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- PDB-4yla: Crystal structure of the indole prenyltransferase MpnD complexed ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4yla
タイトルCrystal structure of the indole prenyltransferase MpnD complexed with indolactam V and DMSPP
要素Aromatic prenyltransferase
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / indole prenyltransferase / PT-fold / indolactam V
機能・相同性Aromatic prenyltransferase, DMATS-type / Tryptophan dimethylallyltransferase / Aromatic prenyltransferase / alkaloid metabolic process / transferase activity, transferring alkyl or aryl (other than methyl) groups / DIMETHYLALLYL S-THIOLODIPHOSPHATE / Chem-ILV / Aromatic prenyltransferase
機能・相同性情報
生物種Marinactinospora thermotolerans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Mori, T. / Morita, H. / Abe, I.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2016
タイトル: Manipulation of prenylation reactions by structure-based engineering of bacterial indolactam prenyltransferases.
著者: Mori, T. / Zhang, L. / Awakawa, T. / Hoshino, S. / Okada, M. / Morita, H. / Abe, I.
履歴
登録2015年3月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年4月20日Group: Database references
改定 2.02019年10月16日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / diffrn_source ...chem_comp / diffrn_source / entity / pdbx_struct_oper_list
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight ..._chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity.formula_weight / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 2.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aromatic prenyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,8796
ポリマ－41,0271
非ポリマー8525
水7,728429
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)46.830, 54.080, 132.240
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Aromatic prenyltransferase


分子量: 41027.004 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Marinactinospora thermotolerans (バクテリア)
プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BLR / 参照: UniProt: I7EIW6
#2: 化合物 ChemComp-ILV / (2S,5S)-5-(hydroxymethyl)-1-methyl-2-(propan-2-yl)-1,2,4,5,6,8-hexahydro-3H-[1,4]diazonino[7,6,5-cd]indol-3-one / Indolactam V / インドラクタムV


分子量: 301.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H23N3O2
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-DST / DIMETHYLALLYL S-THIOLODIPHOSPHATE / DMASPP / DMAPP / DMADP / Dimethylallyl pyrophosphate / dimethylallyl diphosphate / isoprenyl pyrophosphate / りん酸3-メチル-2-ブテニルチオホスホニル / ジメチルアリル二リン酸


分子量: 262.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H12O6P2S
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 429 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.73 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 100 mM Tris-HCl (pH8.5), 1470 mM (NH)2SO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月1日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→50 Å / Num. obs: 66872 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.98 % / Rmerge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 22.83
反射 シェル解像度: 1.4→1.48 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.452 / Mean I/σ(I) obs: 4.03 / % possible all: 99.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
XDSXDS-OSX10.9.4_Darwin13.3.0データ削減
XSCALEOSX10.9.4_Darwin13.3.0データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4YZJ

4yzj


解像度: 1.4→41.861 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 18.4 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.203 3344 5 %
Rwork0.1778 --
obs0.1791 66871 99.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→41.861 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2816 0 51 429 3296
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092946
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2474031
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.0581081
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.076424
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007541
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.3998-1.41980.2891360.23912581X-RAY DIFFRACTION97
1.4198-1.4410.26461350.22112572X-RAY DIFFRACTION100
1.441-1.46360.22961410.21052670X-RAY DIFFRACTION100
1.4636-1.48760.22451350.20622578X-RAY DIFFRACTION100
1.4876-1.51320.23231380.19342616X-RAY DIFFRACTION100
1.5132-1.54070.23331380.19582617X-RAY DIFFRACTION100
1.5407-1.57040.21721380.18362627X-RAY DIFFRACTION100
1.5704-1.60240.2341380.17672613X-RAY DIFFRACTION100
1.6024-1.63730.19551390.18462655X-RAY DIFFRACTION100
1.6373-1.67530.20211390.18632633X-RAY DIFFRACTION100
1.6753-1.71720.2161360.18142589X-RAY DIFFRACTION100
1.7172-1.76370.22191390.17962639X-RAY DIFFRACTION100
1.7637-1.81560.20821390.17992642X-RAY DIFFRACTION100
1.8156-1.87420.22481400.17412662X-RAY DIFFRACTION100
1.8742-1.94120.19241390.17872637X-RAY DIFFRACTION100
1.9412-2.01890.20781380.17642619X-RAY DIFFRACTION100
2.0189-2.11080.2081410.17042677X-RAY DIFFRACTION100
2.1108-2.2220.18291390.16642653X-RAY DIFFRACTION100
2.222-2.36120.21271400.17082658X-RAY DIFFRACTION100
2.3612-2.54350.18241410.17492667X-RAY DIFFRACTION100
2.5435-2.79950.20561420.18562700X-RAY DIFFRACTION100
2.7995-3.20440.18381420.17652696X-RAY DIFFRACTION100
3.2044-4.03670.19361430.15992731X-RAY DIFFRACTION100
4.0367-41.880.19441480.18072795X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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