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万見
- PDB-5ce3: The Yersinia YopO - actin complex with MgADP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ce3
タイトルThe Yersinia YopO - actin complex with MgADP
要素
  • Actinアクチン
  • Protein kinase YopO
キーワードCONTRACTILE PROTEIN/TRANSFERASE / Kinase cytoskeleton Pathogen host / CONTRACTILE PROTEIN-TRANSFERASE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


non-specific serine/threonine protein kinase / リン酸化 / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Serine/threonine protein kinase, yersinia-type / YpkA, Rac1-binding domain / Rac1-binding domain, C-terminal / Rac1-binding domain, N-terminal / Rac1-binding domain / ATPase, substrate binding domain, subdomain 4 / Actin; Chain A, domain 4 / ATPase, nucleotide binding domain / Actins signature 1. / Actin, conserved site ...Serine/threonine protein kinase, yersinia-type / YpkA, Rac1-binding domain / Rac1-binding domain, C-terminal / Rac1-binding domain, N-terminal / Rac1-binding domain / ATPase, substrate binding domain, subdomain 4 / Actin; Chain A, domain 4 / ATPase, nucleotide binding domain / Actins signature 1. / Actin, conserved site / Actins signature 2. / Actin/actin-like conserved site / Actins and actin-related proteins signature. / アクチン / Actin family / アクチン / ATPase, nucleotide binding domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / アクチン / YopO
類似検索 - 構成要素
生物種Yersinia enterocolitica (腸炎エルシニア)
Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.93 Å
データ登録者Lee, W.L. / Singaravelu, P. / Grimes, J.M. / Robinson, R.C.
資金援助 シンガポール, 英国, 2件
組織認可番号国
Agency for Science, Technology and Research (A*STAR) シンガポール
Wellcome Trust090532/Z/09/Z 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The Yersinia YopO - actin complex with MgADP
著者: Lee, W.L. / Grimes, J.M. / Robinson, R.C.
履歴
登録2015年7月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月5日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Actin
B: Protein kinase YopO
C: Actin
D: Protein kinase YopO
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)229,06312
ポリマ－227,0654
非ポリマー1,9988
水1629
1
A: Actin
B: Protein kinase YopO
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,5316
ポリマ－113,5322
非ポリマー9994
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6170 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area41900 Å2
手法PISA
2
C: Actin
D: Protein kinase YopO
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,5316
ポリマ－113,5322
非ポリマー9994
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6180 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area41660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.730, 121.750, 118.580
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.88, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
12B
22D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 0 / Refine code: 0

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11VALVALCYSCYSAA5 - 3746 - 375
21VALVALCYSCYSCC5 - 3746 - 375
12LYSLYSMETMETBB108 - 72922 - 643
22LYSLYSMETMETDD108 - 72922 - 643

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 Actin / アクチン


分子量: 41755.617 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: G3CKA6
#2: タンパク質 Protein kinase YopO / YopO


分子量: 71776.875 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 89-729 / Mutation: K205Y, E206Y, E207Y, K440Y, K441Y / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Yersinia enterocolitica (腸炎エルシニア)
遺伝子: yopO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21star / 参照: UniProt: Q93KQ6

-
非ポリマー , 5種, 17分子

#3: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / アデノシン三リン酸


分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / アデノシン二リン酸


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.3 % / 解説: Thin plates
結晶化温度: 279.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1M HEPES, pH 7.5, 30% PEG 400, 0.2M NaCl

-
データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97626 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年9月23日
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97626 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.93→114.6 Å / Num. obs: 64212 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 63.37 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.125 / Net I/σ(I): 11.9
反射 シェル解像度: 2.93→3.01 Å / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.778 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX5.8.0107精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0107精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4CI6

4ci6


解像度: 2.93→114.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 35.703 / SU ML: 0.295 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 6.361 / ESU R Free: 0.359 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24024 3230 5.1 %RANDOM
Rwork0.19588 ---
obs0.19807 64212 99.3 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 69.26 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.74 Å20 Å22.88 Å2
2---9.7 Å2-0 Å2
3---8.68 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.93→114.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14992 0 120 9 15121
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.01915408
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.0214704
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.441.97520876
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.168333904
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.79751902
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.68624.082686
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.152152712
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.57815104
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.22350
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02117208
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.023404
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.0594.9917638
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.0594.9917637
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.4377.4859530
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.4377.4859531
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.2655.2567770
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.2655.2567771
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.8037.7811347
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.24847.1563642
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.24847.14963639
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A437860.07
12C437860.07
21B710880.09
22D710880.09
LS精密化 シェル解像度: 2.93→3.006 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.394 243 -
Rwork0.35 4437 -
obs--99.62 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1385-0.1734-0.44131.51820.26881.26240.03260.10230.2016-0.2980.015-0.2821-0.18040.1574-0.04760.0915-0.00220.02840.23640.02220.105962.155-30.493-9.725
20.47160.0774-0.00670.91590.07870.340.0231-0.0564-0.0490.1019-0.00680.28560.0621-0.1638-0.01630.1361-0.020.04050.39740.01150.162627.014-23.9229.502
31.0482-0.0902-0.54861.46940.10911.34290.06340.08220.1621-0.3068-0.0162-0.2288-0.15470.1403-0.04710.10170.02550.0250.22330.00960.0876101.486-32.43847.467
40.39770.1467-0.0520.78980.10590.35610.0331-0.059-0.04470.0823-0.02230.30210.0464-0.1756-0.01080.1357-0.02140.04480.39570.00210.203366.287-26.03466.744
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A5 - 374
2X-RAY DIFFRACTION2B108 - 729
3X-RAY DIFFRACTION3C5 - 374
4X-RAY DIFFRACTION4D108 - 729

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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