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- PDB-4v8t: Cryo-EM Structure of the 60S Ribosomal Subunit in Complex with Ar... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4v8t
タイトルCryo-EM Structure of the 60S Ribosomal Subunit in Complex with Arx1 and Rei1
要素
  • (60S RIBOSOMAL PROTEIN ...) x 42
  • (RIBOSOMAL PROTEIN ...) x 2
  • 25S RIBOSOMAL RNAリボソームRNA
  • 5.8S RIBOSOMAL RNA5.8SリボソームRNA
  • 5S RIBOSOMAL RNA5SリボソームRNA
  • 60S ACIDIC RIBOSOMAL PROTEIN P0
  • ES27 OF THE 25S RRNA
  • PROBABLE METALLOPROTEASE ARX1
キーワードRIBOSOME (リボソーム) / LARGE RIBOSOMAL SUBUNIT / RIBOSOME BIOGENESIS (リボソーム生合成) / RIBOSOME MATURATION FACTOR
機能・相同性
機能・相同性情報


pre-mRNA 5'-splice site binding / cleavage in ITS2 between 5.8S rRNA and LSU-rRNA of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / response to cycloheximide / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / 90S preribosome / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / Formation of a pool of free 40S subunits / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome ...pre-mRNA 5'-splice site binding / cleavage in ITS2 between 5.8S rRNA and LSU-rRNA of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / response to cycloheximide / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / 90S preribosome / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / Formation of a pool of free 40S subunits / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / protein-RNA complex assembly / preribosome, large subunit precursor / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / ribosomal large subunit export from nucleus / regulation of translational fidelity / translational termination / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA / ribosomal large subunit biogenesis / maintenance of translational fidelity / オートファジー / modification-dependent protein catabolic process / ribosomal large subunit assembly / protein tag activity / rRNA processing / large ribosomal subunit rRNA binding / リボソーム生合成 / cytoplasmic translation / 5S rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / negative regulation of translation / rRNA binding / protein ubiquitination / リボソーム / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / response to antibiotic / mRNA binding / ubiquitin protein ligase binding / RNA binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
60s Acidic ribosomal protein / 60S acidic ribosomal protein P0 / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein L41 / 50S ribosomal protein L10, insertion domain superfamily / 60S ribosomal protein L10P, insertion domain / Insertion domain in 60S ribosomal protein L10P / Ribosomal protein L29e / Ribosomal L29e protein family / Ribosomal protein L10e, conserved site ...60s Acidic ribosomal protein / 60S acidic ribosomal protein P0 / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein L41 / 50S ribosomal protein L10, insertion domain superfamily / 60S ribosomal protein L10P, insertion domain / Insertion domain in 60S ribosomal protein L10P / Ribosomal protein L29e / Ribosomal L29e protein family / Ribosomal protein L10e, conserved site / Ribosomal protein L10e / Ribosomal protein L27e, conserved site / : / Ribosomal protein L24e, conserved site / Ribosomal protein L34e, conserved site / Eukaryotic Ribosomal Protein L27, KOW domain / Ribosomal protein L44e / Ribosomal protein L38e / Ribosomal protein L38e superfamily / Ribosomal protein L27e / Ribosomal protein L27e superfamily / Ribosomal protein L22e / Ribosomal protein L22e superfamily / Ribosomal L38e protein family / Ribosomal L22e protein family / Ribosomal protein L23/L25, N-terminal / 60S ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35Ae, conserved site / Ribosomal protein L30e, conserved site / Ribosomal protein L44 / Ribosomal protein L34Ae / Ribosomal protein L23, N-terminal domain / Ribosomal protein L13e, conserved site / Ribosomal protein L13e signature. / Ribosomal L27e protein family / Ribosomal Protein L6, KOW domain / Ribosomal protein L30/YlxQ / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L34e / Ribosomal protein L31e, conserved site / Ribosomal protein L37ae / Ribosomal protein L14e domain / 60S ribosomal protein L6E / Ribosomal protein L19, eukaryotic / Ribosomal protein L35A / Ribosomal protein L36e / Ribosomal protein L36e domain superfamily / Ribosomal L40e family / Ribosomal protein L36e / Ribosomal protein L35A superfamily / Ribosomal protein L44e signature. / Ribosomal_L40e / Ribosomal protein L40e / Ribosomal protein L40e superfamily / Ribosomal protein L7A/L8 / Ribosomal protein L27e signature. / Ribosomal protein L10e signature. / Ribosomal protein L32e, conserved site / 60S ribosomal protein L4, C-terminal domain / 60S ribosomal protein L18a/ L20, eukaryotes / Ribosomal protein L7, eukaryotic / Ribosomal protein L6e / Ribosomal protein L14 / Ribosomal protein L30, N-terminal / Ribosomal protein L6, conserved site-2 / Ribosomal protein L14, KOW motif / Ribosomal L30 N-terminal domain / Ribosomal protein L19/L19e conserved site / Ribosomal protein L14 / Ribosomal L37ae protein family / Ribosomal protein L35Ae / 50S ribosomal protein L18Ae/60S ribosomal protein L20 and L18a / Ribosomal protein L39e, conserved site / Ribosomal protein 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / 60S ribosomal protein L4 C-terminal domain / Ribosomal protein L19e signature. / Ribosomal proteins 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal protein L24e signature. / Ribosomal protein L5 eukaryotic, C-terminal / Ribosomal L18 C-terminal region / Ribosomal protein L34e signature. / Ribosomal protein L31e / Ribosomal protein L31e domain superfamily / Ribosomal protein L6e signature. / Ribosomal_L31e / Ribosomal protein L15e, conserved site / Ribosomal protein L30e signature 1. / Ribosomal protein L21e / Ribosomal protein L21e, conserved site / Ribosomal protein L21 superfamily / Ribosomal protein 60S L18 and 50S L18e / Ribosomal protein L30e signature 2. / 60S ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L4/L1e, eukaryotic/archaeal, conserved site / Ribosomal protein L37e, conserved site / Ribosomal protein L3, domain 3, archaeal type superfamily / Ribosomal protein L3, archaeal/eukaryotic type / Ribosomal protein L36e signature. / Ribosomal protein L37e
