PDB-5c3z: Crystal structure of human ribokinase in complex with AMPPCP in C...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5c3z

タイトル

Crystal structure of human ribokinase in complex with AMPPCP in C2 spacegroup

要素

Ribokinase

キーワード

TRANSFERASE

機能・相同性

機能・相同性情報

ribokinase / ribokinase activity / Pentose phosphate pathway / D-ribose catabolic process / pentose-phosphate shunt / ATP binding / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Park, J. / Chakrabarti, J. / Singh, B. / Gupta, R.S. / Junop, M.S.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of human ribokinase in complex with AMPPCP in C2 spacegroup
著者: Park, J. / Chakrabarti, J. / Singh, B. / Gupta, R.S. / Junop, M.S.

履歴

登録	2015年6月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年6月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年4月26日	Group: Database references / Structure summary
改定 1.2	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5c3z.cif.gz	265.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5c3z.ent.gz	212.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5c3z.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5c3z_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5c3z_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	5c3z_validation.xml.gz	30.8 KB	表示
CIF形式データ	5c3z_validation.cif.gz	45.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c3/5c3z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c3/5c3z	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2fv7S 5byc 5byd 5bye 5byf 5c3y 5c40 5c41 S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6xk2-1 7c1y-d 2jg1-2 6wjz-d 3ie7-1 2fv7-2 5m89-d 5bye-d 5byf-d 4xck-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#118 - 2009年10月ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump) 類似性 (1) #168 - 2013年12月 DNAヘリカーゼ (DNA Helicase) 類似性 (1) #195 - 2016年3月 RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Ribokinase

B: Ribokinase

ヘテロ分子

71.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	142.557, 72.943, 91.864
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 114.81, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: TRP / Beg label comp-ID: TRP / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Refine code: _ / Auth seq-ID: 11 - 324 / Label seq-ID: 11 - 324

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

#1: タンパク質	Ribokinase 分子量: 35241.008 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RBKS, RBSK / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9H477, ribokinase
#2: 化合物	ChemComp-ACP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ADENOSINE-5'-[BETA, GAMMA-METHYLENE]TRIPHOSPHATE / β,γ-メチレンATP 分子量: 505.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₈N₅O₁₂P₃ コメント: AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 508 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.01 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1M sodium HEPES, 10% PEG 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12B / 波長: 1.1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2010年1月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 67611 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 18.464
反射シェル	解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.429 / Mean I/σ(I) obs: 2.875 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0123	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2FV7

2fv7

解像度: 1.9→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.975 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.96 / SU B: 5.181 / SU ML: 0.078 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.102 / ESU R Free: 0.104 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.18766	3427	5.1 %	RANDOM
R_work	0.14934	-	-	-
obs	0.15125	64182	99.15 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.267 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.62 Å²	0 Å²	-0.11 Å²
2-	-	1.16 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.17 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4651	0	69	508	5228

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.028	0.019	4892
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.012	0.02	4636
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.435	1.981	6694
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.817	3	10666
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.011	5	655
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.016	25.611	180
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.136	15	778
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.558	15	15
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.154	0.2	812
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.015	0.02	5638
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.008	0.02	1037
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.71	1.932	2590
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.71	1.931	2589
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.307	2.882	3255
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.307	2.883	3256
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.823	2.319	2302
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.823	2.32	2303
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.244	3.356	3440
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	7.585	18.23	5762
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	7.585	18.234	5763
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 35892 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.1 Å / Weight position: 0.05

Dom-ID	Auth asym-ID
1	A
2	B

LS精密化シェル

解像度: 1.894→1.943 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.256	242	-
R_work	0.227	4446	-
obs	-	-	93.8 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	9.409	5.8745	3.6612	3.7066	2.3049	1.4855	0.1349	0.1078	0.0237	0.1405	0.0096	-0.0651	0.0374	0.0822	-0.1445	0.228	-0.0356	-0.0051	0.2742	-0.019	0.4203	61.7855	9.3421	17.2885
2	7.1406	-2.784	-6.502	1.7784	1.8024	6.6957	-0.1816	0.7415	-0.1046	0.1506	0.0271	-0.0136	0.0911	-1.0038	0.1545	0.1078	0.059	0.0063	0.2395	-0.0357	0.0273	30.3511	11.821	19.8977
3	1.8861	-1.4394	-0.9806	1.9296	-0.0762	2.3019	-0.0895	-0.0908	0.2224	0.129	0.1155	-0.055	-0.0988	-0.0521	-0.0261	0.0948	0.0675	-0.0212	0.0485	-0.0164	0.0842	35.2532	14.4136	18.5665
4	2.2101	0.647	0.6031	3.49	0.8406	1.8888	-0.1013	0.2241	0.051	-0.2836	0.0292	0.0785	0.0042	0.0985	0.0721	0.1045	0.0464	0.0161	0.0592	0.0199	0.0095	40.9259	0.5258	3.4457
5	4.9285	-1.2288	-3.8178	2.9083	2.4371	10.4046	-0.1841	-0.1213	-0.6179	0.0443	-0.1212	-0.029	0.704	0.0248	0.3053	0.1725	0.0267	0.0296	0.0248	0.0169	0.1294	37.9818	-14.3023	10.4456
6	6.206	0.8617	-0.9303	2.3844	0.3371	3.2567	-0.0257	-0.3817	-0.3075	0.1977	-0.0461	-0.1493	0.4412	0.1258	0.0717	0.1282	0.0796	0.0134	0.1056	0.0377	0.025	43.8308	-5.3727	22.6457
7	5.2305	-0.8094	1.1649	3.2542	6.1151	13.2403	-0.057	0.2638	0.1162	0.0159	0.0215	-0.0517	0.1869	0.296	0.0355	0.1863	-0.0284	0.0153	0.1804	0.0137	0.2164	22.1508	54.6769	45.8448
8	2.4862	-2.5673	-3.9328	2.9814	3.331	7.8568	-0.0615	0.1533	0.0006	0.0045	-0.1319	-0.0692	0.252	-0.2679	0.1934	0.0437	0.0476	0.0224	0.1134	0.0066	0.1199	19.0044	29.6441	26.1235
9	1.6634	-1.0381	-1.1781	2.5474	0.3856	3.1227	0.1372	0.012	0.1113	-0.1199	-0.0485	-0.3117	-0.1034	0.1694	-0.0887	0.0433	0.0392	0.0365	0.0649	0.041	0.0906	22.9098	29.1707	27.4552
10	2.7514	-1.0622	-0.7302	2.364	0.4115	2.1833	0.1316	-0.1382	0.0259	0.1519	0.006	-0.0375	-0.0698	-0.2004	-0.1376	0.0923	0.0425	0.0216	0.073	0.0327	0.0276	10.0549	30.7855	38.5526
11	4.2725	0.3619	0.8941	3.578	-0.039	4.1296	0.0772	0.2207	0.118	0.0773	0.0249	0.2671	-0.1985	-0.4396	-0.1021	0.0969	0.1507	0.045	0.2475	0.0724	0.0765	-6.3595	34.1724	29.1656
12	4.0273	0.8425	0.9354	3.0176	0.2565	4.2484	-0.0269	0.4838	0.5422	-0.2169	0.0929	0.0408	-0.5805	-0.1928	-0.066	0.2144	0.1172	0.0683	0.1393	0.1221	0.1308	8.8884	44.749	23.2122

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	11 - 18
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	19 - 34
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	35 - 135
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	136 - 233
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	234 - 257
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	258 - 326
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	10 - 14
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	15 - 34
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	35 - 114
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	115 - 200
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	201 - 257
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	258 - 325

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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