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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4zva | ||||||
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タイトル | Crystal structure of globin domain of the E. coli DosC - form I (ferric) | ||||||
要素 | Diguanylate cyclase DosC | ||||||
キーワード | SIGNALING PROTEIN / oxygen sensing / diguanylate cyclase / cyclic-di-GMP / transferase (転移酵素) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of bacterial-type flagellum-dependent cell motility / diguanylate cyclase / diguanylate cyclase activity / carbon monoxide binding / response to oxygen levels / cell adhesion involved in single-species biofilm formation / oxygen binding / heme binding / GTP binding / protein homodimerization activity ...negative regulation of bacterial-type flagellum-dependent cell motility / diguanylate cyclase / diguanylate cyclase activity / carbon monoxide binding / response to oxygen levels / cell adhesion involved in single-species biofilm formation / oxygen binding / heme binding / GTP binding / protein homodimerization activity / metal ion binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Tarnawski, M. / Barends, T.R.M. / Schlichting, I. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2015 タイトル: Structural analysis of an oxygen-regulated diguanylate cyclase. 著者: Tarnawski, M. / Barends, T.R. / Schlichting, I. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4zva.cif.gz | 78.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4zva.ent.gz | 58.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4zva.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zv/4zva ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zv/4zva | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18903.477 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 8-170 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 遺伝子: dosC, yddV, b1490, JW5241 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AA89, diguanylate cyclase #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.38 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 詳細: 0.1 M tri-sodium citrate pH 5.6, 0.2 M ammonium acetate, 27% (w/v) PEG 4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.97627 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年10月4日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97627 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→50 Å / Num. obs: 29494 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.7 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 26.44 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.1 Å / 冗長度: 11 % / Rmerge(I) obs: 0.684 / Mean I/σ(I) obs: 3.52 / % possible all: 99.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→48.705 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 26.99 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→48.705 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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