PDB-4ylo: E. coli Transcription Initiation Complex - 16-bp spacer and 4-nt RNA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ylo

タイトル

E. coli Transcription Initiation Complex - 16-bp spacer and 4-nt RNA

要素

(DNA-directed RNA polymerase subunit ...ポリメラーゼ) x 4
NT strand DNA (49-MER)
RNA (5'-D(*(GTP))-R(P*AP*GP*U)-3')
RNA polymerase sigma factor RpoD
T strand DNA (49-MER)

キーワード

TRANSCRIPTION/DNA/RNA /

RNA Polymerase (RNAポリメラーゼ) /

Initiation Complex (イニシエーション) /

DNA Bubble (核酸構造) / TRANSCRIPTION-DNA-RNA complex

機能・相同性

機能・相同性情報

sigma factor antagonist complex / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / bacterial-type flagellum assembly /

sigma factor activity / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / nitrate assimilation / transcription elongation factor complex ...
類似検索 - 分子機能

RNA polymerase sigma factor 70, non-essential domain /

Sigma-70, non-essential region / RNA polymerase sigma factor 70, region 1.1 / Sigma-70 factor, region 1.1 superfamily / Sigma-70 factor, region 1.1 / Sigma-70 factors family signature 1. / RNA polymerase sigma factor RpoD, C-terminal / RNA polymerase sigma factor RpoD / RNA polymerase sigma-70 region 1.2 / Sigma-70 factor, region 1.2 ...RNA polymerase sigma factor 70, non-essential domain /

Sigma-70, non-essential region / RNA polymerase sigma factor 70, region 1.1 / Sigma-70 factor, region 1.1 superfamily / Sigma-70 factor, region 1.1 / Sigma-70 factors family signature 1. / RNA polymerase sigma factor RpoD, C-terminal / RNA polymerase sigma factor RpoD / RNA polymerase sigma-70 region 1.2 / Sigma-70 factor, region 1.2 / RNA polymerase sigma-70 region 3 / Sigma-70 region 3 / Sigma-70 factors family signature 2. / RNA polymerase sigma-70 / RNA polymerase sigma-70 region 4 /

Sigma-70, region 4 / RNA polymerase sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma-70 like domain / Sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 3/4-like /

DNA-directed RNA polymerase, omega subunit /

DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime, bacterial type /

DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain superfamily /

DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / RNA polymerase beta subunit external 1 domain /

RNA polymerase, alpha subunit, C-terminal / Bacterial RNA polymerase, alpha chain C terminal domain /

DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit / DNA-directed RNA polymerase beta subunit, bacterial-type / RNA polymerase Rpb6 /

RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RPB6/omega subunit-like superfamily /

DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 /

RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 /

RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily /

RNA polymerase I subunit A N-terminus / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 /

RNA polymerase, beta subunit, protrusion / RNA polymerase beta subunit /

DNA-directed RNA polymerase, insert domain /

DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerases D /

DNA-directed RNA polymerase, insert domain superfamily /

RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 /

RNA polymerase, beta subunit, conserved site / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, OB-fold / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerases beta chain signature. /

DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain /

DNA-directed RNA polymerase, subunit 2 /

DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 6 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Escherichia coli (大腸菌)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 6 Å

データ登録者

Zuo, Y. / Steitz, T.A.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2015
タイトル: Crystal Structures of the E. coli Transcription Initiation Complexes with a Complete Bubble.
著者: Zuo, Y. / Steitz, T.A.

履歴

登録	2015年3月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年4月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年4月29日	Group: Database references
改定 1.2	2015年5月20日	Group: Database references
改定 1.3	2017年9月6日	Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_entity_src_syn / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.4	2019年12月25日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ylo.cif.gz	4.8 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ylo.ent.gz	4.1 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ylo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yl/4ylo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yl/4ylo	HTTPS FTP

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関連構造データ

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類似構造データ	4yln-3 4yln-1 4ylp-3 4ylp-1 5w1t-1 4ylp-2 4kmu-1 5vt0-d 4jkr-2 5w1s-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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類似性 (1)
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類似性 (1)
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類似性 (1)
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DNAポリメラーゼ (DNA Polymerase)
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lac転写抑制因子 (lac Repressor)
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ヌクレオソーム (Nucleosome)
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類似性 (1)
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20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