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / : / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein eL24A / Large ribosomal subunit protein uL23 ...: / : / : / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein eL24A / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein eL39 / Large ribosomal subunit protein uL10 / Large ribosomal subunit protein uL30A / Large ribosomal subunit protein uL6A / Large ribosomal subunit protein uL22A / Large ribosomal subunit protein uL24A / Large ribosomal subunit protein eL33A / Large ribosomal subunit protein eL36A / Large ribosomal subunit protein eL29 / Large ribosomal subunit protein eL15A / Large ribosomal subunit protein eL22A / Large ribosomal subunit protein uL5A / Large ribosomal subunit protein eL27A / Large ribosomal subunit protein eL31A / Ubiquitin-ribosomal protein eL40A fusion protein / Large ribosomal subunit protein eL20A / Large ribosomal subunit protein eL43A / Large ribosomal subunit protein eL42A / Large ribosomal subunit protein uL14A / Large ribosomal subunit protein uL2A / Large ribosomal subunit protein uL2B / Large ribosomal subunit protein eL18A / Large ribosomal subunit protein eL18B / Large ribosomal subunit protein eL19A / Large ribosomal subunit protein eL19 / Large ribosomal subunit protein uL29A / Small ribosomal subunit protein eS32A / Large ribosomal subunit protein uL4A / Large ribosomal subunit protein eL30 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein eL8A / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein uL13A / Large ribosomal subunit protein eL14A / Large ribosomal subunit protein eL32 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein eL37A / Large ribosomal subunit protein eL38 / Large ribosomal subunit protein eL34A / Large ribosomal subunit protein eL6A / Large ribosomal subunit protein eL21A / Large ribosomal subunit protein eL13A / Large ribosomal subunit protein uL5B
類似検索 - 構成要素
生物種SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.1 Å
データ登録者Greber, B.J. / Boehringer, D. / Montellese, C. / Ban, N.
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2012
タイトル: Cryo-EM structures of Arx1 and maturation factors Rei1 and Jjj1 bound to the 60S ribosomal subunit.
著者: Basil J Greber / Daniel Boehringer / Christian Montellese / Nenad Ban /
要旨: Eukaryotic ribosome biogenesis requires many protein factors that facilitate the assembly, nuclear export and final maturation of 40S and 60S particles. We have biochemically characterized ribosomal ...Eukaryotic ribosome biogenesis requires many protein factors that facilitate the assembly, nuclear export and final maturation of 40S and 60S particles. We have biochemically characterized ribosomal complexes of the yeast 60S-biogenesis factor Arx1 and late-maturation factors Rei1 and Jjj1 and determined their cryo-EM structures. Arx1 was visualized bound to the 60S subunit together with Rei1, at 8.1-Å resolution, to reveal the molecular details of Arx1 binding whereby Arx1 arrests the eukaryotic-specific rRNA expansion segment 27 near the polypeptide tunnel exit. Rei1 and Jjj1, which have been implicated in Arx1 recycling, bind in the vicinity of Arx1 and form a network of interactions. We suggest that, in addition to the role of Arx1 during pre-60S nuclear export, the binding of Arx1 conformationally locks the pre-60S subunit and inhibits the premature association of nascent chain-processing factors to the polypeptide tunnel exit.
履歴
登録2012年8月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年7月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
置き換え2014年12月10日ID: 4B6A, 4B6B
改定 1.12014年12月10日Group: Other
改定 1.22015年4月22日Group: Other
改定 1.32017年8月2日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: em_3d_fitting / em_image_scans ...em_3d_fitting / em_image_scans / em_software / struct_conn
Item: _em_3d_fitting.target_criteria / _em_software.fitting_id / _em_software.image_processing_id
改定 1.42018年3月7日Group: Source and taxonomy / Structure summary / カテゴリ: entity / entity_src_gen / entity_src_nat
Item: _entity.src_method / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id ..._entity.src_method / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant / _entity_src_nat.pdbx_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_nat.strain
改定 1.52019年8月21日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_database_status.process_site / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.62019年10月23日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact ...pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif
Item: _struct_ref_seq_dif.details
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "BA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "BA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 6-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 7-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "VB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 5-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 6-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "fA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 6-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 7-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

