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- PDB-5bmm: Src in complex with DNA-templated macrocyclic inhibitor MC25b -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5bmm
タイトルSrc in complex with DNA-templated macrocyclic inhibitor MC25b
要素
  • Proto-oncogene tyrosine-protein kinase Src
  • macrocyclic inhibitor MC25b
キーワードTransferase/transferase Inhibitor / Transferase-transferase Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Signaling by ERBB2 / Nuclear signaling by ERBB4 / PIP3 activates AKT signaling / Signaling by SCF-KIT / Regulation of KIT signaling / Signaling by EGFR / GAB1 signalosome / Regulation of gap junction activity / FCGR activation / PECAM1 interactions ...Signaling by ERBB2 / Nuclear signaling by ERBB4 / PIP3 activates AKT signaling / Signaling by SCF-KIT / Regulation of KIT signaling / Signaling by EGFR / GAB1 signalosome / Regulation of gap junction activity / FCGR activation / PECAM1 interactions / CD28 co-stimulation / CTLA4 inhibitory signaling / EPHA-mediated growth cone collapse / Ephrin signaling / G alpha (i) signalling events / GP1b-IX-V activation signalling / Recycling pathway of L1 / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / VEGFR2 mediated cell proliferation / RAF activation / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / RET signaling / Receptor Mediated Mitophagy / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / Downregulation of ERBB4 signaling / EPH-ephrin mediated repulsion of cells / Cyclin D associated events in G1 / Regulation of RUNX3 expression and activity / Activated NTRK3 signals through PI3K / Downstream signal transduction / MAP2K and MAPK activation / Integrin signaling / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / MET activates PTK2 signaling / Extra-nuclear estrogen signaling / EPHB-mediated forward signaling / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / VEGFA-VEGFR2 Pathway / connexin binding / osteoclast development / progesterone receptor signaling pathway / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / bone resorption / extrinsic component of cytoplasmic side of plasma membrane / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / non-specific protein-tyrosine kinase / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / epidermal growth factor receptor signaling pathway / 細胞結合 / protein phosphatase binding / protein tyrosine kinase activity / ミトコンドリア内膜 / 細胞分化 / 細胞骨格 / endosome membrane / regulation of cell cycle / 細胞接着 / 細胞周期 / リン酸化 / signaling receptor binding / focal adhesion / 自然免疫系 / heme binding / perinuclear region of cytoplasm / protein-containing complex / ATP binding / 生体膜 / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
SH3ドメイン / SH2ドメイン / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2ドメイン / Src homology 3 domains / SH2 domain superfamily / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3ドメイン ...SH3ドメイン / SH2ドメイン / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2ドメイン / Src homology 3 domains / SH2 domain superfamily / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3ドメイン / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
macrocyclic inhibitor MC25b / Proto-oncogene tyrosine-protein kinase Src
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Georghiou, G. / Guja, K.E. / Aleem, S. / Kleiner, R.E. / Liu, D.R. / Miller, W.T. / Garcia-Diaz, M. / Seeliger, M.A.
引用ジャーナル: Cell Chem Biol / 年: 2016
タイトル: Structural and Biochemical Basis for Intracellular Kinase Inhibition by Src-specific Peptidic Macrocycles.
著者: Aleem, S.U. / Georghiou, G. / Kleiner, R.E. / Guja, K.E. / Craddock, B.P. / Lyczek, A. / Chan, A.I. / Garcia-Diaz, M. / Miller, W.T. / Liu, D.R. / Seeliger, M.A.
履歴
登録2015年5月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年9月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年10月5日Group: Database references
改定 1.22023年9月27日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_polymer_linkage / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Proto-oncogene tyrosine-protein kinase Src
B: Proto-oncogene tyrosine-protein kinase Src
C: macrocyclic inhibitor MC25b
D: macrocyclic inhibitor MC25b


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,9354
ポリマ－66,9354
非ポリマー00
水2,342130
1
A: Proto-oncogene tyrosine-protein kinase Src
C: macrocyclic inhibitor MC25b


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,4672
ポリマ－33,4672
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1570 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area12150 Å2
手法PISA
2
B: Proto-oncogene tyrosine-protein kinase Src
D: macrocyclic inhibitor MC25b


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,4672
ポリマ－33,4672
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1610 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area12210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.830, 118.610, 42.650
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.08, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Proto-oncogene tyrosine-protein kinase Src / / Proto-oncogene c-Src / pp60c-src / p60-Src


分子量: 32726.645 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: SRC / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P00523, non-specific protein-tyrosine kinase
#2: タンパク質・ペプチド macrocyclic inhibitor MC25b


タイプ: Peptide-likeペプチド / クラス: 阻害剤 / 分子量: 740.776 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) / 参照: macrocyclic inhibitor MC25b
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 130 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.97 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 14% PEG 5000 MME, 0.3 M NaH2PO

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年5月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→42.65 Å / Num. obs: 17499 / % possible obs: 83.9 % / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.252 / Net I/σ(I): 8.2
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.67 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 26.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3U4W

3u4w


解像度: 2.5→42.65 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 25.19 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.246 871 4.98 %RANDOM
Rwork0.218 ---
obs0.22 17497 83.7 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→42.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4404 0 0 130 4534
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0034512
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8316131
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.8661653
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03667
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004792
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5006-2.65730.3358740.27671189X-RAY DIFFRACTION36
2.6573-2.86240.3081060.29162295X-RAY DIFFRACTION69
2.8624-3.15040.2991630.25863153X-RAY DIFFRACTION96
3.1504-3.6060.24971840.21973324X-RAY DIFFRACTION100
3.606-4.54240.21451590.18753309X-RAY DIFFRACTION100
4.54-42.650.20821850.19123356X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.3956-0.15-0.21281.37830.17071.8206-0.0994-0.1699-0.20570.07230.05970.03860.2277-0.0120.05340.16610.011-0.02710.33140.01720.206-28.413-1.1445-7.3556
21.5981-0.04240.01521.45320.27271.4995-0.03030.16810.1896-0.02780.00520.0348-0.144-0.0810.0010.12760.00410.0140.3771-0.00020.2086-58.615719.7768-23.1846
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN B

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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