B: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

C: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

D: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

E: DNA-directed RNA polymerase subunit omega

F: RNA polymerase sigma factor RpoD

1: NT strand DNA (49-MER)

2: T strand DNA (49-MER)

3: RNA (5'-D(*(GTP))-R(P*AP*GP*U)-3')

G: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

H: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

I: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

J: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

K: DNA-directed RNA polymerase subunit omega

L: RNA polymerase sigma factor RpoD

4: NT strand DNA (49-MER)

5: T strand DNA (49-MER)

6: RNA (5'-D(*(GTP))-R(P*AP*GP*U)-3')

M: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

N: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

O: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

P: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

Q: DNA-directed RNA polymerase subunit omega

R: RNA polymerase sigma factor RpoD

7: NT strand DNA (49-MER)

8: T strand DNA (49-MER)

9: RNA (5'-D(*(GTP))-R(P*AP*GP*U)-3')

ヘテロ分子

1.42 MDa, 27 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

B: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

C: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

D: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

E: DNA-directed RNA polymerase subunit omega

F: RNA polymerase sigma factor RpoD

1: NT strand DNA (49-MER)

2: T strand DNA (49-MER)

3: RNA (5'-D(*(GTP))-R(P*AP*GP*U)-3')

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
474 kDa, 9 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

G: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

H: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

I: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

J: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

K: DNA-directed RNA polymerase subunit omega

L: RNA polymerase sigma factor RpoD

4: NT strand DNA (49-MER)

5: T strand DNA (49-MER)

6: RNA (5'-D(*(GTP))-R(P*AP*GP*U)-3')

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
474 kDa, 9 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

M: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

N: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

O: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

P: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

Q: DNA-directed RNA polymerase subunit omega

R: RNA polymerase sigma factor RpoD

7: NT strand DNA (49-MER)

8: T strand DNA (49-MER)

9: RNA (5'-D(*(GTP))-R(P*AP*GP*U)-3')

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
474 kDa, 9 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	240.888, 208.174, 256.323
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 119.31, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Dom-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	A	6 - 232
2	1	B	6 - 232
1	2	A	6 - 235
2	2	G	6 - 235
1	3	A	6 - 232
2	3	H	6 - 232
1	4	A	6 - 235
2	4	M	6 - 235
1	5	A	6 - 232
2	5	N	6 - 232
1	6	B	6 - 232
2	6	G	6 - 232
1	7	B	6 - 233
2	7	H	6 - 233
1	8	B	6 - 232
2	8	M	6 - 232
1	9	B	6 - 233
2	9	N	6 - 233
1	10	C	2 - 1342
2	10	I	2 - 1342
1	11	C	2 - 1342
2	11	O	2 - 1342
1	12	D	15 - 1376
2	12	J	15 - 1376
1	13	D	15 - 1376
2	13	P	15 - 1376
1	14	E	2 - 91
2	14	K	2 - 91
1	15	E	2 - 91
2	15	Q	2 - 91
1	16	F	79 - 613
2	16	L	79 - 613
1	17	F	79 - 613
2	17	R	79 - 613
1	18	1	12 - 60
2	18	4	12 - 60
1	19	1	12 - 60
2	19	7	12 - 60
1	20	2	3 - 51
2	20	5	3 - 51
1	21	2	3 - 51
2	21	8	3 - 51
1	22	G	6 - 232
2	22	H	6 - 232
1	23	G	6 - 235
2	23	M	6 - 235
1	24	G	6 - 232
2	24	N	6 - 232
1	25	H	6 - 232
2	25	M	6 - 232
1	26	H	6 - 233
2	26	N	6 - 233
1	27	I	2 - 1342
2	27	O	2 - 1342
1	28	J	15 - 1376
2	28	P	15 - 1376
1	29	K	2 - 91
2	29	Q	2 - 91
1	30	L	79 - 613
2	30	R	79 - 613
1	31	4	12 - 60
2	31	7	12 - 60
1	32	5	3 - 51
2	32	8	3 - 51
1	33	M	6 - 232
2	33	N	6 - 232

NCSアンサンブル:

