PDB-4xix: Carbonic anhydrase Cah3 from Chlamydomonas reinhardtii in complex...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4xix

タイトル

Carbonic anhydrase Cah3 from Chlamydomonas reinhardtii in complex with phosphate.

要素

Carbonic anhydrase, alpha type

炭酸脱水酵素

キーワード

LYASE (リアーゼ) /

photosystem II-associated (光化学系II)

機能・相同性

機能・相同性情報

炭酸脱水酵素 /

carbonate dehydratase activity / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Hainzl, T. / Grundstrom, C. / Benlloch, R. / Shevela, D. / Shutova, T. / Messinger, J. / Samuelsson, G. / Sauer-Eriksson, A.E.

資金援助

スウェーデン, 1件

引用

ジャーナル: Plant Physiol. / 年: 2015
タイトル: Crystal Structure and Functional Characterization of Photosystem II-Associated Carbonic Anhydrase CAH3 in Chlamydomonas reinhardtii.
著者: Benlloch, R. / Shevela, D. / Hainzl, T. / Grundstrom, C. / Shutova, T. / Messinger, J. / Samuelsson, G. / Sauer-Eriksson, A.E.

履歴

登録	2015年1月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年2月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年3月11日	Group: Database references
改定 2.0	2017年9月13日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Derived calculations カテゴリ: atom_site / pdbx_audit_support ...atom_site / pdbx_audit_support / pdbx_validate_close_contact / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_site_gen.auth_seq_id
改定 2.1	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4xix.cif.gz	688.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4xix.ent.gz	577.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4xix.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xi/4xix ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xi/4xix	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4xiwSC 4ciw S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1scq-1 4xiw-4 1sci-1 4o4v-1 4xiw-2 5yas-2 1sc9-1 3aio-1 1yb7-1 5tdx-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Carbonic anhydrase, alpha type

B: Carbonic anhydrase, alpha type

C: Carbonic anhydrase, alpha type

D: Carbonic anhydrase, alpha type

E: Carbonic anhydrase, alpha type

F: Carbonic anhydrase, alpha type

G: Carbonic anhydrase, alpha type

H: Carbonic anhydrase, alpha type

ヘテロ分子

212 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Carbonic anhydrase, alpha type

G: Carbonic anhydrase, alpha type

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
53.1 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Carbonic anhydrase, alpha type

H: Carbonic anhydrase, alpha type

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
53.2 kDa, 2 ポリマー
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3

C: Carbonic anhydrase, alpha type

E: Carbonic anhydrase, alpha type

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
53.2 kDa, 2 ポリマー
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4

D: Carbonic anhydrase, alpha type

F: Carbonic anhydrase, alpha type

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
52.9 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	138.957, 138.957, 202.807
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	Carbonic anhydrase, alpha type / 炭酸脱水酵素 / Intracellular carbonic anhydrase / alpha type 分子量: 26195.178 Da / 分子数: 8 / 断片: UNP residues 73-310 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 遺伝子: CAH3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q39588
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	... ChemComp-2HP / DIHYDROGENPHOSPHATE ION / りん酸二水素アニオン / Dihydrogen phosphate 分子量: 96.987 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: H₂O₄P
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 216 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.7 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.4 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.1 詳細: The protein solution (3.6 mg/mL) was mixed 1:1 with the reservoir that contained 2.5 M NH4H2PO4, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.0. The final pH of the drop was 4.1.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.984 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.984 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→48.5 Å / Num. obs: 62714 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.4 % / R_merge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 10.3
反射シェル	解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 8.8 % / R_merge(I) obs: 0.841 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.2_1309)	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4xiw

4xiw

解像度: 2.7→48.452 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.31 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2304	3171	5.07 %
R_work	0.1564	-	-
obs	0.1601	62579	99.71 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→48.452 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14662	0	128	216	15006

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.017	15215
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.56	20702
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.073	5590
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.078	2224
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	2696

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.7001-2.7404	0.4047	128	0.3157	2555	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7404-2.7832	0.3791	144	0.2843	2542	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7832-2.8288	0.38	152	0.2423	2521	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8288-2.8776	0.3082	147	0.2253	2539	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8776-2.9299	0.3159	125	0.211	2549	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9299-2.9862	0.3497	136	0.2022	2567	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9862-3.0472	0.2807	141	0.1981	2530	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0472-3.1134	0.2809	128	0.1924	2605	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1134-3.1858	0.2779	146	0.1945	2535	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1858-3.2655	0.2758	114	0.1982	2558	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2655-3.3538	0.2607	136	0.1989	2559	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3538-3.4524	0.2783	138	0.171	2581	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4524-3.5638	0.2898	143	0.1672	2591	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5638-3.6912	0.2377	138	0.1505	2544	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6912-3.8389	0.2181	129	0.1408	2604	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8389-4.0135	0.1958	146	0.134	2572	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0135-4.225	0.1942	146	0.1181	2585	X-RAY DIFFRACTION	100
4.225-4.4895	0.1562	142	0.1058	2605	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4895-4.8359	0.1626	128	0.1024	2619	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8359-5.322	0.1572	136	0.1099	2617	X-RAY DIFFRACTION	100
5.322-6.0908	0.2377	140	0.1328	2618	X-RAY DIFFRACTION	100
6.0908-7.6689	0.2012	134	0.1515	2683	X-RAY DIFFRACTION	100
7.6689-48.4596	0.1959	154	0.1649	2729	X-RAY DIFFRACTION	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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