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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4w6v | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a peptide transporter from Yersinia enterocolitica at 3 A resolution | ||||||
要素 | Di-/tripeptide transporter | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / membrane protein (膜タンパク質) / solute transporter / permease | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 oligopeptide transport / peptide transmembrane transporter activity / protein transport / membrane => GO:0016020 / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Yersinia enterocolitica subsp. palearctica YE-P4 (腸炎エルシニア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.01819 Å | ||||||
データ登録者 | Jeckelmann, J.-M. / Boggavarapu, R. / Harder, D. / Ucurum, Z. / Fotiadis, D. | ||||||
資金援助 | スイス, 1件
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引用 | ジャーナル: Bmc Biol. / 年: 2015 タイトル: Role of electrostatic interactions for ligand recognition and specificity of peptide transporters. 著者: Boggavarapu, R. / Jeckelmann, J.M. / Harder, D. / Ucurum, Z. / Fotiadis, D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4w6v.cif.gz | 104.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4w6v.ent.gz | 79.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4w6v.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w6/4w6v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w6/4w6v | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 4ikvS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | biological unit is the same as asym. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 56509.898 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Two missing loops 由来: (組換発現) Yersinia enterocolitica subsp. palearctica YE-P4 (腸炎エルシニア) 遺伝子: YEP4_02370 / プラスミド: pET21 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: R9G739, UniProt: A0A2R9TD79*PLUS |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.9 % / 解説: orthorhombic |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.4 / 詳細: PEG 300, NaCl, Li2SO4, LiH2PO4 / PH範囲: 4.0 - 5.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年5月25日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 3.01819→46.2977 Å / Num. obs: 19398 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 104.04 Å2 / Net I/σ(I): 20 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | |||||||||
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Phasing MR |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4IKV 解像度: 3.01819→46.2977 Å / SU ML: 0.54 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 33.14 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 277.8 Å2 / Biso mean: 105.7227 Å2 / Biso min: 46.2 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 3.01819→46.2977 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13
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