PDB-5bsh: Crystal structure of Medicago truncatula (delta)1-Pyrroline-5-Car...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5bsh

タイトル

Crystal structure of Medicago truncatula (delta)1-Pyrroline-5-Carboxylate Reductase (MtP5CR) in complex with L-Proline

要素

Pyrroline-5-carboxylate reductase

ピロリン-5-カルボン酸レダクターゼ

キーワード

OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / proline biosynthesis /

decamer (オリゴマー) / P5C /

plant protein (植物)

機能・相同性

機能・相同性情報

ピロリン-5-カルボン酸レダクターゼ /

pyrroline-5-carboxylate reductase activity / L-proline biosynthetic process /

nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Medicago truncatula (タルウマゴヤシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Ruszkowski, M. / Nocek, B. / Forlani, G. / Dauter, Z.

引用

ジャーナル: Front Plant Sci / 年: 2015
タイトル: The structure of Medicago truncatula delta (1)-pyrroline-5-carboxylate reductase provides new insights into regulation of proline biosynthesis in plants.
著者: Ruszkowski, M. / Nocek, B. / Forlani, G. / Dauter, Z.

履歴

登録	2015年6月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年11月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年12月2日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list / struct_ncs_dom_lim Item: _citation.country / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.country / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5bsh.cif.gz	999.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5bsh.ent.gz	841.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5bsh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bs/5bsh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bs/5bsh	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5bseSC 5bsfC 5bsgC 2izzS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5bsf-d 5bsg-d 5bse-d 5uat-1 6xoz-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (1) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1) #127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Pyrroline-5-carboxylate reductase

B: Pyrroline-5-carboxylate reductase

C: Pyrroline-5-carboxylate reductase

D: Pyrroline-5-carboxylate reductase

E: Pyrroline-5-carboxylate reductase

F: Pyrroline-5-carboxylate reductase

G: Pyrroline-5-carboxylate reductase

H: Pyrroline-5-carboxylate reductase

I: Pyrroline-5-carboxylate reductase

J: Pyrroline-5-carboxylate reductase

ヘテロ分子

289 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	87.489, 100.928, 101.925
Angle α, β, γ (deg.)	67.650, 85.460, 89.440
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: 0 / Refine code: 0

