+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4v9b | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal Structure of the 70S ribosome with tigecycline. | |||||||||
要素 |
| |||||||||
キーワード | RIBOSOME/ANTIBIOTIC / RNA (リボ核酸) / ribosome (リボソーム) / tRNA (転移RNA) / translation (翻訳 (生物学)) / mRNA (伝令RNA) / RIBOSOME-ANTIBIOTIC complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 large ribosomal subunit / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / transferase activity / tRNA binding / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / ribonucleoprotein complex ...large ribosomal subunit / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / transferase activity / tRNA binding / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) Synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Jenner, L. / Yusupov, M. / Yusupova, G. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013 タイトル: Structural basis for potent inhibitory activity of the antibiotic tigecycline during protein synthesis. 著者: Jenner, L. / Starosta, A.L. / Terry, D.S. / Mikolajka, A. / Filonava, L. / Yusupov, M. / Blanchard, S.C. / Wilson, D.N. / Yusupova, G. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4v9b.cif.gz | 7.4 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb4v9b.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 4v9b.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v9/4v9b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v9/4v9b | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | 4v9aC 3uz6 3uz7 3uz8 3uz9 S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
詳細 | biological unit is the same as asym. |
-要素
-RNA鎖 , 5種, 12分子 AACAACADCCCDA1C1BADABBDB
#1: RNA鎖 | 分子量: 489002.531 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: GenBank: AP008226.1 #22: RNA鎖 | 分子量: 24801.801 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: GenBank: AP008226.1 #23: RNA鎖 | 分子量: 1900.197 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Synthetic construct (人工物) #24: RNA鎖 | 分子量: 947013.000 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: GenBank: AP008226.1 #25: RNA鎖 | 分子量: 39540.617 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: GenBank: AP008226.1 |
---|
-30S RIBOSOMAL PROTEIN ... , 20種, 40分子 AECEAFCFAGCGAHCHAICIAJCJAKCKALCLAMCMANCNAOCOAPCPAQCQARCRASCS...
#2: タンパク質 | 分子量: 29317.703 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: UniProt: P80371 #3: タンパク質 | 分子量: 26751.076 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: UniProt: P80372 #4: タンパク質 | 分子量: 24242.254 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: UniProt: P80373 #5: タンパク質 | 分子量: 17583.416 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHQ5 #6: タンパク質 | 分子量: 11988.753 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SLP8 #7: タンパク質 | 分子量: 18050.973 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: UniProt: P17291 #8: タンパク質 | 分子量: 15868.570 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHQ2, UniProt: A0A0M9AFS9*PLUS #9: タンパク質 | 分子量: 14410.614 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: UniProt: P80374 #10: タンパク質 | 分子量: 11954.968 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHN7 #11: タンパク質 | 分子量: 13737.868 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: UniProt: P80376 #12: タンパク質 | 分子量: 14264.942 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHN3 #13: タンパク質 | 分子量: 14338.861 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: UniProt: P80377 #14: タンパク質 | 分子量: 7158.725 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHQ1, UniProt: A0A0N0BLP2*PLUS #15: タンパク質 | 分子量: 10578.407 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SJ76 #16: タンパク質 | 分子量: 10409.983 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SJH3 #17: タンパク質 | 分子量: 12325.655 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHP7, UniProt: A0A0N0BLS5*PLUS #18: タンパク質 | 分子量: 10258.299 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SLQ0 #19: タンパク質 | 分子量: 10605.464 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHP2 #20: タンパク質 | 分子量: 11736.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: UniProt: P80380 #21: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3350.030 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SIH3 |
---|
+50S ribosomal protein ... , 28種, 56分子 BDDDBEDEBFDFBGDGBHDHBKDKBMDMBNDNBODOBPDPB0D0BQDQBRDRB1D1B2D2...
-非ポリマー , 3種, 1692分子
#54: 化合物 | ChemComp-MG / #55: 化合物 | #56: 化合物 | ChemComp-ZN / |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.74 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 4% PEG20K, 4% PEGMME 550, 100mM Tris/HAc, 200mM KSCN, pH 7.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年2月11日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 3.1→300 Å / Num. all: 1045946 / Num. obs: 1045188 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 44.5 % / Biso Wilson estimate: 96.184 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.466 / Net I/σ(I): 10.46 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
|
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 3UZ6, 3UZ7, 3UZ8, 3UZ9 解像度: 3.1→153.588 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8165 / SU ML: 0.36 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.06 / 立体化学のターゲット値: ML
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 37.64 Å2 / ksol: 0.244 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 255.84 Å2 / Biso mean: 122.9958 Å2 / Biso min: 42.89 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.1→153.588 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14 / % reflection obs: 100 %
|