560.05540.93710.04490.30960.01310.0052-0.0352-0.0321-0.01420.02140.0426-0.02820.0010.05540.0053-0.00040.0097-0.0070.012193.26319.845-4.187
100.24080.5283-0.12864.178-0.74390.92020.0373-0.0606-0.1490.2848-0.1161-0.4220.06670.13660.07880.0670.004-0.0380.0640.01950.1046121.95727.76122.042
110.42-0.0955-0.01061.01630.17090.79070.00540.0136-0.04760.0099-0.0219-0.07670.06390.07110.01640.0148-0.0013-0.00540.01380.00750.0236114.16930.4510.761
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A35 - 52
2X-RAY DIFFRACTION2A53 - 258
3X-RAY DIFFRACTION3A259 - 316
4X-RAY DIFFRACTION4B35 - 65
5X-RAY DIFFRACTION5B66 - 316
6X-RAY DIFFRACTION6C35 - 258
7X-RAY DIFFRACTION7C259 - 316
8X-RAY DIFFRACTION8D34 - 108
9X-RAY DIFFRACTION9D109 - 316
10X-RAY DIFFRACTION10E35 - 71
11X-RAY DIFFRACTION11E72 - 316

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る