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万見
- PDB-5b71: Crystal structure of complement C5 in complex with SKY59 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5b71
タイトルCrystal structure of complement C5 in complex with SKY59
要素
  • Complement C5 beta chain
  • SKY59 Fab heavy chain
  • SKY59 Fab light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / pH-dependent / recycling antibody / complement C5 / Fab / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Terminal pathway of complement / 膜侵襲複合体 / Activation of C3 and C5 / negative regulation of macrophage chemotaxis / complement activation, alternative pathway / chemokine activity / endopeptidase inhibitor activity / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / complement activation, classical pathway / positive regulation of chemokine production ...Terminal pathway of complement / 膜侵襲複合体 / Activation of C3 and C5 / negative regulation of macrophage chemotaxis / complement activation, alternative pathway / chemokine activity / endopeptidase inhibitor activity / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / complement activation, classical pathway / positive regulation of chemokine production / Peptide ligand-binding receptors / Regulation of Complement cascade / 走化性 / G alpha (i) signalling events / killing of cells of another organism / cell surface receptor signaling pathway / 炎症 / G protein-coupled receptor signaling pathway / signaling receptor binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Macroglobulin (MG2) domain / : / Complement component 5, CUB domain / Complement C3/4/5, macroglobulin domain MG1 / Macroglobulin domain MG1 / Anaphylatoxin, complement system domain / Anaphylatoxin domain signature. / Anaphylatoxin/fibulin / Anaphylatoxin, complement system / Anaphylotoxin-like domain ...Macroglobulin (MG2) domain / : / Complement component 5, CUB domain / Complement C3/4/5, macroglobulin domain MG1 / Macroglobulin domain MG1 / Anaphylatoxin, complement system domain / Anaphylatoxin domain signature. / Anaphylatoxin/fibulin / Anaphylatoxin, complement system / Anaphylotoxin-like domain / Anaphylatoxin domain profile. / Anaphylatoxin homologous domain / Netrin C-terminal Domain / Netrin module, non-TIMP type / UNC-6/NTR/C345C module / Alpha-macroglobulin, receptor-binding / Alpha-macroglobulin, receptor-binding domain superfamily / Macroglobulin domain MG4 / Macroglobulin domain MG3 / A-macroglobulin receptor binding domain / Macroglobulin domain MG4 / Macroglobulin domain MG3 / A-macroglobulin receptor / Netrin domain / NTR domain profile. / Tissue inhibitor of metalloproteinases-like, OB-fold / Α2-マクログロブリン / Macroglobulin domain / Alpha-2-macroglobulin, bait region domain / Alpha-macroglobulin-like, TED domain / Alpha-2-macroglobulin family / MG2 domain / A-macroglobulin TED domain / Alpha-2-macroglobulin bait region domain / Α2-マクログロブリン / Alpha-2-macroglobulin family / Terpenoid cyclases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid / 抗体 / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.11 Å
データ登録者Irie, M. / Shimizu, Y. / Sampei, Z. / Fukuzawa, T.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Long lasting neutralization of C5 by SKY59, a novel recycling antibody, is a potential therapy for complement-mediated diseases.
著者: Fukuzawa, T. / Sampei, Z. / Haraya, K. / Ruike, Y. / Shida-Kawazoe, M. / Shimizu, Y. / Gan, S.W. / Irie, M. / Tsuboi, Y. / Tai, H. / Sakiyama, T. / Sakamoto, A. / Ishii, S. / Maeda, A. / ...著者: Fukuzawa, T. / Sampei, Z. / Haraya, K. / Ruike, Y. / Shida-Kawazoe, M. / Shimizu, Y. / Gan, S.W. / Irie, M. / Tsuboi, Y. / Tai, H. / Sakiyama, T. / Sakamoto, A. / Ishii, S. / Maeda, A. / Iwayanagi, Y. / Shibahara, N. / Shibuya, M. / Nakamura, G. / Nambu, T. / Hayasaka, A. / Mimoto, F. / Okura, Y. / Hori, Y. / Habu, K. / Wada, M. / Miura, T. / Tachibana, T. / Honda, K. / Tsunoda, H. / Kitazawa, T. / Kawabe, Y. / Igawa, T. / Hattori, K. / Nezu, J.
履歴
登録2016年6月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年5月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SKY59 Fab light chain
B: SKY59 Fab heavy chain
C: SKY59 Fab light chain
D: SKY59 Fab heavy chain
E: Complement C5 beta chain
F: Complement C5 beta chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,4956
ポリマ－119,4956
非ポリマー00
水5,801322
1
A: SKY59 Fab light chain
B: SKY59 Fab heavy chain
E: Complement C5 beta chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,7483
ポリマ－59,7483
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5450 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area23950 Å2
手法PISA
2
C: SKY59 Fab light chain
D: SKY59 Fab heavy chain
F: Complement C5 beta chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,7483
ポリマ－59,7483
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5190 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area23430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.790, 55.100, 127.760
Angle α, β, γ (deg.)89.180, 86.240, 78.200
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: 抗体 SKY59 Fab light chain


分子量: 23328.748 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 SKY59 Fab heavy chain


分子量: 24121.047 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質 Complement C5 beta chain


分子量: 12297.792 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP RESIDUES 20-124 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: C5, CPAMD4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P01031
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 322 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.28 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2M magnesium formate dehydrate, 15.0% w/v polyethylene glycol 3350, 20% v/v glycerol as cryoprotectant

-
データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.11→42.49 Å / Num. obs: 56154 / % possible obs: 92.1 % / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 7.9
反射 シェル解像度: 2.11→2.16 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.317 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 95.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSdata processing
Aimlessデータスケーリング
REFMAC5.8.0135精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1BBJ, 3CU7

1bbj

3cu7


解像度: 2.11→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 9.455 / SU ML: 0.233 / SU R Cruickshank DPI: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.343 / ESU R Free: 0.247
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2853 2724 4.9 %RANDOM
Rwork0.2459 ---
obs0.2478 53398 92.04 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 80.33 Å2 / Biso mean: 38.604 Å2 / Biso min: 16.15 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.72 Å20.86 Å21.39 Å2
2---0.39 Å21.52 Å2
3----0.79 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.11→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7895 0 0 322 8217
Biso mean---39.29 -
残基数----1057
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0198085
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0621.94211004
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.82751047
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.22924.161298
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.38151228
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.5721524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.060.21256
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0216030
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7173.9344218
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.3325.8925255
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.463.8983867
LS精密化 シェル解像度: 2.11→2.164 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.376 210 -
Rwork0.357 4034 -
all-4244 -
obs--95.74 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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