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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4y9s | ||||||
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タイトル | structure of an H300N mutant of potato epoxide hydrolase, StEH1 | ||||||
要素 | Epoxide hydrolase | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / mutation of catalytic residue | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Solanum tuberosum (ジャガイモ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Naworyta, A. / Mowbray, S.L. / Widersten, M. | ||||||
資金援助 | スウェーデン, 1件
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引用 | ジャーナル: ACS Catal / 年: 2015 タイトル: Expanding the Catalytic Triad in Epoxide Hydrolases and Related Enzymes. 著者: Amrein, B.A. / Bauer, P. / Duarte, F. / Janfalk Carlsson, A. / Naworyta, A. / Mowbray, S.L. / Widersten, M. / Kamerlin, S.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4y9s.cif.gz | 148 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4y9s.ent.gz | 116.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4y9s.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y9/4y9s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y9/4y9s | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 2cjpS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37131.508 Da / 分子数: 2 / 変異: H300N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Solanum tuberosum (ジャガイモ) / プラスミド: pGTacStEH1-5H / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL1-Blue / 参照: UniProt: Q41415 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.13 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 3.5 詳細: 1 UL DROPS OF PROTEIN SOLUTION (7.2 MG/ML, I.E. 0.2 MM, IN 30 MM TRIS-HCL, PH 7.4, 5 MM VALPROMIDE) WERE MIXED WITH 1 UL DROPS OF RESERVOIR SOLUTION (CONTAINING 90 MM NA-HEPES, PH 7.5, 25% ...詳細: 1 UL DROPS OF PROTEIN SOLUTION (7.2 MG/ML, I.E. 0.2 MM, IN 30 MM TRIS-HCL, PH 7.4, 5 MM VALPROMIDE) WERE MIXED WITH 1 UL DROPS OF RESERVOIR SOLUTION (CONTAINING 90 MM NA-HEPES, PH 7.5, 25% PEG 10, 000). Once crystals were obtained they were soaked in mother liquor at pH 3.5 prior to freezing. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月18日 / 詳細: toroidal mirror |
放射 | モノクロメーター: Diamond (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.933 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→51.36 Å / Num. obs: 45161 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 14.7 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.09 Å / 冗長度: 4.6 % / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2CJP 解像度: 2→51.36 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 3.353 / SU ML: 0.094 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.156 / ESU R Free: 0.146 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 19.956 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→51.36 Å
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拘束条件 |
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