-
DNA-directed RNA polymerase subunit ... , 4種, 15分子 ABGHMNCIODJPEKQ

#1: タンパク質	DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / ポリメラーゼ / RNAP subunit alpha / RNA polymerase subunit alpha / Transcriptase subunit alpha 分子量: 26899.572 Da / 分子数: 6 / 断片: N-terminal domain (UNP residues 1-235) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpoA, EcE24377A_3778 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A7ZSI4, ポリメラーゼ
#2: タンパク質	DNA-directed RNA polymerase subunit beta / ポリメラーゼ / RNAP subunit beta / RNA polymerase subunit beta / Transcriptase subunit beta 分子量: 150820.875 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpoB, EcE24377A_4528 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A7ZUK1, ポリメラーゼ
#3: タンパク質	DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / ポリメラーゼ / RNAP subunit beta' / RNA polymerase subunit beta' / Transcriptase subunit beta' 分子量: 155366.781 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpoC, EcE24377A_4529 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: A7ZUK2, UniProt: P0A8T7*PLUS, ポリメラーゼ
#4: タンパク質	DNA-directed RNA polymerase subunit omega / ポリメラーゼ / RNAP omega subunit / RNA polymerase omega subunit / Transcriptase subunit omega 分子量: 10118.352 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpoZ, EcE24377A_4152 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A7ZTK1, ポリメラーゼ

-
DNA鎖 , 2種, 6分子 147258

#6: DNA鎖	NT strand DNA (49-MER) 分子量: 15024.630 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#7: DNA鎖	T strand DNA (49-MER) 分子量: 15233.764 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
タンパク質 / RNA鎖 , 2種, 6分子 FLR369

#5: タンパク質	RNA polymerase sigma factor RpoD / Sigma-70 分子量: 72206.266 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpoD, alt, b3067, JW3039 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P00579
#8: RNA鎖	RNA (5'-D((GTP))-R(PAPGPU)-3') 分子量: 1440.785 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 2種, 9分子

#9: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#10: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.94 Å³/Da / 溶媒含有率: 68.79 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 7% PEG3350, 150 mM magnesium chloride, 100 mM HEPES sodium, pH 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年9月21日
放射	モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 6→40 Å / Num. obs: 55356 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.1 % / Net I/σ(I): 13.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0073	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 6→39.95 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.933 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.883 / SU B: 837.557 / SU ML: 3.274 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 2.584 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.31429	2938	5.3 %	RANDOM
R_work	0.22687	-	-	-
obs	0.23151	52375	99.6 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 238.425 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.28 Å²	0 Å²	-1.28 Å²
2-	-	1.6 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.89 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 6→39.95 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	88284	6315	9	0	94608

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.019	96649
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.611	1.914	131800
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.637	5	11223
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	27.491	24.107	4215
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	21.951	15	16674
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.123	15	831
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.117	0.2	14700
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	70245
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

