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- PDB-6xk2: Crystal structure of Ribokinase from Cryptococcus neoformans var.... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xk2
タイトルCrystal structure of Ribokinase from Cryptococcus neoformans var. grubii serotype A in complex with ADP
要素Ribokinase
キーワードTRANSFERASE / SSGCID / Cryptococcus neoformans / Ribokinase / phosphorylation / ATP / ADP / D-ribose / D-ribose 5-phosphate / structural genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


ribokinase / ribokinase activity / D-ribose catabolic process / ATP binding / metal ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribokinase / Ribokinase/fructokinase / Carbohydrate kinase PfkB / pfkB family carbohydrate kinase / Ribokinase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Ribokinase
類似検索 - 構成要素
生物種Cryptococcus neoformans var. grubii serotype A (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of Ribokinase from Cryptococcus neoformans var. grubii serotype A in complex with ADP
著者: Abendroth, J. / Davies, D.R. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E.
履歴
登録2020年6月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribokinase
B: Ribokinase
C: Ribokinase
D: Ribokinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)142,31114
ポリマ-140,3474
非ポリマー1,96410
3,009167
1
A: Ribokinase
D: Ribokinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,1367
ポリマ-70,1732
非ポリマー9625
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4180 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area24920 Å2
手法PISA
2
B: Ribokinase
C: Ribokinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,1757
ポリマ-70,1732
非ポリマー1,0025
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4390 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area24400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.170, 84.570, 98.270
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.270, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 4 through 5 or (resid 6...
21(chain B and (resid 4 through 5 or (resid 6...
31(chain C and (resid 4 through 5 or (resid 6...
41(chain D and (resid 4 through 88 or (resid 89...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and (resid 4 through 5 or (resid 6...A4 - 5
121(chain A and (resid 4 through 5 or (resid 6...A6
131(chain A and (resid 4 through 5 or (resid 6...A2 - 323
141(chain A and (resid 4 through 5 or (resid 6...A2 - 323
151(chain A and (resid 4 through 5 or (resid 6...A2 - 323
161(chain A and (resid 4 through 5 or (resid 6...A2 - 323
211(chain B and (resid 4 through 5 or (resid 6...B4 - 5
221(chain B and (resid 4 through 5 or (resid 6...B6
231(chain B and (resid 4 through 5 or (resid 6...B4 - 323
241(chain B and (resid 4 through 5 or (resid 6...B4 - 323
251(chain B and (resid 4 through 5 or (resid 6...B4 - 323
261(chain B and (resid 4 through 5 or (resid 6...B4 - 323
311(chain C and (resid 4 through 5 or (resid 6...C4 - 5
321(chain C and (resid 4 through 5 or (resid 6...C6
331(chain C and (resid 4 through 5 or (resid 6...C4 - 401
341(chain C and (resid 4 through 5 or (resid 6...C4 - 401
351(chain C and (resid 4 through 5 or (resid 6...C4 - 401
411(chain D and (resid 4 through 88 or (resid 89...D4 - 88
421(chain D and (resid 4 through 88 or (resid 89...D89 - 90
431(chain D and (resid 4 through 88 or (resid 89...D4 - 400
441(chain D and (resid 4 through 88 or (resid 89...D4 - 400
451(chain D and (resid 4 through 88 or (resid 89...D4 - 400
461(chain D and (resid 4 through 88 or (resid 89...D4 - 400

-
要素

#1: タンパク質
Ribokinase / RK


分子量: 35086.723 Da / 分子数: 4 / 断片: CrneC.01141.a.B12 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cryptococcus neoformans var. grubii serotype A (strain H99 / ATCC 208821 / CBS 10515 / FGSC 9487) (菌類)