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ILE	ILE	SER	SER	A	A	3 - 274	6 - 277
2	1	ILE	ILE	SER	SER	B	B	3 - 274	6 - 277
1	2	PRO	PRO	SER	SER	A	A	5 - 274	8 - 277
2	2	PRO	PRO	SER	SER	C	C	5 - 274	8 - 277
1	3	PRO	PRO	SER	SER	A	A	5 - 274	8 - 277
2	3	PRO	PRO	SER	SER	D	D	5 - 274	8 - 277
1	4	ILE	ILE	SER	SER	A	A	3 - 274	6 - 277
2	4	ILE	ILE	SER	SER	E	E	3 - 274	6 - 277
1	5	ILE	ILE	SER	SER	A	A	3 - 274	6 - 277
2	5	ILE	ILE	SER	SER	F	F	3 - 274	6 - 277
1	6	PRO	PRO	SER	SER	A	A	7 - 274	10 - 277
2	6	PRO	PRO	SER	SER	G	G	7 - 274	10 - 277
1	7	ILE	ILE	SER	SER	A	A	3 - 274	6 - 277
2	7	ILE	ILE	SER	SER	H	H	3 - 274	6 - 277
1	8	PRO	PRO	LEU	LEU	A	A	5 - 273	8 - 276
2	8	PRO	PRO	LEU	LEU	I	I	5 - 273	8 - 276
1	9	ILE	ILE	LEU	LEU	A	A	4 - 273	7 - 276
2	9	ILE	ILE	LEU	LEU	J	J	4 - 273	7 - 276
1	10	PRO	PRO	SER	SER	B	B	5 - 274	8 - 277
2	10	PRO	PRO	SER	SER	C	C	5 - 274	8 - 277
1	11	PRO	PRO	SER	SER	B	B	5 - 274	8 - 277
2	11	PRO	PRO	SER	SER	D	D	5 - 274	8 - 277
1	12	ILE	ILE	SER	SER	B	B	3 - 274	6 - 277
2	12	ILE	ILE	SER	SER	E	E	3 - 274	6 - 277
1	13	ILE	ILE	SER	SER	B	B	3 - 274	6 - 277
2	13	ILE	ILE	SER	SER	F	F	3 - 274	6 - 277
1	14	PRO	PRO	SER	SER	B	B	7 - 274	10 - 277
2	14	PRO	PRO	SER	SER	G	G	7 - 274	10 - 277
1	15	ILE	ILE	SER	SER	B	B	3 - 274	6 - 277
2	15	ILE	ILE	SER	SER	H	H	3 - 274	6 - 277
1	16	PRO	PRO	LEU	LEU	B	B	5 - 273	8 - 276
2	16	PRO	PRO	LEU	LEU	I	I	5 - 273	8 - 276
1	17	ILE	ILE	LEU	LEU	B	B	4 - 273	7 - 276
2	17	ILE	ILE	LEU	LEU	J	J	4 - 273	7 - 276
1	18	PRO	PRO	SER	SER	C	C	5 - 274	8 - 277
2	18	PRO	PRO	SER	SER	D	D	5 - 274	8 - 277
1	19	PRO	PRO	SER	SER	C	C	5 - 274	8 - 277
2	19	PRO	PRO	SER	SER	E	E	5 - 274	8 - 277
1	20	PRO	PRO	SER	SER	C	C	5 - 274	8 - 277
2	20	PRO	PRO	SER	SER	F	F	5 - 274	8 - 277
1	21	PRO	PRO	SER	SER	C	C	7 - 274	10 - 277
2	21	PRO	PRO	SER	SER	G	G	7 - 274	10 - 277
1	22	PRO	PRO	SER	SER	C	C	5 - 274	8 - 277
2	22	PRO	PRO	SER	SER	H	H	5 - 274	8 - 277
1	23	PRO	PRO	SER	SER	C	C	5 - 274	8 - 277
