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- PDB-5aor: Structure of MLE RNA ADP AlF4 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5aor
タイトルStructure of MLE RNA ADP AlF4 complex
要素
  • 5'-R(*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP)-3'
  • DOSAGE COMPENSATION REGULATOR
キーワードHYDROLASE/RNA / HYDROLASE-RNA COMPLEX / HELICASE (ヘリカーゼ) / DOSAGE COMPENSATION (遺伝子量補償) / MLE / DEAH / ROX
機能・相同性
機能・相同性情報


RIP-mediated NFkB activation via ZBP1 / X chromosome located dosage compensation complex, transcription activating / 3'-5' DNA/RNA helicase activity / DEx/H-box helicases activate type I IFN and inflammatory cytokines production / male courtship behavior, veined wing generated song production / regulation of cytoplasmic translation / regulatory region RNA binding / 遺伝子量補償 / PKR-mediated signaling / MSL complex ...RIP-mediated NFkB activation via ZBP1 / X chromosome located dosage compensation complex, transcription activating / 3'-5' DNA/RNA helicase activity / DEx/H-box helicases activate type I IFN and inflammatory cytokines production / male courtship behavior, veined wing generated song production / regulation of cytoplasmic translation / regulatory region RNA binding / 遺伝子量補償 / PKR-mediated signaling / MSL complex / dosage compensation by hyperactivation of X chromosome / positive regulation of DNA topoisomerase (ATP-hydrolyzing) activity / 多糸染色体 / 3'-5' RNA helicase activity / regulation of mRNA processing / axon extension / lncRNA binding / 3'-5' DNA helicase activity / DNA duplex unwinding / nuclear chromosome / positive regulation of heterochromatin formation / X染色体 / DNA helicase activity / helicase activity / determination of adult lifespan / double-stranded RNA binding / 染色体 / double-stranded DNA binding / RNA helicase activity / ヘリカーゼ / ribonucleoprotein complex / chromatin binding / クロマチン / 核小体 / ATP hydrolysis activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / RNA binding / ATP binding / 細胞核 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
DHX9, first double-stranded RNA binding domain / DHX9, second double-stranded RNA binding domain / DHX9, DEXH-box helicase domain / : / Helicase associated domain (HA2), ratchet-like / DEAD-box helicase, OB fold / Oligonucleotide/oligosaccharide-binding (OB)-fold / Helicase-associated domain / Helicase associated domain (HA2), winged-helix / Helicase associated domain (HA2) Add an annotation ...DHX9, first double-stranded RNA binding domain / DHX9, second double-stranded RNA binding domain / DHX9, DEXH-box helicase domain / : / Helicase associated domain (HA2), ratchet-like / DEAD-box helicase, OB fold / Oligonucleotide/oligosaccharide-binding (OB)-fold / Helicase-associated domain / Helicase associated domain (HA2), winged-helix / Helicase associated domain (HA2) Add an annotation / Double-stranded RNA binding motif / Double-stranded RNA binding motif / DNA/RNA helicase, ATP-dependent, DEAH-box type, conserved site / DEAH-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / Double stranded RNA-binding domain (dsRBD) profile. / Double-stranded RNA-binding domain / DEAD/DEAH box helicase / DEAD/DEAH box helicase domain / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / TETRAFLUOROALUMINATE ION / リボ核酸 / RNA (> 10) / Dosage compensation regulator
類似検索 - 構成要素
生物種DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ)
SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.08 Å
データ登録者Prabu, J.R. / Conti, E.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2015
タイトル: Structure of the RNA Helicase Mle Reveals the Molecular Mechanisms for Uridine Specificity and RNA-ATP Coupling.
著者: Prabu, J.R. / Muller, M. / Thomae, A.W. / Schussler, S. / Bonneau, F. / Becker, P.B. / Conti, E.
履歴
登録2015年9月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年11月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AG" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AG" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 5-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 6-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "BF" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 5-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 6-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DOSAGE COMPENSATION REGULATOR
B: DOSAGE COMPENSATION REGULATOR
C: 5'-R(*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP)-3'
D: 5'-R(*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)295,63613
ポリマ－294,3194
非ポリマー1,3179
水10,791599
1
A: DOSAGE COMPENSATION REGULATOR
C: 5'-R(*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,8307
ポリマ－147,1602
非ポリマー6715
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5100 Å2
ΔGint-66.2 kcal/mol
Surface area43290 Å2
手法PISA
2
B: DOSAGE COMPENSATION REGULATOR
D: 5'-R(*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,8066
ポリマ－147,1602
非ポリマー6474
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4770 Å2
ΔGint-52.6 kcal/mol
Surface area41630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)154.373, 154.373, 198.194
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

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タンパク質 / RNA鎖 , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 DOSAGE COMPENSATION REGULATOR / ATP-DEPENDENT RNA HELICASE MLE / PROTEIN MALE-LESS / PROTEIN MALELESS / PROTEIN NO ACTION POTENTIAL ...ATP-DEPENDENT RNA HELICASE MLE / PROTEIN MALE-LESS / PROTEIN MALELESS / PROTEIN NO ACTION POTENTIAL / MLE HELICASE


分子量: 143836.641 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P24785, ヘリカーゼ
#2: RNA鎖 5'-R(*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP)-3'


分子量: 3322.866 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)

-
非ポリマー , 5種, 608分子

#3: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / アデノシン二リン酸


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-ALF / TETRAFLUOROALUMINATE ION / テトラフルオロアルミナ-ト


分子量: 102.975 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: AlF4
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 599 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 20 % PEG 3350 0.2 M MAGNESIUM ACETATE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年8月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.08→50 Å / Num. obs: 143331 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 1.7 / 冗長度: 13.25 % / Rmerge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 15.1
反射 シェル解像度: 2.08→2.2 Å / 冗長度: 13.17 % / Rmerge(I) obs: 1.5 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0123精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3KX2

3kx2


解像度: 2.08→48.82 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 10.622 / SU ML: 0.137 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.201 / ESU R Free: 0.165 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22071 7169 5 %RANDOM
Rwork0.19044 ---
obs0.19196 136162 99.91 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 44.805 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.34 Å20 Å20 Å2
2---0.34 Å20 Å2
3---0.68 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.08→48.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15855 404 79 599 16937
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.01916701
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.0215996
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5671.95822709
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.315336847
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.24852001
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg3224.011743
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.434152919
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.53515129
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.22595
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02118347
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.023692
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.7482.5928004
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.7472.5928003
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.2213.8699993
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.623.0128696
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.079→2.133 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.316 519 -
Rwork0.291 9856 -
obs--98.92 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.63930.10720.30390.3920.10920.54210.0050.0828-0.0077-0.00810.0099-0.0380.0058-0.0213-0.01490.09130.0080.01520.154-0.02390.0205192.04483.135203.726
20.60950.0292-0.04710.3073-0.00351.03470.0673-0.1086-0.0810.00080.00540.05680.129-0.1518-0.07270.1405-0.0262-0.04660.16680.05370.0538122.15791.315221.772
36.96161.27580.3076.30780.66944.2430.4875-1.038-0.12870.2178-0.2782-0.03390.447-0.6434-0.20930.2363-0.0770.01860.3360.08040.1716125.89497.851226.182
44.3211-2.04720.59121.24220.76915.1887-0.21110.260.2360.1305-0.0742-0.2167-0.20060.2330.28530.2125-0.0171-0.10990.3389-0.00310.4953190.36391.743203.384
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A145 - 1158
2X-RAY DIFFRACTION2B138 - 1158
3X-RAY DIFFRACTION3D1 - 10
4X-RAY DIFFRACTION4C1 - 11

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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