: H99 / ATCC 208821 / CBS 10515 / FGSC 9487 / 遺伝子: CNAG_02296 / プラスミド: CrneC.01141.a.B12
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: J9VQ51, ribokinase
#2: 化合物
ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : C10H15N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / : C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / : Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 167 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.94 %
結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Microlytic MCSG-1 screen D12: 20% (w/V) PDG 3350, 200mM ammonium chloride; CrneC.01141.a.B12.PW38396 at 19.46mg/ml + 2.5mM ADP + 2.5mM MgCl2; tray 299998 D12; cryo: 20% EG + 2.5mM ADP/MgCl2; puck pjn0-4

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2018年4月12日 / 詳細: C(111)
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→37.05 Å / Num. obs: 43388 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 3.413 % / Biso Wilson estimate: 58.322 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Rrim(I) all: 0.055 / Χ2: 1.029 / Net I/σ(I): 17.97 / Num. measured all: 148087 / Scaling rejects: 12
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.5-2.563.4270.5752.0911007321532120.80.68299.9
2.56-2.643.4270.4262.7910658311931100.8730.50699.7
2.64-2.713.4170.3363.4710491307330700.9090.39999.9
2.71-2.83.4230.2494.5110035293929320.9630.29699.8
2.8-2.893.4280.1796.159917290028930.9780.21399.8
2.89-2.993.4030.1368.19430277227710.9870.162100
2.99-3.13.4310.1099.969196269226800.9920.12999.6
3.1-3.233.4180.08512.718767257425650.9940.10199.7
3.23-3.373.4210.06716.598480250024790.9960.07999.2
3.37-3.543.4060.05220.648007236523510.9970.06299.4
3.54-3.733.4110.04225.567626225822360.9980.04999
3.73-3.953.4150.03629.227274214921300.9990.04299.1
3.95-4.233.4170.03232.616741200219730.9980.03898.6
4.23-4.563.3920.02836.826279188018510.9990.03398.5
4.56-53.40.02539.315800173517060.9990.0398.3
5-5.593.4190.02638.15238156115320.9990.03198.1
5.59-6.463.4030.02737.544648139913660.9990.03297.6
6.46-7.913.4010.02145.53891117211440.9990.02497.6
7.91-11.183.3780.01650.87304492790110.01997.2
11.18-37.053.2060.01650.8815585314860.9990.0291.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.18.2精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: apo structure, 6cw5
解像度: 2.5→37.05 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.63 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2304 1941 4.48 %0
Rwork0.1811 41396 --
obs0.1833 43337 99.1 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 147.25 Å2 / Biso mean: 65.7744 Å2 / Biso min: 34.2 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→37.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9027 0 123 167 9317
Biso mean--62.28 54.46 -
残基数----1266
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0069333
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.82712762
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.9913241
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0481510
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061705
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDRmsタイプ
11A5225X-RAY DIFFRACTION6.196TORSIONAL
12B5225X-RAY DIFFRACTION6.196TORSIONAL
13C5225X-RAY DIFFRACTION6.196TORSIONAL
14D5225X-RAY DIFFRACTION6.196TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.5-2.560.321500.27729333083100
2.56-2.630.32141480.261729303078100
2.63-2.710.30361320.25429883120100
2.71-2.80.32451390.240729403079100
2.8-2.90.29041500.234229563106100
2.9-3.010.27511430.214829683111100
3.01-3.150.25861210.21962966308799
3.15-3.320.29061330.210329723105100
3.32-3.520.25751320.18962979311199
3.52-3.790.19521290.17762936306599
