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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4ydb | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the R111K:Y134F:T54V:R132Q:P39Q:R59Y mutant of human Cellular Retinoic Acid Binding Protein II in complex with Retinal at 2.03 angstrom -UV irradiated crystal- 3rd cycle | ||||||
要素 | Cellular retinoic acid-binding protein 2 | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / Photoswitchable protein / Retinal isomerization / Retinal PSB / Protein engineering (タンパク質工学) / Retinal iminium pKa change by isomerization | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of collateral sprouting / retinoid binding / retinal binding / retinoic acid binding / embryonic forelimb morphogenesis / retinoic acid metabolic process / retinol binding / Signaling by Retinoic Acid / epidermis development / fatty acid transport ...positive regulation of collateral sprouting / retinoid binding / retinal binding / retinoic acid binding / embryonic forelimb morphogenesis / retinoic acid metabolic process / retinol binding / Signaling by Retinoic Acid / epidermis development / fatty acid transport / cyclin binding / fatty acid binding / regulation of DNA-templated transcription / 小胞体 / シグナル伝達 / extracellular exosome / 核質 / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.03 Å | ||||||
データ登録者 | Nosrati, M. / Geiger, J.H. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2016 タイトル: A Photoisomerizing Rhodopsin Mimic Observed at Atomic Resolution. 著者: Nosrati, M. / Berbasova, T. / Vasileiou, C. / Borhan, B. / Geiger, J.H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4ydb.cif.gz | 44.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4ydb.ent.gz | 29.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4ydb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yd/4ydb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yd/4ydb | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 4ybpC 4ybuC 4yceC 4ychC 4ydaC 4yfpC 4yfqC 4yfrC 4yggC 4yghC 4ygzC 4yh0C 4ykmC 4ykoC 2g7bS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15543.747 Da / 分子数: 1 / 変異: R111K, Y134F, T54V, R132Q, P39Q, R59Y / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CRABP2 / プラスミド: pET17b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P29373 |
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#2: 化合物 | ChemComp-RET / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.63 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 12% PEG3350, 8% Tacsimate pH 6.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.9786 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月13日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9786 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.03→50 Å / Num. obs: 13508 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.8 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 38.81 |
反射 シェル | 解像度: 2.03→2.07 Å / 冗長度: 10.8 % / Rmerge(I) obs: 0.557 / Mean I/σ(I) obs: 4.38 / % possible all: 99.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2G7B 解像度: 2.03→35.697 Å / SU ML: 0.48 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 22.17 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 54.19 Å2 / ksol: 0.377 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.03→35.697 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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