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  • マップデータ: EMDB-2169
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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L2-B
B: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L3
C: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L4-A
D: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L5
E: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L6-A
F: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L7-A
G: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L8-A
H: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L9-A
I: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L10
J: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L11-B
K: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L12
L: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L13-A
M: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L14-A
N: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L15-A
O: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L16-A
P: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L17-A
Q: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L18-B
R: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L19-B
S: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L20-A
T: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L21-A
U: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L22-A
V: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L23-A
W: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L24-A
X: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L25
Y: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L26-A
Z: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L27-A
a: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L28
b: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L29
c: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L32
d: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L31-A
e: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L30
f: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L33-A
g: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L34-A
h: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L35-A
i: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L36-A
j: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L37-A
k: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L38
l: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L39
m: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L40
n: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L41-A
o: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L42-A
p: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L43-A
q: 60S ACIDIC RIBOSOMAL PROTEIN P0
r: RIBOSOMAL PROTEIN P1 ALPHA
s: RIBOSOMAL PROTEIN P2 BETA
t: PROBABLE METALLOPROTEASE ARX1
1: ES27 OF THE 25S RRNA
5: 25S RIBOSOMAL RNA
7: 5S RIBOSOMAL RNA
8: 5.8S RIBOSOMAL RNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,090,15454
ポリマ－2,089,89350
非ポリマー2624
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

+
60S RIBOSOMAL PROTEIN ... , 42種, 42分子 ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZabcd...

#1: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L2-B / リボソーム / L5 / RP8 / YL6


分子量: 27463.574 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 株: S288C / 参照: UniProt: P0CX46, UniProt: P0CX45*PLUS
#2: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L3 / / MAINTENANCE OF KILLER PROTEIN 8 / RP1 / TRICHODERMIN RESISTANCE PROTEIN / YL1


分子量: 43850.793 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 株: S288C / 参照: UniProt: P14126
#3: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L4-A / リボソーム / L2 / RP2 / YL2


分子量: 39159.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 株: S288C / 参照: UniProt: P10664
#4: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L5 / / L1 / L1A / RIBOSOMAL 5S RNA-BINDING PROTEIN / YL3


分子量: 33764.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 株: S288C / 参照: UniProt: P26321
#5: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L6-A / リボソーム / L17 / RP18 / YL16


分子量: 20000.564 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 株: S288C / 参照: UniProt: Q02326
#6: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L7-A / リボソーム / L6 / RP11 / YL8


分子量: 27686.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 株: S288C / 参照: UniProt: P05737
#7: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L8-A / リボソーム / L4 / L4-2 / L7A-1 / MAINTENANCE OF KILLER PROTEIN 7 / RP6 / YL5


分子量: 28175.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 株: S288C / 参照: UniProt: P17076
#8: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L9-A / リボソーム / L8 / RP24 / YL11