3.79-4.180.22351430.16562955309899
4.18-4.780.17961300.14082967309799
4.78-6.020.221360.15842953308998
6.02-37.050.18471550.14932953310897
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.84030.3021-3.21461.9878-0.62214.17370.0056-0.0846-0.0611-0.1234-0.1374-0.13460.00460.48510.10430.3441-0.0028-0.02960.3344-0.01260.3212-5.1721-27.4283-25.3242
24.298-0.2437-1.38992.69090.47644.31050.12860.67560.3409-0.4692-0.03220.4939-0.542-0.3542-0.17970.4240.0328-0.04960.45210.1160.4487-22.056-19.4523-27.1262
32.6373-0.28270.12831.44120.43113.98590.29250.40550.957-0.23180.09820.3998-0.8278-0.222-0.25680.75230.0460.1380.35010.07820.901-21.4727-6.0682-18.8371
44.40610.69470.81823.3423-0.66313.74690.1185-0.34870.47320.1641-0.0225-0.0899-0.03130.2431-0.11590.4461-0.02450.05160.3857-0.10370.3463-10.9859-18.3083-8.5934
55.40070.11681.39540.45210.42462.87040.0083-0.1105-0.60290.03910.19170.03040.20930.3779-0.21860.36750.071-0.03030.3465-0.11990.5361-39.449-15.87235.1649
67.5396-0.14580.17351.05791.19252.36980.06260.6997-0.1562-0.13450.0020.1756-0.04570.6761-0.00010.3791-0.00970.00930.4257-0.05060.5013-43.525-9.6387-3.1921
73.8628-1.01352.33751.34850.54993.5853-0.09130.33410.8752-0.1749-0.11-0.1251-0.41180.51560.08980.4586-0.03110.03940.36550.03990.602-47.213-0.6847-1.8837
83.2377-0.77991.72271.77240.79953.3991-0.09440.1005-0.01920.13410.1307-0.30870.14640.1671-0.11460.33260.0343-0.01550.3425-0.05350.4845-43.8636-8.8586.997
91.9586-0.26720.911.23220.94451.50910.1904-0.3401-0.21610.1525-0.0050.4281-0.3172-0.61790.37320.50420.08590.03040.477-0.010.6577-62.8875-1.06495.8737
103.8893-0.18630.72983.30081.17034.06770.1984-0.2574-0.94060.1694-0.16320.54590.3976-0.3059-0.04390.3792-0.03310.04030.38850.02750.7675-60.924-17.42514.5411
112.8414-1.3898-0.91010.98410.97421.34090.1150.2878-1.53830.0767-0.18130.82390.2738-0.19980.12930.6466-0.1144-0.06850.5523-0.10241.4423-60.2857-32.94651.2973
122.86320.61980.03163.39870.30822.02220.1180.9121-1.1261-0.2729-0.14880.13270.147-0.01080.0310.4450.0597-0.06970.5523-0.27170.7679-51.9782-21.7356-11.8586
137.2588-2.565-1.45096.69920.92091.14070.76231.0540.1296-0.5277-0.3614-1.14360.1068-0.0203-0.43880.47920.1010.05070.68070.0130.734-43.8232-12.3823-15.4409
149.39950.84952.89542.2808-0.06751.94790.151-0.6535-0.91890.1031-0.01290.15650.0977-0.1338-0.12150.45110.08270.01130.49440.060.4927-30.1027-15.922318.7432
156.60721.46631.17413.48060.26231.72150.1142-0.36260.44110.2773-0.1653-0.0672-0.2374-0.07190.01660.43230.06660.03930.5391-0.02110.3544-20.1222-5.968723.5164
168.70851.82883.30153.05940.81692.03870.28420.16-0.1927-0.1669-0.13340.0914-0.00590.1626-0.12410.48780.11840.01520.53230.03110.3147-23.5874-11.78115.6547
172.9731-0.61021.74784.3353-0.05834.27460.27670.2327-0.1442-0.4054-0.4432-0.73010.0380.7213-0.02760.37650.0633-0.0020.7103-0.01630.6446-6.6252-15.201617.7229
181.90860.6542-0.11163.1022-0.67554.27240.5207-0.3222-2.6407-0.0821-0.3099-0.57540.99050.37570.07750.70360.1444-0.2480.57730.14311.4969-13.4408-30.448724.0392
197.5422-2.1001-0.97621.57630.11444.15950.5477-0.1963-1.93350.3459-0.1068-0.11460.80930.1868-0.27870.82740.0702-0.21320.83780.32771.4234-14.3422-32.428830.1118
200.52980.53940.24251.5691-0.23132.2029-0.6614-1.5614-1.22980.84030.5959-0.00940.4444-0.1021-0.17230.7061-0.04920.0281.14880.50760.8212-25.3211-23.724337.1428
210.56910.07911.50652.14490.46873.97570.7712-1.8039-1.63370.3822-0.1505-0.18220.03410.30880.00930.6549-0.067-0.11520.99470.2160.4416-14.4698-16.885235.325
220.6449-0.15670.92970.97580.72012.89040.0284-0.8112-0.54780.9775-0.18940.28360.39320.1638-0.48320.810.0208-0.04261.35330.54730.5292-21.8577-18.739.153
234.64341.81820.58772.8104-1.8394.10650.3129-1.08270.2390.4695-0.20930.179-0.9091-0.1841-0.12310.7788-0.09880.09821.07530.12060.4852-25.1096-9.687437.7028
