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- PDB-4z51: High Resolution Human Septin 3 GTPase domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4z51
タイトルHigh Resolution Human Septin 3 GTPase domain
要素Neuronal-specific septin-3
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / GTPase (GTPアーゼ) / Septin (セプチン) / cytoskeleton (細胞骨格)
機能・相同性
機能・相同性情報


presynaptic cytoskeleton / septin complex / セプチン / cytoskeleton-dependent cytokinesis / cell division site / microtubule cytoskeleton / presynapse / molecular adaptor activity / GTPase activity / GTP binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Septin 3 / Septin-type guanine nucleotide-binding (G) domain / セプチン / Septin-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / セプチン / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Neuronal-specific septin-3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.86 Å
データ登録者Valadares, N.F. / Macedo, J.N. / Leonardo, D.A. / Brandao-Neto, J. / Pereira, H.M. / Matos, S.O. / Araujo, A.P.U. / Garratt, R.C.
引用ジャーナル: Iucrj / 年: 2020
タイトル: A complete compendium of crystal structures for the human SEPT3 subgroup reveals functional plasticity at a specific septin interface
著者: Castro, D.K.S.V. / da Silva, S.M.O. / Pereira, H.M. / Macedo, J.N.A. / Leonardo, D.A. / Valadares, N.F. / Kumagai, P.S. / Brandao-Neto, J. / Araujo, A.P.U. / Garratt, R.C.
履歴
登録2015年4月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年4月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月1日Group: Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: diffrn_source / pdbx_struct_assembly_auth_evidence / pdbx_struct_oper_list
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22020年4月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.32020年5月13日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Neuronal-specific septin-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,1663
ポリマ－31,6191
非ポリマー5472
水2,648147
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area870 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area13080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.280, 74.270, 79.210
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 108.500, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-598-

HOH

詳細Monomer confirmed by gel filtration

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要素

#1: タンパク質 Neuronal-specific septin-3


分子量: 31619.217 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP Residues 60-330 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SEPT3, SEP3 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9UH03
#2: 化合物 ChemComp-GNP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Gpp(NH)p / 5'-Guanylyl imidodiphosphate


分子量: 522.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O13P3
コメント: GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 147 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.62 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: 50 mM magnesium acetate, 10mM Sodium Acetate, 15% PEG8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年9月21日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.86→75.12 Å / Num. obs: 23470 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 29.97 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 10.7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-IDRejects% possible all
1.86-1.913.90.681099.7
8.32-75.123.70.0281095.4

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3SOP

3sop


解像度: 1.86→75.117 Å / FOM work R set: 0.8479 / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.71 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2164 1205 5.13 %Random selection
Rwork0.1822 22264 --
obs0.1839 23469 98.92 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 100.01 Å2 / Biso mean: 41.61 Å2 / Biso min: 17.87 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.86→75.117 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2001 0 33 147 2181
Biso mean--22.95 44.43 -
残基数----253
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0042082
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.822825
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.031318
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004360
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.112768
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.86-1.93450.25721320.22472465259799
1.9345-2.02260.27161420.221124562598100
2.0226-2.12920.24561320.21032509264199
2.1292-2.26260.24661400.20542447258798
2.2626-2.43730.23881040.19192462256699
2.4373-2.68260.23331300.19292463259398
2.6826-3.07080.24071410.19332464260599
3.0708-3.86890.20781540.17252468262299
3.8689-75.1780.18321300.16182530266098
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.0559-0.08181.17783.625-0.82247.01710.070.32130.3725-0.1393-0.16610.28630.0478-0.380.05910.17930.02420.01350.3090.01270.31923.726437.487323.4328
25.7659-3.16315.54582.8058-3.34845.42020.7735-0.1826-0.2713-0.5837-0.1839-0.42091.12970.2108-0.53880.7140.0312-0.06260.3651-0.01160.466733.597121.273833.0068
34.48291.88571.86142.851.48778.12840.36540.4153-0.4137-0.1507-0.0811-0.19971.2447-0.2934-0.25030.6013-0.0371-0.0440.3977-0.04570.305224.485720.17914.7263
42.04590.98391.15821.11650.77483.41020.02540.2881-0.0504-0.12710.0312-0.00640.47640.1164-0.15270.30790.04650.01010.2460.00950.214134.002629.837120.1931
53.5903-0.1825-0.1253.57711.14482.58750.21140.75960.0447-0.0766-0.1268-0.1610.11440.3908-0.07170.26090.10350.05770.44540.06010.244847.250534.451719.6217
62.3228-1.50470.26183.77190.82742.5592-0.0010.2680.2122-0.37-0.12080.0377-0.29830.14360.15810.2133-0.00060.01370.25620.0710.334735.258248.039623.6357
71.3996-0.3909-0.23794.59624.18846.74210.26860.2450.3773-0.65330.0524-0.1576-0.7566-0.1596-0.0710.29790.05280.05860.28680.11640.375935.18848.159922.3115
84.2871.1664-1.01117.89242.46546.4418-0.38130.6589-0.3517-1.10820.30620.11410.60160.09020.09510.46710.1242-0.02930.50540.00310.232931.24624.42756.6246
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 60 through 125 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 126 through 139 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 140 through 157 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 158 through 213 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 214 through 247 )A0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 248 through 282 )A0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 283 through 308 )A0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 309 through 328 )A0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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