分子量: 21605.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 株: S288C / 参照: UniProt: P05738
#9: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L10 / / L9 / UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE COMPLEX SUBUNIT VI-REQUIRING PROTEIN


分子量: 25410.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 株: S288C / 参照: UniProt: P41805
#10: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L11-B / リボソーム / L16 / RP39 / YL22


分子量: 19755.691 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 株: S288C / 参照: UniProt: Q3E757, UniProt: P0C0W9*PLUS
#11: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L12 /


分子量: 13209.274 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 株: S288C
#12: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L13-A / リボソーム


分子量: 22604.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 株: S288C / 参照: UniProt: Q12690
#13: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L14-A / リボソーム


分子量: 15195.066 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 株: S288C / 参照: UniProt: P36105
#14: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L15-A / リボソーム / L13 / RP15R / YL10 / YP18


分子量: 24482.357 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 株: S288C / 参照: UniProt: P05748
#15: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L16-A / リボソーム / L13A / L21 / RP22 / YL15


分子量: 22298.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 株: S288C / 参照: UniProt: P26784
#16: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L17-A / リボソーム / L20A / YL17


分子量: 20589.518 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 株: S288C / 参照: UniProt: P05740
#17: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L18-B / リボソーム / RP28


分子量: 20609.252 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 株: S288C / 参照: UniProt: P0CX50, UniProt: P0CX49*PLUS
#18: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L19-B / リボソーム / L23 / RP15L / RP33 / YL14


分子量: 21762.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 株: S288C / 参照: UniProt: P0CX83, UniProt: P0CX82*PLUS
#19: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L20-A / リボソーム / L18A


分子量: 20478.852 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 株: S288C / 参照: UniProt: P0CX23
#20: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L21-A / リボソーム


分子量: 18279.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 株: S288C / 参照: UniProt: Q02753
#21: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L22-A / リボソーム / L1C / RP4 / YL31


分子量: 13711.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 株: S288C / 参照: UniProt: P05749
#22: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L23-A / リボソーム / L17A / YL32


分子量: 14493.950 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 株: S288C / 参照: UniProt: P0CX41
#23: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L24-A / リボソーム / L30 / RP29 / YL21


分子量: 17661.717 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 株: S288C / 参照: UniProt: P04449
#24: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L25 / / RP16L / YL25 / YP42'


分子量: 15787.612 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 株: S288C / 参照: UniProt: P04456
#25: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L26-A / リボソーム / L33 / YL33


分子量: 14265.784 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 株: S288C / 参照: UniProt: P05743
#26: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L27-A / リボソーム


分子量: 15568.360 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 株: S288C / 参照: UniProt: P0C2H6
#27: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L28 /


分子量: 16761.666 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 株: S288C / 参照: UniProt: P02406
#28: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L29 /


分子量: 6691.884 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 株: S288C / 参照: UniProt: P05747
#29: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L32 /


分子量: 11430.364 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 株: S288C / 参照: UniProt: P14120
#30: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L31-A / リボソーム


分子量: 12980.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 株: S288C / 参照: UniProt: P0C2H8
#31: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L30 /


分子量: 14809.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 株: S288C / 参照: UniProt: P38061
#32: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L33-A / リボソーム


分子量: 12177.130 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 株: S288C / 参照: UniProt: P05744
#33: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L34-A / リボソーム


分子量: 13673.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 株: S288C / 参照: UniProt: P87262
#34: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L35-A / リボソーム


分子量: 13942.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 株: S288C / 参照: UniProt: P0CX84
#35: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L36-A / リボソーム


分子量: 11151.259 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 株: S288C / 参照: UniProt: P05745
#36: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L37-A / リボソーム


分子量: 9877.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 株: S288C / 参照: UniProt: P49166
#37: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L38 /


分子量: 8845.561 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 株: S288C / 参照: UniProt: P49167
#38: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L39 / / L46 / YL40


分子量: 6358.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 株: S288C / 参照: UniProt: P04650
#39: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L40 / / 60S RIBOSOMAL PROTEIN L40 / CEP52


分子量: 14583.077 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 株: S288C / 参照: UniProt: P0CH08
#40: タンパク質・ペプチド 60S RIBOSOMAL PROTEIN L41-A / リボソーム / L47 / YL41


分子量: 3354.243 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 株: S288C / 参照: UniProt: P0CX86
#41: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L42-A / リボソーム / L41 / YL27 / YP44