247.683-0.5287-3.37510.34020.05343.2440.35220.73450.13520.0049-0.3752-0.1292-0.1809-0.2131-0.04390.4353-0.0128-0.00420.47950.1230.477810.765-25.7652-42.4386
257.9655-3.6517-3.28642.34171.80252.1215-0.3796-0.1721-1.14530.1345-0.49130.64240.51470.11020.62240.5623-0.01180.00930.60740.14430.871417.7085-38.0727-41.8554
264.3096-0.9163-1.16033.06630.18092.03140.26390.82610.6859-0.4388-0.3578-0.4475-0.08760.24720.14960.54140.03710.13380.63410.25170.552211.3121-25.9978-37.5969
272.38210.6692-0.45713.35040.05034.46760.3386-1.2128-0.83540.233-0.1162-0.25280.4460.7165-0.10970.49520.0161-0.0941.02310.27280.632330.2344-29.7883-36.5068
284.94791.3343-0.7294.4255-0.23924.73540.1212-0.44930.4692-0.0765-0.3241-0.5374-0.64230.72980.1380.4252-0.09750.00990.66850.1120.525133.7136-15.0615-47.0848
296.04880.550.91312.44130.22552.76910.12050.51430.2527-0.0898-0.2199-0.1687-0.08450.80120.1690.44280.07480.07320.77560.15230.425329.1086-22.9875-57.4355
303.4195-1.21780.64795.2710.6710.27710.5750.1174-0.4177-0.7418-0.27430.90050.865-0.657-0.25960.82180.1115-0.09610.6181-0.00550.744217.5808-32.9127-60.3732
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 116 )A2 - 116
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 117 through 208 )A117 - 208
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 209 through 247 )A209 - 247
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 248 through 323 )A248 - 323
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 4 through 34 )B4 - 34
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 35 through 53 )B35 - 53
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 54 through 78 )B54 - 78
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 79 through 116 )B79 - 116
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 117 through 131 )B117 - 131
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 132 through 197 )B132 - 197
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 198 through 233 )B198 - 233
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 234 through 305 )B234 - 305
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 306 through 323 )B306 - 323
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 4 through 34 )C4 - 34
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 35 through 78 )C35 - 78
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 79 through 116 )C79 - 116
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 117 through 152 )C117 - 152
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 153 through 224 )C153 - 224
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 225 through 247 )C225 - 247
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 248 through 270 )C248 - 270
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 271 through 288 )C271 - 288
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 289 through 305 )C289 - 305
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'C' and (resid 306 through 323 )C306 - 323
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 4 through 53 )D4 - 53
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 54 through 78 )D54 - 78
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 79 through 111 )D79 - 111
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resid 112 through 152 )D112 - 152
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'D' and (resid 153 through 224 )D153 - 224
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'D' and (resid 225 through 304 )D225 - 304
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'D' and (resid 305 through 323 )D305 - 323

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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