LS精密化シェル

解像度: 6→6.152 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.403	252	-
R_work	0.376	3746	-
obs	-	-	99.95 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	12.7709	0.9091	-3.93	4.0816	1.5391	7.0752	0.4089	0.1432	0.8616	0.0965	0.0078	-0.3084	-0.3293	0.1684	-0.4168	2.0087	0.257	0.0193	0.6255	0.4134	1.7128	-15.474	97.088	-66.418
2	2.0058	1.5324	2.1096	6.8615	1.2479	4.2712	-0.2566	1.1265	-0.011	-0.0365	-0.1898	0.0222	-0.0312	0.5703	0.4463	1.8989	0.4165	0.1108	1.6258	-0.0613	2.1442	-43.308	93.674	-42.381
3	26.4428	-4.4936	-1.1307	5.6301	-0.5841	1.4669	1.0769	0.2398	-0.7641	-0.0063	-0.6106	0.7374	0.0891	-0.1405	-0.4664	2.0512	-0.2051	-0.065	1.7401	0.2681	1.481	12.165	91.772	-90.712
4	5.2075	1.6304	-1.5656	2.5807	-0.4506	3.3617	-0.0251	0.5241	-0.5215	-0.9643	0.2968	0.3263	0.582	-1.1604	-0.2717	2.5682	-0.0472	-0.159	0.4433	0.2468	1.5277	-29.044	58.044	-58.496
5	4.6604	-2.0886	-1.4904	6.8187	-0.3625	3.6524	0.0679	0.3778	-0.3894	0.0323	-0.0648	0.1336	0.1804	0.6313	-0.0031	1.9887	-0.0442	-0.2265	0.2377	-0.0254	0.7138	8.519	59.634	-34.087
6	7.1214	-1.2441	10.8601	1.5194	-0.8529	17.4963	-0.1884	-0.2454	-0.3988	-1.0701	-0.8205	1.7341	-1.0902	-0.7149	1.009	3.7696	-0.0216	-0.2243	2.279	-0.4279	3.2872	-20.878	57.115	-29.561
7	4.2515	-2.0349	1.6437	2.5226	0.7722	3.0653	0.6243	0.1603	0.2449	0.7339	-0.3677	0.7885	0.8917	-0.8498	-0.2566	3.4307	-0.1594	0.3748	1.1664	0.1392	3.4542	-53.426	76.343	-19.58
8	1.6301	0.3126	-0.5194	2.2498	0.6763	1.0495	0.3201	-0.538	1.0298	0.2194	0.2926	0.4101	-0.6188	-0.4346	-0.6126	3.925	0.2372	0.3728	1.2308	-0.047	2.8325	-13.059	84.65	14.7
9	1.466	0.3283	-1.6751	7.3334	-7.0331	8.601	-0.876	-1.4774	-0.1525	0.9041	0.6025	1.0754	0.5424	0.2162	0.2735	3.0805	0.0207	0.2878	2.3566	-0.6609	2.9352	-50.945	42.317	-14.102
10	1.48	0.3998	-4.0173	9.3427	-4.6851	13.1297	0.2038	-0.5528	-0.1142	0.1236	-0.1384	0.7584	-0.3688	0.6312	-0.0654	2.0457	-0.5482	-0.1448	1.159	0.0011	1.7221	-30.21	14.181	-26.141
11	3.0792	0.8694	-2.0437	0.4161	-0.6119	1.3678	0.1493	0.2479	-0.5118	0.2789	-0.4526	-0.3826	-0.1247	-0.014	0.3033	3.7399	-0.3269	-0.3786	2.0775	-0.1558	2.1705	-29.465	-16.202	-38.772
12	48.912	-4.6254	8.7414	0.495	-1.4949	11.3458	0.761	0.2054	-0.6238	-0.2911	-0.0319	0.2113	1.8084	-0.9447	-0.7292	2.7503	0.574	0.3965	0.8217	-0.5944	2.4851	15.733	10.6	-46.217
13	2.8607	0.4953	-1.4422	2.2639	-0.0773	4.0146	-0.0693	-0.1542	-0.5918	1.3294	-0.0483	0.4518	1.5299	-0.5651	0.1177	3.9586	-0.1162	0.0094	0.16	0.1915	1.5462	-12.586	36.81	2.392
14	0.6476	-0.494	-0.3428	2.328	-3.1162	6.2814	-0.5657	-1.7842	0.5148	0.2213	1.3305	-0.736	0.743	0.7916	-0.7649	4.3311	1.0772	0.1486	5.1305	-0.6285	5.3582	-3.209	30.792	45.562
15	4.0943	-1.8432	-2.2464	1.1855	0.5634	2.4189	0.3788	-1.0365	-0.5057	-0.703	-0.0125	0.9548	0.9595	-0.0183	-0.3664	4.4716	-0.3473	-0.3795	3.7108	-0.391	3.589	0.359	13.658	-63.23