分子量: 12246.658 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 株: S288C / 参照: UniProt: P0CX27
#42: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L43-A / リボソーム / L37A / YL35


分子量: 10112.952 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 株: S288C / 参照: UniProt: P0CX25

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タンパク質 , 2種, 2分子 qt

#43: タンパク質 60S ACIDIC RIBOSOMAL PROTEIN P0 / A0 / L10E


分子量: 33289.848 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 株: S288C / 参照: UniProt: P05317
#46: タンパク質 PROBABLE METALLOPROTEASE ARX1 / ARX1 / ASSOCIATED WITH RIBOSOMAL EXPORT COMPLEX PROTEIN 1


分子量: 67848.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N-TERMINAL HIS-TAG
由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
株: S288C / プラスミド: PPROEX-HTB / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: 加水分解酵素

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RIBOSOMAL PROTEIN ... , 2種, 2分子 rs

#44: タンパク質・ペプチド RIBOSOMAL PROTEIN P1 ALPHA / リボソーム


分子量: 4017.944 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 株: S288C
#45: タンパク質・ペプチド RIBOSOMAL PROTEIN P2 BETA / リボソーム


分子量: 3932.839 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 株: S288C

-
RNA鎖 , 4種, 4分子 1578

#47: RNA鎖 ES27 OF THE 25S RRNA / 座標モデル: P原子のみ


分子量: 36810.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 株: S288C
#48: RNA鎖 25S RIBOSOMAL RNA / リボソームRNA


分子量: 1097493.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 株: S288C / 参照: GenBank: BK006945
#49: RNA鎖 5S RIBOSOMAL RNA / 5SリボソームRNA


分子量: 38951.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 株: S288C / 参照: GenBank: AE016820
#50: RNA鎖 5.8S RIBOSOMAL RNA / 5.8SリボソームRNA


分子量: 50682.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 株: S288C / 参照: GenBank: HQ026735

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非ポリマー , 1種, 4分子

#51: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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詳細

配列の詳細(1) THESE ARE PARTS OF THE PROTEIN SEQUENCES MODELED AS UNK RESIDUES. (2) THE MICROHETEROGENEITY ...(1) THESE ARE PARTS OF THE PROTEIN SEQUENCES MODELED AS UNK RESIDUES. (2) THE MICROHETEROGENEITY FOR CHAIN O ARISE FROM THE PRESENCE OF TWO ISFORMS FOR THIS PROTEIN PROTEIN L16.

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: 60S RIBOSOMAL SUBUNIT IN COMPLEX WITH ARX1 AND REI1リボソーム
タイプ: RIBOSOME
緩衝液名称: 20 MM HEPES-NAOH PH 8.0, 50 MM NACL, 5 MM BETA- MERCAPTOETHANOL, 5 MM MGCL2
pH: 8
詳細: 20 MM HEPES-NAOH PH 8.0, 50 MM NACL, 5 MM BETA- MERCAPTOETHANOL, 5 MM MGCL2
試料濃度: 0.16 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: HOLEY CARBON
急速凍結装置: HOMEMADE PLUNGER / 凍結剤: ETHANE
詳細: PLUNGE FREEZING IN LIQUID ETHANE AFTER MANUAL BLOTTING USING A MANUAL PLUNGE FREEZING DEVICE

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: FEI TECNAI 20 / 日付: 2012年2月21日
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 83000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 4500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / Cs: 2.3 mm
試料ホルダ温度: 87 K / 傾斜角・最大: 0 °
撮影電子線照射量: 20 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
放射波長相対比: 1

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1UCSF Chimeraモデルフィッティング
2SPIDER３次元再構成
CTF補正詳細: PER FRAME
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成手法: PROJECTION MATCHING / 解像度: 8.1 Å / 粒子像の数: 84113 / ピクセルサイズ（公称値）: 1.81 Å
詳細: SUBMISSION BASED ON EXPERIMENTAL DATA FROM EMDB EMD-2169. (DEPOSITION ID: 10977).
対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / Target criteria: Cross-correlation coefficient / 詳細: METHOD--RIGID BODY REFINEMENT PROTOCOL--RIGID BODY
原子モデル構築
IDPDB-ID 3D fitting-ID
13U5H

3u5h
PDB 未公開エントリ

1
23U5I

3u5i
PDB 未公開エントリ

1
精密化最高解像度: 8.1 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 8.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数55206 0 4 0 55210

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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