2	23	PRO	PRO	SER	SER	I	I	5 - 274	8 - 277
1	24	PRO	PRO	SER	SER	C	C	5 - 274	8 - 277
2	24	PRO	PRO	SER	SER	J	J	5 - 274	8 - 277
1	25	PRO	PRO	SER	SER	D	D	5 - 274	8 - 277
2	25	PRO	PRO	SER	SER	E	E	5 - 274	8 - 277
1	26	PRO	PRO	SER	SER	D	D	5 - 274	8 - 277
2	26	PRO	PRO	SER	SER	F	F	5 - 274	8 - 277
1	27	PRO	PRO	SER	SER	D	D	7 - 274	10 - 277
2	27	PRO	PRO	SER	SER	G	G	7 - 274	10 - 277
1	28	PRO	PRO	SER	SER	D	D	5 - 274	8 - 277
2	28	PRO	PRO	SER	SER	H	H	5 - 274	8 - 277
1	29	PRO	PRO	SER	SER	D	D	5 - 274	8 - 277
2	29	PRO	PRO	SER	SER	I	I	5 - 274	8 - 277
1	30	PRO	PRO	SER	SER	D	D	5 - 274	8 - 277
2	30	PRO	PRO	SER	SER	J	J	5 - 274	8 - 277
1	31	ILE	ILE	SER	SER	E	E	3 - 274	6 - 277
2	31	ILE	ILE	SER	SER	F	F	3 - 274	6 - 277
1	32	PRO	PRO	SER	SER	E	E	7 - 274	10 - 277
2	32	PRO	PRO	SER	SER	G	G	7 - 274	10 - 277
1	33	ILE	ILE	SER	SER	E	E	3 - 274	6 - 277
2	33	ILE	ILE	SER	SER	H	H	3 - 274	6 - 277
1	34	PRO	PRO	LEU	LEU	E	E	5 - 273	8 - 276
2	34	PRO	PRO	LEU	LEU	I	I	5 - 273	8 - 276
1	35	ILE	ILE	LEU	LEU	E	E	4 - 273	7 - 276
2	35	ILE	ILE	LEU	LEU	J	J	4 - 273	7 - 276
1	36	PRO	PRO	SER	SER	F	F	7 - 274	10 - 277
2	36	PRO	PRO	SER	SER	G	G	7 - 274	10 - 277
1	37	ILE	ILE	SER	SER	F	F	3 - 274	6 - 277
2	37	ILE	ILE	SER	SER	H	H	3 - 274	6 - 277
1	38	PRO	PRO	LEU	LEU	F	F	5 - 273	8 - 276
2	38	PRO	PRO	LEU	LEU	I	I	5 - 273	8 - 276
1	39	ILE	ILE	LEU	LEU	F	F	4 - 273	7 - 276
2	39	ILE	ILE	LEU	LEU	J	J	4 - 273	7 - 276
1	40	PRO	PRO	SER	SER	G	G	7 - 274	10 - 277
2	40	PRO	PRO	SER	SER	H	H	7 - 274	10 - 277
1	41	PRO	PRO	SER	SER	G	G	7 - 274	10 - 277
2	41	PRO	PRO	SER	SER	I	I	7 - 274	10 - 277
1	42	PRO	PRO	SER	SER	G	G	7 - 274	10 - 277
2	42	PRO	PRO	SER	SER	J	J	7 - 274	10 - 277
1	43	PRO	PRO	LEU	LEU	H	H	5 - 273	8 - 276
2	43	PRO	PRO	LEU	LEU	I	I	5 - 273	8 - 276
1	44	ILE	ILE	LEU	LEU	H	H	4 - 273	7 - 276
2	44	ILE	ILE	LEU	LEU	J	J	4 - 273	7 - 276
1	45	PRO	PRO	LEU	LEU	I	I	5 - 273	8 - 276
2	45	PRO	PRO	LEU	LEU	J	J	5 - 273	8 - 276

