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- PDB-5a68: Crystal structure of the AtTTM3 product complex with two orthopho... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5a68
タイトルCrystal structure of the AtTTM3 product complex with two orthophosphates and manganese ions (form B)
要素TRIPHOSPHATE TUNEL METALLOENZYME 3
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / INORGANIC POLYPHOSPHATE / TRIPOLYPHOSPHATE / TRIPHOSPHATE TUNNEL METALLOENZYME
機能・相同性
機能・相同性情報


triphosphatase / inorganic triphosphate phosphatase activity / root development / 後期促進複合体 / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / ATP hydrolysis activity / ATP binding / 細胞核 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Hypothetical Protein Pfu-838710-001 / Hypothetical Protein Pfu-838710-001 / CYTH / CYTH domain / CYTH domain / CYTH domain profile. / CYTH-like domain superfamily / Βバレル / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / リン酸塩 / Triphosphate tunnel metalloenzyme 3
類似検索 - 構成要素
生物種ARABIDOPSIS THALIANA (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / その他 / 解像度: 1.67 Å
データ登録者Martinez, J. / Truffault, V. / Hothorn, M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Structural Determinants for Substrate Binding and Catalysis in Triphosphate Tunnel Metalloenzymes.
著者: Martinez, J. / Truffault, V. / Hothorn, M.
履歴
登録2015年6月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年8月12日Group: Database references
改定 1.22015年10月7日Group: Database references
改定 1.32017年8月23日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.type
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_sheet / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_sheet.number_strands / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRIPHOSPHATE TUNEL METALLOENZYME 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,6796
ポリマ－24,3241
非ポリマー3555
水2,450136
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.331, 33.811, 71.812
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.40, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 TRIPHOSPHATE TUNEL METALLOENZYME 3 / ADENOSINETRIPHOSPHATASE / ATPASE / TRIPHOSPHATASE / PPPASE / INORGANIC TRIPHOSPHATASE


分子量: 24323.764 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) ARABIDOPSIS THALIANA (シロイヌナズナ)
株: COL0 / プラスミド: PETM11 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): RIL / 参照: UniProt: Q9SIY3, EC: 3.6.1.3, triphosphatase
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 136 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.96 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7 / 詳細: 0.1 M BIS TRIS PH 7.0, 20 % PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.99998
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年2月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99998 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.67→43.2 Å / Num. obs: 23035 / % possible obs: 94.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 9.5
反射 シェル解像度: 1.67→1.77 Å / 冗長度: 2.95 % / Rmerge(I) obs: 0.62 / Mean I/σ(I) obs: 1.75 / % possible all: 76.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0123精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: その他
開始モデル: NONE

解像度: 1.67→43.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 6.345 / SU ML: 0.09 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.177 / ESU R Free: 0.111 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22223 1097 4.8 %RANDOM
Rwork0.17915 ---
obs0.18117 21931 94.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.197 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.93 Å20 Å20.52 Å2
2---0.55 Å20 Å2
3----0.45 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.67→43.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1650 0 13 136 1799
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0191713
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021633
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4361.9762317
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.87133775
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2845211
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.59723.76585
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.73315317
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.0721515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.2256
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021906
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02391
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.861.431820
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.861.431819
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.1372.1421024
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.9471.593893
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr0.76533346
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free18.861538
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded3.98153413
LS精密化 シェル解像度: 1.671→1.715 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.287 48 -
Rwork0.277 835 -
obs--49.92 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.9621.12620.46999.8454-0.0931.54960.003-0.01860.0489-0.0488-0.18070.45480.0236-0.10290.17760.1015-0.0034-0.01030.0109-0.02110.0446-10.677-2.892-28.187
21.9148-1.7965-2.99352.25852.44734.9822-0.1377-0.0937-0.00840.14850.08-0.06790.2850.11290.05770.1409-0.0212-0.02380.0303-0.00570.0205-5.107-5.445-19.861
313.2038-8.4571-0.897810.7920.29384.4691-0.14920.05870.48670.1620.0306-0.41940.19550.05170.11860.1724-0.0391-0.02880.01270.01010.0299-9.3112.322-10.045
41.6264-0.82722.6851.599-1.38158.1404-0.0725-0.00860.13760.158-0.0344-0.2216-0.10030.09280.10690.0908-0.0062-0.05350.01310.00070.0483-8.3657.376-14.709
52.0503-0.7551-2.33942.57252.07114.6626-0.0752-0.29220.08920.4986-0.05270.0580.12260.05530.1280.1959-0.0049-0.04320.0831-0.03860.046-10.4215.049-4.519
612.62475.8513-8.75656.7317-4.609810.1716-0.04310.0911-0.21730.1871-0.06860.0090.0908-0.28170.11170.14540.0078-0.02660.02-0.00790.0148-8.287-5.36-25.343
72.50211.14091.67279.85636.50027.6668-0.01290.26440.2101-0.650.0043-0.0189-0.407-0.01520.00860.12830.0082-0.00370.05660.03620.0264-6.6073.923-36.117
84.2628-2.2931-4.1024.97323.31613.6360.1180.0458-0.0061-0.0941-0.0580.1552-0.0432-0.5893-0.060.1145-0.0427-0.05370.05880.00840.0487-16.659-3.53-26.88
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-1 - 17
2X-RAY DIFFRACTION2A18 - 40
3X-RAY DIFFRACTION3A41 - 70
4X-RAY DIFFRACTION4A71 - 98
5X-RAY DIFFRACTION5A99 - 146
6X-RAY DIFFRACTION6A147 - 169
7X-RAY DIFFRACTION7A170 - 187
8X-RAY DIFFRACTION8A188 - 207

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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