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万見
- PDB-5awz: Crystal Structure of the Cell-Free Synthesized Membrane Protein, ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5awz
タイトルCrystal Structure of the Cell-Free Synthesized Membrane Protein, Acetabularia Rhodopsin I, at 1.57 angstrom
要素Rhodopsin Iロドプシン
キーワードPROTON TRANSPORT (プロトンポンプ) / MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / RETINAL (レチナール) / WATER CLUSTER (水クラスター) / GREEN ALGAE (緑藻) / PHOTOTAXIS (走光性) / CELL-FREE SYNTHESIS / MICROBIAL-TYPE RHODOPSIN / LIGHT-DRIVEN PROTON PUMP
機能・相同性
機能・相同性情報


photoreceptor activity / phototransduction / monoatomic ion channel activity / 生体膜
類似検索 - 分子機能
Bacterial rhodopsins signature 1. / Rhodopsin, retinal binding site / Bacteriorhodopsin-like protein / Archaeal/bacterial/fungal rhodopsins / Bacteriorhodopsin-like protein / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
テトラデカン / デカン / ドデカン / オクタン / (2S)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / レチナール / Rhodopsin I
類似検索 - 構成要素
生物種Acetabularia acetabulum (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.57 Å
データ登録者Furuse, M. / Hosaka, T. / Kimura-Someya, T. / Yokoyama, S. / Shirouzu, M.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2015
タイトル: Structural basis for the slow photocycle and late proton release in Acetabularia rhodopsin I from the marine plant Acetabularia acetabulum
著者: Furuse, M. / Tamogami, J. / Hosaka, T. / Kikukawa, T. / Shinya, N. / Hato, M. / Ohsawa, N. / Kim, S.Y. / Jung, K.H. / Demura, M. / Miyauchi, S. / Kamo, N. / Shimono, K. / Kimura-Someya, T. / ...著者: Furuse, M. / Tamogami, J. / Hosaka, T. / Kikukawa, T. / Shinya, N. / Hato, M. / Ohsawa, N. / Kim, S.Y. / Jung, K.H. / Demura, M. / Miyauchi, S. / Kamo, N. / Shimono, K. / Kimura-Someya, T. / Yokoyama, S. / Shirouzu, M.
履歴
登録2015年7月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
置き換え2015年8月26日ID: 3WT8
改定 1.02015年8月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年11月18日Group: Database references
改定 1.22020年2月26日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Rhodopsin I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,31211
ポリマ－26,4761
非ポリマー1,83510
水1,65792
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1200 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area10700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.990, 101.630, 43.760
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 119.17, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Rhodopsin I / ロドプシン


分子量: 26476.262 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-237 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Acetabularia acetabulum (植物) / 遺伝子: aopI / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G3CEP6

-
非ポリマー , 7種, 102分子

#2: 化合物 ChemComp-RET / RETINAL / (7Z,9Z,11Z,13Z)-レチナ-ル / レチナール


分子量: 284.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H28O
#3: 化合物 ChemComp-OLB / (2S)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-O-オレオイル-L-グリセロ-ル


分子量: 356.540 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#4: 化合物 ChemComp-D12 / DODECANE / ドデカン / ドデカン


分子量: 170.335 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26
#5: 化合物 ChemComp-D10 / DECANE / デカン / デカン


分子量: 142.282 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22
#6: 化合物 ChemComp-OCT / N-OCTANE / オクタン / オクタン


分子量: 114.229 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18
#7: 化合物 ChemComp-C14 / TETRADECANE / テトラデカン / テトラデカン


分子量: 198.388 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H30
#8: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 92 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.04 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 6.5
詳細: 18% PEG400, 0.1M sodium cacodylate, 0.2M NaCl, 10mM MgCl2, 2.5% MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.57→30.54 Å / Num. obs: 39721 / % possible obs: 98.28 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 20.2 Å2 / Rsym value: 0.07893 / Net I/σ(I): 9.87
反射 シェル解像度: 1.57→1.63 Å / 冗長度: 3.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.82 / % possible all: 83.67

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1690精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1C3W

1c3w


解像度: 1.57→30.54 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.19 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1941 1653 4.16 %Random selection
Rwork0.1769 ---
obs0.1776 39706 98.26 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.57→30.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1818 0 129 92 2039
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061998
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1222694
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.015727
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.039310
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006316
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5699-1.61610.31541130.31592575X-RAY DIFFRACTION80
1.6161-1.66820.23691410.26933240X-RAY DIFFRACTION100
1.6682-1.72790.24081400.21813207X-RAY DIFFRACTION100
1.7279-1.7970.21251370.19043175X-RAY DIFFRACTION100
1.797-1.87880.20611410.16313241X-RAY DIFFRACTION100
1.8788-1.97780.15781400.15643229X-RAY DIFFRACTION100
1.9778-2.10170.19421390.14993219X-RAY DIFFRACTION100
2.1017-2.2640.17331400.13923220X-RAY DIFFRACTION100
2.264-2.49170.1591390.14673206X-RAY DIFFRACTION100
2.4917-2.8520.1641410.15243242X-RAY DIFFRACTION100
2.852-3.59240.16421400.17473229X-RAY DIFFRACTION100
3.5924-30.54540.23081420.20083270X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5542-0.4387-0.24982.15510.36441.05020.02020.05760.0119-0.06960.00290.0371-0.0797-0.1378-0.0210.1418-0.0009-0.00540.18010.01440.1456.828953.583222.7503
23.2957-3.9162-0.75989.20892.59793.1202-0.166-0.0305-0.23610.4590.19910.23980.3589-0.1382-0.0020.1851-0.04520.04210.1970.02960.14299.27135.24435.421
31.6569-1.1859-0.47155.27-0.69432.0444-0.0081-0.00020.00410.04570.00890.0139-0.0081-0.0221-0.01130.0976-0.0215-0.01340.15380.00440.125913.33554.51330.678
46.6991-0.5934-0.46240.93442.44736.61050.0022-0.018-0.48040.08810.1093-0.10070.49350.2003-0.1160.13440.0020.00550.1305-0.00590.144520.13131.18619.395
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 9 through 141 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 142 through 174 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 175 through 225 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 226 through 236 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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