NCSアンサンブル:

#1: タンパク質	Pyrroline-5-carboxylate reductase / ピロリン-5-カルボン酸レダクターゼ分子量: 28788.066 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Medicago truncatula (タルウマゴヤシ) 遺伝子: MTR_7g090160 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Gold (DE3) 参照: UniProt: G7KRM5, ピロリン-5-カルボン酸レダクターゼ
#2: 化合物	ChemComp-PRO / PROLINE / プロリン / プロリンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 115.130 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₉NO₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 694 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.94 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.11 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Morpheus screen (Molecular Dimensions) A7 solution (100 mM HEPES/MOPS buffer pH 7.5, 10% polyethylene glycol 4000, 20% glycerol, 30 mM MgCl2 and 30 mM CaCl2).

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9786 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月15日

放射

モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9786 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.1→40 Å / Num. obs: 183949 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 2.6 % / R_merge(I) obs: 0.069 / R_pim(I) all: 0.05 / R_rim(I) all: 0.086 / Χ²: 1.265 / Net I/av σ(I): 13.352 / Net I/σ(I): 9 / Num. measured all: 481562

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.1-2.14	2.6	0.482	1.9	9112	0.775	0.365	0.608	0.766	96.7
2.14-2.18	2.6	0.431		9125	0.799	0.325	0.543	0.794	96.8
2.18-2.22	2.6	0.348		9162	0.87	0.263	0.439	0.848	96.9
2.22-2.26	2.6	0.3		9136	0.891	0.226	0.377	0.875	97.1
2.26-2.31	2.6	0.263		9161	0.916	0.199	0.332	0.896	97.2
2.31-2.37	2.6	0.233		9148	0.931	0.175	0.293	0.93	97.3
2.37-2.42	2.6	0.202		9155	0.944	0.151	0.253	1.027	97.3
2.42-2.49	2.6	0.173		9167	0.956	0.13	0.218	1.068	97.6
2.49-2.56	2.6	0.155		9217	0.962	0.115	0.194	1.156	97.7
2.56-2.65	2.6	0.132		9166	0.975	0.098	0.166	1.244	97.8
2.65-2.74	2.6	0.114		9302	0.98	0.084	0.142	1.294	98
2.74-2.85	2.6	0.103		9170	0.982	0.075	0.128	1.51	98
2.85-2.98	2.6	0.096		9266	0.984	0.07	0.12	1.717	98.2
2.98-3.14	2.6	0.086		9258	0.985	0.062	0.106	1.727	98.3
3.14-3.33	2.6	0.08		9262	0.985	0.058	0.099	1.86	98.5
3.33-3.59	2.6	0.076		9280	0.986	0.055	0.094	2.027	98.5
3.59-3.95	2.6	0.07		9301	0.988	0.05	0.086	1.606	98.8
3.95-4.52	2.6	0.063		9294	0.99	0.045	0.078	1.536	98.9
4.52-5.7	2.6	0.055		9339	0.992	0.039	0.068	1.396	99.1
5.7-40	2.7	0.047		8928	0.993	0.034	0.059	0.932	94.7