16	3.1289	-0.379	-1.779	0.0777	-0.2031	12.9014	-0.1679	-0.0914	0.0421	-0.1047	0.1008	0.0822	-0.5889	-1.3432	0.0671	2.2837	0.3258	-0.1538	1.1365	-0.2371	2.4314	-113.473	23.452	-75.75
17	17.1317	-2.4323	-1.2168	4.4651	-6.4186	10.9085	-0.8441	-0.5655	0.642	0.4899	0.9286	-0.0995	-0.3854	-1.0379	-0.0845	2.3388	-0.0994	0.1011	0.7847	-0.4601	1.7157	-81.124	21.62	-58.87
18	7.7539	1.7699	4.4129	1.1161	2.8525	7.6197	-0.8355	-0.2868	0.3626	-0.264	-0.3433	0.3258	-0.2996	-1.6036	1.1788	2.7469	-0.0297	-0.0846	2.2122	-0.1041	3.3704	-146.34	16.669	-91.179
19	5.1666	-0.8308	1.103	3.1226	-0.9018	2.7703	0.2273	-1.0299	-0.3533	0.473	0.2753	1.2332	-0.3109	-0.8176	-0.5027	2.3543	0.1596	0.4922	0.6284	-0.2007	1.3395	-100.521	-14.719	-64.177
20	5.5249	0.6448	1.5406	6.2407	0.9276	2.4889	0.1354	0.4697	0.1545	0.0857	0.27	0.4327	0.3008	-0.9382	-0.4053	2.2249	0.1058	0.2844	0.698	0.2405	0.8415	-92.496	-15.147	-108.029
21	5.7987	0.0749	-9.8612	4.8218	2.6806	18.6234	0.2356	-0.528	-0.2263	2.0218	-0.5349	-0.2314	1.481	0.7556	0.2993	3.1904	0.3388	-0.2985	1.3184	0.0848	2.4894	-76.748	-16.587	-83.321
22	2.5301	-0.4982	-0.0894	0.7121	1.5924	6.8661	-0.0457	-1.1221	0.3002	0.2768	-0.0496	-0.1374	0.2808	0.5242	0.0952	2.894	-0.4866	0.0938	1.2481	0.0916	1.7021	-55.544	4.45	-57.217
23	1.2727	1.2985	0.1217	2.0073	0.238	1.2636	-0.2566	-0.6417	0.4094	0.0467	-0.4225	-0.602	-0.6925	0.7177	0.6791	3.6458	-0.0469	0.0601	0.8744	0.0304	2.6651	-39.147	10.84	-107.481
24	9.2141	-3.4219	-1.1862	7.4292	0.0345	3.8295	-0.3384	-0.3895	0.1451	0.1605	0.3027	-0.7803	0.2025	1.4251	0.0358	1.8947	-0.1945	-0.0546	0.9377	-0.0785	1.0547	-50.156	-29.729	-60.056
25	19.8966	-2.1355	1.1186	5.1226	0.8964	5.1295	-0.2793	0.847	0.9661	-0.205	-0.2777	-0.4245	0.729	0.1247	0.5571	2.2207	-0.1585	0.2125	0.3681	0.4637	1.3565	-69.439	-58.567	-73.344
26	9.0211	-5.0423	-2.3319	4.4894	-1.5566	6.7439	0.6935	-1.0442	0.0241	-0.7748	0.3613	0.4251	0.247	0.38	-1.0549	2.4379	-0.2714	0.0447	1.1958	-0.0284	2.1964	-82.634	-89.067	-68.981
27	13.4052	-3.2761	5.7293	15.315	8.5183	9.5207	0.4409	-1.3891	-1.4216	1.213	0.1815	-0.0623	1.2672	-0.4707	-0.6225	3.165	-0.7684	-0.0542	0.8339	0.0318	1.9148	-105.974	-64.046	-107.199
28	5.6195	-0.6438	0.5569	3.3544	-0.4057	2.5474	0.1853	-0.2604	-1.1496	-0.258	-0.1759	-1.3597	0.5122	0.1466	-0.0093	2.7538	0.084	0.5199	0.0419	0.2263	1.8139	-50.216	-37.12	-101.649
29	0.5721	-0.0456	-1.2148	0.5199	1.0667	5.0524	-0.7725	-0.2909	-0.2709	-0.925	0.8639	-0.1869	-0.9614	1.3046	-0.0915	4.2184	-0.0087	-0.0857	2.8238	-0.3289	3.5413	-14.133	-44.398	-125.118
30	0.9619	0.5908	1.6908	0.5383	1.301	3.4919	-0.4782	0.4493	0.7705	0.1869	-0.2762	0.4133	0.0337	0.238	0.7544	3.4464	-0.1156	0.1944	3.5142	0.4775	3.7801	-114.38	-59.677	-87.005
31	9.4065	1.7103	-3.4556	2.629	-4.102	15.0779	-0.7694	1.1382	0.2094	0.5596	0.304	0.3626	0.0353	0.0214	0.4653	1.9659	0.1869	0.0615	0.4481	-0.269	1.7094	-187.387	66.982	-17.589
