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- PDB-4zdx: Structure of OXA-51 beta-lactamase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zdx
タイトルStructure of OXA-51 beta-lactamase
要素Beta-lactamaseΒ-ラクタマーゼ
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / antibiotic resistance (抗微生物薬耐性) / beta-lactamase (Β-ラクタマーゼ) / carbapenemase (Β-ラクタマーゼ) / mutant (ミュータント (人類))
機能・相同性
機能・相同性情報


penicillin binding
類似検索 - 分子機能
Penicillin-binding protein, transpeptidase / Penicillin binding protein transpeptidase domain / Β-ラクタマーゼ / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXYL / Β-ラクタマーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Acinetobacter baumannii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.001 Å
データ登録者Smith, C.A. / Antunes, N.T. / Stewart, N.K. / Frase, H. / Toth, M. / Kantardjieff, K.A. / Vakulenko, S.B.
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2015
タイトル: Structural Basis for Enhancement of Carbapenemase Activity in the OXA-51 Family of Class D beta-Lactamases.
著者: Smith, C.A. / Antunes, N.T. / Stewart, N.K. / Frase, H. / Toth, M. / Kantardjieff, K.A. / Vakulenko, S.
履歴
登録2015年4月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月2日Group: Database references

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,9583
ポリマ－30,7021
非ポリマー2562
水2,612145
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)131.111, 131.111, 67.525
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-527-

HOH

21A-543-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Beta-lactamase / Β-ラクタマーゼ / Beta-lactamase OXA-51


分子量: 30702.104 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5QT35
#2: 化合物 ChemComp-TOE / 2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXYL / トリエチレングリコ-ルモノメチルエ-テル


分子量: 164.200 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H16O4
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 145 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.95 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2 M magnesium chloride hexahydrate, 0.1 M HEPES sodium, pH 7.5, 30% PEG400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年3月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→33.8 Å / Num. all: 20085 / Num. obs: 20085 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.4 % / Rsym value: 0.043 / Net I/σ(I): 26.4
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.76 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.001→33.763 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.7 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2161 1028 5.12 %
Rwork0.1566 --
obs0.1595 20084 99.66 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.001→33.763 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1908 0 17 145 2070
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071971
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0152664
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.597734
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043291
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006340
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.001-2.10650.26051490.20892669X-RAY DIFFRACTION99
2.1065-2.23840.24181490.17582679X-RAY DIFFRACTION100
2.2384-2.41120.20921340.17252708X-RAY DIFFRACTION100
2.4112-2.65380.23891700.1692661X-RAY DIFFRACTION100
2.6538-3.03760.23081510.17192713X-RAY DIFFRACTION100
3.0376-3.82620.23291450.15212744X-RAY DIFFRACTION100
3.8262-33.76730.17841300.14012882X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1988-0.11310.25190.2997-0.0170.3570.6856-0.00680.4867-0.3513-0.46740.1398-1.0444-1.09580.01870.77010.0227-0.09980.82730.24590.7613-0.153151.559412.3953
21.65450.1766-0.36810.75650.11640.92270.06590.35190.0734-0.21770.05190.193-0.0453-0.3363-0.00010.3074-0.0044-0.06360.43830.0380.34673.902634.017816.965
31.23070.28310.75060.7690.27141.04210.00220.22340.0922-0.17940.0449-0.1-0.02280.43280.00020.35920.00030.01810.4397-0.00110.398126.632426.109218.5626
40.4935-0.60710.35490.9438-0.0640.9192-0.11470.2438-0.4514-0.43880.1335-0.02420.4415-0.05390.00020.4063-0.049-0.01790.3199-0.05830.426714.100717.038319.0341
51.4613-0.17220.42161.4232-0.3740.7943-0.03280.2627-0.1113-0.26670.09040.24370.1697-0.33940.00010.3043-0.069-0.0550.383-0.02250.35016.165224.856118.8067
60.72870.16340.04860.3503-0.45630.61970.1406-0.28650.30540.4026-0.07890.3676-0.11240.33430.00050.3002-0.0151-0.01750.4044-0.02640.348215.568633.50330.5544
72.2456-0.2390.53961.9804-0.93460.83430.03810.30050.2488-0.2530.06120.0696-0.1865-0.07410.00440.2809-0.051-0.0030.36470.03690.32669.911838.710517.1683
80.30010.30030.14620.3303-0.00190.28960.1805-0.04180.4411-0.1850.1024-0.135-0.55860.15440.00070.4241-0.01880.01550.40660.0570.51989.07647.57418.4154
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 34 through 48 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 49 through 92 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 93 through 128 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 129 through 151 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 152 through 193 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 194 through 209 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 210 through 256 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 257 through 274 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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