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	5.8.0073	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
HKL-3000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2IZZ, 5BSE

2izz

5bse

解像度: 2.1→40 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.969 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.963 / WR_factor R_free: 0.2145 / WR_factor R_work: 0.1959 / FOM work R set: 0.8035 / SU ML: 0.13 / SU R_free: 0.1411 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.174 / ESU R Free: 0.141 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.197	1941	1.1 %	RANDOM
R_work	0.18	-	-	-
obs	0.18	182006	97 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 260.65 Å² / B_iso mean: 74 Å² / B_iso min: 35.12 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.61 Å²	-0.4 Å²	-1.78 Å²
2-	-	1.6 Å²	1.54 Å²
3-	-	-	0.72 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.1→40 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	19678	0	80	695	20453
B_iso mean	-	-	76.58	57.07	-
残基数	-	-	-	-	2700

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.019	20298
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.01	0.02	20294
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.6	1.982	27498
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.365	3	46760
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.782	5	2737
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.908	24.267	675
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.86	15	3499
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.423	15	110
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.086	0.2	3272
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.021	22990
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.009	0.02	4114
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.111	3.899	10942
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.104	3.898	10941
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.647	5.808	13681

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	15870	0.06
1	2	B	15870	0.06
2	1	A	15624	0.04
2	2	C	15624	0.04
3	1	A	15554	0.05
3	2	D	15554	0.05
4	1	A	15750	0.07
4	2	E	15750	0.07
5	1	A	15946	0.05
5	2	F	15946	0.05
6	1	A	15165	0.06
6	2	G	15165	0.06
7	1	A	15927	0.05
7	2	H	15927	0.05
8	1	A	15644	0.06
8	2	I	15644	0.06
9	1	A	15683	0.06
9	2	J	15683	0.06
10	1	B	15521	0.06
10	2	C	15521	0.06
11	1	B	15540	0.05
11	2	D	15540	0.05
12	1	B	15851	0.07
12	2	E	15851	0.07
13	1	B	15936	0.06
13	2	F	15936	0.06
14	1	B	15119	0.06
14	2	G	15119	0.06
15	1	B	15966	0.05
15	2	H	15966	0.05
16	1	B	15665	0.06
16	2	I	15665	0.06
17	1	B	15701	0.06
17	2	J	15701	0.06
18	1	C	15530	0.05
18	2	D	15530	0.05
19	1	C	15408	0.07
19	2	E	15408	0.07
20	1	C	15604	0.04
20	2	F	15604	0.04
21	1	C	15135	0.06
21	2	G	15135	0.06
22	1	C	15561	0.05
22	2	H	15561	0.05
23	1	C	15545	0.05
23	2	I	15545	0.05
24	1	C	15494	0.06
24	2	J	15494	0.06
25	1	D	15342	0.07
25	2	E	15342	0.07
26	1	D	15506	0.05
26	2	F	15506	0.05
27	1	D	15080	0.06
27	2	G	15080	0.06
28	1	D	15491	0.05
28	2	H	15491	0.05
29	1	D	15481	0.05
29	2	I	15481	0.05
30	1	D	15421	0.06
30	2	J	15421	0.06
31	1	E	15883	0.06
31	2	F	15883	0.06
32	1	E	14998	0.08
32	2	G	14998	0.08
33	1	E	15835	0.07
33	2	H	15835	0.07
34	1	E	15542	0.07
34	2	I	15542	0.07
35	1	E	15555	0.08
35	2	J	15555	0.08
36	1	F	15179	0.06
36	2	G	15179	0.06
37	1	F	15976	0.05
37	2	H	15976	0.05
38	1	F	15728	0.05
38	2	I	15728	0.05
39	1	F	15729	0.06
39	2	J	15729	0.06
40	1	G	15092	0.06
40	2	H	15092	0.06
41	1	G	15059	0.06
41	2	I	15059	0.06
42	1	G	15019	0.07
42	2	J	15019	0.07
43	1	H	15685	0.05
43	2	I	15685	0.05
44	1	H	15730	0.05
44	2	J	15730	0.05
45	1	I	15662	0.05
45	2	J	15662	0.05