32	11.4626	6.5629	-1.393	7.6948	2.8535	5.3632	-0.7093	-0.3189	0.7592	-0.8028	0.4819	-0.3362	-0.4298	-0.2821	0.2275	1.701	0.1042	0.0415	1.0899	-0.5321	1.2129	-180.407	61.304	17.983
33	11.5574	5.7212	-1.9846	4.7834	-2.9035	13.4505	-0.825	0.2694	0.9958	0.4519	0.4856	1.0608	-0.1274	0.3238	0.3393	1.9806	0.3622	-0.035	1.386	0.4377	1.6585	-195.24	64.382	-53.154
34	3.3593	-0.0305	-0.2002	4.0349	-2.1463	5.2766	-0.0066	-0.6276	-0.2124	-0.3398	0.0741	0.9433	0.6742	-0.2032	-0.0675	2.0772	0.2174	-0.0954	0.1632	-0.0236	0.8822	-184.923	26.92	-4.996
35	2.5871	-0.4881	0.9903	6.7018	-0.6475	5.7804	-0.0287	1.0085	0.1258	-0.2366	-0.1284	-0.3277	0.4119	0.0854	0.1572	1.4352	0.1018	0.2214	0.6872	0.3353	1.389	-145.514	33.099	-25.531
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精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	6 - 51
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	179 - 235
3	X-RAY DIFFRACTION	1	B	6 - 51
4	X-RAY DIFFRACTION	1	B	179 - 233
5	X-RAY DIFFRACTION	2	A	52 - 178
6	X-RAY DIFFRACTION	3	B	52 - 178
7	X-RAY DIFFRACTION	4	C	2 - 28
8	X-RAY DIFFRACTION	4	C	146 - 152
9	X-RAY DIFFRACTION	4	C	445 - 455
10	X-RAY DIFFRACTION	4	C	517 - 831
11	X-RAY DIFFRACTION	4	C	1057 - 1241
12	X-RAY DIFFRACTION	4	D	501 - 790
13	X-RAY DIFFRACTION	5	C	1242 - 1320
14	X-RAY DIFFRACTION	5	D	343 - 500
15	X-RAY DIFFRACTION	5	D	791 - 943
16	X-RAY DIFFRACTION	5	D	1129 - 1153
17	X-RAY DIFFRACTION	5	D	1213 - 1317
18	X-RAY DIFFRACTION	5	D	1345 - 1376
19	X-RAY DIFFRACTION	5	D	1502 - 1503
20	X-RAY DIFFRACTION	5	E	2 - 91
21	X-RAY DIFFRACTION	5	F	505 - 529
22	X-RAY DIFFRACTION	6	2	13 - 22
23	X-RAY DIFFRACTION	6	3	13 - 16
24	X-RAY DIFFRACTION	7	C	832 - 891
25	X-RAY DIFFRACTION	7	C	912 - 1056
26	X-RAY DIFFRACTION	8	C	892 - 911
27	X-RAY DIFFRACTION	8	F	530 - 613
28	X-RAY DIFFRACTION	8	1	12 - 36
29	X-RAY DIFFRACTION	8	2	27 - 51
30	X-RAY DIFFRACTION	9	C	29 - 145
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50	X-RAY DIFFRACTION	16	G	179 - 235
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88	X-RAY DIFFRACTION	28	J	1501
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92	X-RAY DIFFRACTION	28	5	23 - 26
93	X-RAY DIFFRACTION	28	4	52 - 60
94	X-RAY DIFFRACTION	28	5	3 - 12
95	X-RAY DIFFRACTION	29	L	137 - 355
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108	X-RAY DIFFRACTION	34	P	501 - 790
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113	X-RAY DIFFRACTION	35	P	1213 - 1317
114	X-RAY DIFFRACTION	35	P	1345 - 1376
115	X-RAY DIFFRACTION	35	P	1502 - 1503
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117	X-RAY DIFFRACTION	35	R	505 - 529
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144	X-RAY DIFFRACTION	45	P	944 - 1128

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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