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Yorodumi- PDB-4jkr: Crystal Structure of E. coli RNA Polymerase in complex with ppGpp -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 4jkr | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal Structure of E. coli RNA Polymerase in complex with ppGpp | ||||||
Components |
| ||||||
Keywords | TRANSCRIPTION / transferase / RNA polymerase / transcription regulation | ||||||
| Function / homology | Function and homology information: / : / : / : / : / : / sigma factor antagonist complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / sigma factor activity / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex ...: / : / : / : / : / : / sigma factor antagonist complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / sigma factor activity / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed RNA polymerase / response to heat / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / cytosol Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | ![]() | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 4.2 Å | ||||||
Authors | Zuo, Y. / Wang, Y. / Steitz, T.A. | ||||||
Citation | Journal: Mol.Cell / Year: 2013Title: The mechanism of E. coli RNA polymerase regulation by ppGpp is suggested by the structure of their complex. Authors: Zuo, Y. / Wang, Y. / Steitz, T.A. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 4jkr.cif.gz | 3 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb4jkr.ent.gz | 2.5 MB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 4jkr.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 4jkr_validation.pdf.gz | 1.1 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 4jkr_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | Display | |
| Data in XML | 4jkr_validation.xml.gz | 240 KB | Display | |
| Data in CIF | 4jkr_validation.cif.gz | 322.3 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jk/4jkr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jk/4jkr | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| Unit cell |
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| Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS oper:
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Components
-DNA-directed RNA polymerase subunit ... , 4 types, 10 molecules ABGHCIDJEK
| #1: Protein | Mass: 36558.680 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() #2: Protein | Mass: 150820.875 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() References: UniProt: C9QV90, UniProt: A0A0E0Y7A2*PLUS, DNA-directed RNA polymerase #3: Protein | Mass: 156537.031 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() #4: Protein | Mass: 10118.352 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() |
|---|
-Protein , 1 types, 2 molecules FL
| #5: Protein | Mass: 72206.266 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() |
|---|
-Non-polymers , 3 types, 14 molecules 




| #6: Chemical | ChemComp-SR / #7: Chemical | #8: Chemical | ChemComp-ZN / |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 3.25 Å3/Da / Density % sol: 62.14 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 Details: 20% PEG400, 0.18M strontium chloride, 0.1M HEPES , pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSLS / Beamline: X25 / Wavelength: 1.075 Å |
| Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Jul 21, 2011 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 1.075 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 4.2→39.97 Å / Num. all: 88437 / Num. obs: 88171 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 13.2 % |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 4.2→39.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.929 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.884 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R Free: 1.135 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD
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| Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 280.907 Å2
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| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 4.2→39.97 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell | Resolution: 4.2→4.308 Å / Total num. of bins used: 20
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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