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.15 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.269	115	-
R_work	0.268	12189	-
obs	-	-	87.69 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4463	-0.0201	-0.3759	0.0466	0.1558	2.2752	0.2097	-0.0405	0.0798	0.0351	0.1062	-0.0439	-0.1371	0.0043	-0.3159	0.3918	0.0205	0.0271	0.2249	-0.0306	0.2788	68.752	70.048	90.5173
2	0.7726	-0.0188	0.1446	0.3372	-0.2627	0.2769	0.0558	-0.1436	-0.1346	-0.0349	0.0698	0.0073	-0.0242	-0.0214	-0.1256	0.3631	-0.0671	0.0036	0.2345	-0.0029	0.3046	48.8988	61.326	67.7445
3	1.7222	-0.4951	0.3232	1.4388	-1.4196	1.4663	0.0377	-0.185	-0.1932	-0.1583	0.3563	0.3482	0.1354	-0.2786	-0.3941	0.2656	-0.1536	-0.1055	0.3801	0.211	0.3657	25.1126	44.1368	80.8333
4	0.8323	-0.1227	0.2562	0.1352	0.0353	0.2738	0.0315	-0.1237	-0.1473	-0.0396	0.0916	0.0148	-0.055	-0.0412	-0.123	0.3689	-0.057	0.0039	0.2453	0.0168	0.2817	46.7396	63.6223	68.3334
5	2.2865	-0.9156	1.0812	1.9499	-0.4323	0.6185	-0.0265	0.2572	0.377	0.1636	-0.3144	-0.2406	-0.1809	0.0847	0.3409	0.5513	-0.0336	-0.0476	0.0881	-0.0306	0.3651	58.4808	112.0063	67.5828
6	1.1651	0.0549	0.1501	0.1644	-0.2568	0.5088	0.0153	-0.0155	0.0851	0.051	0.0264	-0.0334	-0.0567	-0.093	-0.0417	0.3716	-0.0135	0.0774	0.2344	-0.0258	0.2882	42.2645	86.1914	59.8443
7	0.5781	0.1416	-0.0998	0.7158	1.5723	3.8161	0.513	-0.2775	0.062	0.1504	-0.4612	-0.0694	0.0678	-1.0334	-0.0518	0.4406	-0.1002	0.133	0.8216	0.0607	0.1649	12.1874	91.2995	69.8723
8	0.8812	0.1579	0.3222	0.4602	-0.3805	0.5865	0.0076	-0.0019	0.0845	0.0719	0.0365	0.0157	-0.043	-0.0824	-0.0441	0.3755	-0.0061	0.0788	0.223	-0.0276	0.2965	40.8851	87.3936	57.239
9	1.0886	0.3166	0.5123	0.7424	-0.5694	1.1858	0.0546	0.0798	-0.032	-0.0578	-0.0805	-0.1132	-0.0418	0.013	0.026	0.2936	0.0327	0.097	0.2558	0.0753	0.3155	68.3554	105.1725	19.3749
10	0.6321	0.1395	0.1976	0.2724	0.1086	0.2163	-0.0091	0.1525	0.0229	0.0621	0.015	0.0176	-0.0069	0.0488	-0.0059	0.3013	0.0346	0.0617	0.3225	0.0167	0.2719	45.6772	87.508	33.2113
11	1.9414	-0.2799	0.3896	2.784	0.122	0.1071	0.1155	0.1869	0.2096	0.1276	-0.2087	0.4632	0.0562	0.0967	0.0932	0.2039	0.0239	0.0598	0.3612	0.0361	0.3127	17.318	97.0319	21.4357
12	0.7665	0.3133	0.019	0.1904	-0.1085	0.4341	-0.0161	0.1606	0.0198	0.0501	0.0167	0.0646	-0.0084	0.0506	-0.0006	0.2854	0.0298	0.0661	0.3371	0.0084	0.2643	45.2864	85.4697	30.7531
13	0.06	-0.1217	-0.0946	7.0074	3.8397	2.1363	-0.08	0.1244	-0.0831	-0.2741	1.499	-2.6277	-0.154	0.7192	-1.419	0.1019	-0.1228	0.2315	0.847	-0.8886	1.2754	82.3684	58.2516	11.9826
14	0.2347	0.0311	0.0581	0.3931	-0.0152	0.166	0.0296	0.1786	-0.0004	0.0364	0.0707	-0.1206	0.047	-0.0367	-0.1003	0.2942	0.0481	0.03	0.3933	-0.1277	0.2595	54.1859	63.4459	24.4695
15	2.0147	1.0642	-0.5959	0.6789	0.1315	2.0198	-0.0154	0.0421	0.6005	-0.0349	0.0055	0.3739	0.1254	-0.024	0.0099	0.3009	0.1132	-0.0652	0.2701	-0.1598	0.3277	32.5332	54.1983	2.3667
16	0.34	0.1978	0.1648	0.4803	0.2184	0.2146	0.0534	0.204	-0.0433	0.0554	0.0637	-0.0791	0.0611	0.0078	-0.1171	0.2779	0.0596	0.0355	0.4035	-0.1385	0.2521	53.6105	60.4363	25.374
17	3.256	0.2273	0.8396	1.1105	-1.3498	2.0288	1.1525	-0.0157	-1.1646	0.5039	-0.5845	0.084	-0.2317	0.6868	-0.568	0.602	-0.213	-0.3692	0.271	-0.0315	0.7424	82.8778	36.8495	58.4184
18	0.9095	0.2745	0.1296	0.1081	-0.0084	0.5604	0.2071	0.137	-0.3536	0.0463	-0.0164	-0.0582	-0.0251	0.054	-0.1907	0.3351	0.0264	-0.0856	0.1573	-0.1502	0.4223	56.1638	47.2706	45.9885
19	2.0042	-0.5269	-0.8233	3.8241	1.0803	0.5472	-0.1156	0.5347	-0.0526	0.1425	0.1524	0.0473	0.1161	-0.1554	-0.0368	0.3224	-0.0662	-0.3956	0.1758	0.0377	0.5585	37.572	22.6805	38.5799
20	0.7472	-0.1106	0.1546	0.0816	-0.1721	0.4933	0.2186	0.0443	-0.3492	0.0136	-0.0182	0.0307	-0.0377	-0.015	-0.2004	0.3347	0.008	-0.1175	0.1366	-0.1066	0.4664	54.5319	46.9518	48.7407

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 169
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	170 - 274
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	3 - 169
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	170 - 274
5	X-RAY DIFFRACTION	5	C	5 - 169
6	X-RAY DIFFRACTION	6	C	170 - 274
7	X-RAY DIFFRACTION	7	D	5 - 169
8	X-RAY DIFFRACTION	8	D	170 - 274
9	X-RAY DIFFRACTION	9	E	3 - 169
10	X-RAY DIFFRACTION	10	E	170 - 274
11	X-RAY DIFFRACTION	11	F	3 - 169
12	X-RAY DIFFRACTION	12	F	170 - 274
13	X-RAY DIFFRACTION	13	G	7 - 169
14	X-RAY DIFFRACTION	14	G	170 - 274
15	X-RAY DIFFRACTION	15	H	3 - 169
16	X-RAY DIFFRACTION	16	H	170 - 274
17	X-RAY DIFFRACTION	17	I	5 - 169
18	X-RAY DIFFRACTION	18	I	170 - 274
19	X-RAY DIFFRACTION	19	J	4 - 169
20	X-RAY DIFFRACTION	20	J	170 - 274

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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新型コロナ情報

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