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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4z66 | ||||||||||||
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タイトル | Nucleosome disassembly by RSC and SWI/SNF is enhanced by H3 acetylation near the nucleosome dyad axis | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | STRUCTURAL PROTEIN/DNA (構造) / dyad axis / STRUCTURAL PROTEIN-DNA complex (構造) | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 structural constituent of chromatin / ヌクレオソーム / protein heterodimerization activity / DNA binding / 核質 / 細胞核 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Xenopus laevis (アフリカツメガエル) Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Dechassa, M.L. / Luger, K. / Chatterjee, N. / North, J.A. / Manohar, M. / Prasad, R. / Ottessen, J.J. / Poirier, M.G. / Bartholomew, B. | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: Mol.Cell.Biol. / 年: 2015 タイトル: Histone Acetylation near the Nucleosome Dyad Axis Enhances Nucleosome Disassembly by RSC and SWI/SNF. 著者: Chatterjee, N. / North, J.A. / Dechassa, M.L. / Manohar, M. / Prasad, R. / Luger, K. / Ottesen, J.J. / Poirier, M.G. / Bartholomew, B. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4z66.cif.gz | 325.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4z66.ent.gz | 246.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4z66.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z6/4z66 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z6/4z66 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 4種, 8分子 AEBFCGDH
#1: タンパク質 | 分子量: 11543.464 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P84233 #2: タンパク質 | 分子量: 9279.875 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P62799 #3: タンパク質 | 分子量: 11724.677 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 遺伝子: hist1h2aj, LOC494591 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6AZJ8, UniProt: P06897*PLUS #4: タンパク質 | 分子量: 10478.032 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02281 |
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-DNA鎖 , 2種, 2分子 IJ
#5: DNA鎖 | 分子量: 45368.051 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) |
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#6: DNA鎖 | 分子量: 45359.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) |
-非ポリマー , 1種, 175分子
#7: 水 | ChemComp-HOH / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.57 % |
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結晶化 | 温度: 292.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: potassium chloride, potassium cacodylate, manganese chloride |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: NOIR-1 / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月2日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.5→42.87 Å / Num. obs: 69124 / % possible obs: 94 % / 冗長度: 4.95 % / Rmerge(I) obs: 0.096 / Χ2: 0.94 / Net I/σ(I): 6.9 / Num. measured all: 348947 / Scaling rejects: 6979 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1P3L 解像度: 2.5→42.87 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0
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溶媒の処理 | Bsol: 46.988 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 202.94 Å2 / Biso mean: 66.3131 Å2 / Biso min: 6.3 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.5→42.87 Å
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拘束条件 |
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Xplor file |
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