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- PDB-4v81: The crystal structure of yeast CCT reveals intrinsic asymmetry of... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4v81
タイトルThe crystal structure of yeast CCT reveals intrinsic asymmetry of eukaryotic cytosolic chaperonins
要素(T-complex protein 1 subunit ...) x 8
キーワードCHAPERONE (シャペロン) / HSP60 / eukaryotic chaperonin / actin/tubulin binding / HEXADECAMER (四次構造)
機能・相同性
機能・相同性情報


Association of TriC/CCT with target proteins during biosynthesis / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / : / chaperone mediated protein folding independent of cofactor / chaperonin-containing T-complex / : / Neutrophil degranulation / ATP-dependent protein folding chaperone / unfolded protein binding / フォールディング ...Association of TriC/CCT with target proteins during biosynthesis / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / : / chaperone mediated protein folding independent of cofactor / chaperonin-containing T-complex / : / Neutrophil degranulation / ATP-dependent protein folding chaperone / unfolded protein binding / フォールディング / ATP hydrolysis activity / ATP binding / 細胞膜 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
T-complex protein 1, alpha subunit / T-complex protein 1, eta subunit / T-complex protein 1, theta subunit / T-complex protein 1, zeta subunit / T-complex protein 1, delta subunit / T-complex protein 1, gamma subunit / T-complex protein 1, epsilon subunit / T-complex protein 1, beta subunit / Chaperonins TCP-1 signature 1. / Chaperonins TCP-1 signature 2. ...T-complex protein 1, alpha subunit / T-complex protein 1, eta subunit / T-complex protein 1, theta subunit / T-complex protein 1, zeta subunit / T-complex protein 1, delta subunit / T-complex protein 1, gamma subunit / T-complex protein 1, epsilon subunit / T-complex protein 1, beta subunit / Chaperonins TCP-1 signature 1. / Chaperonins TCP-1 signature 2. / Chaperonin TCP-1, conserved site / Chaperonins TCP-1 signature 3. / Chaperone tailless complex polypeptide 1 (TCP-1) / GroEL-like equatorial domain superfamily / TCP-1-like chaperonin intermediate domain superfamily / GroEL-like apical domain superfamily / TCP-1/cpn60 chaperonin family / Chaperonin Cpn60/GroEL/TCP-1 family
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION / T-complex protein 1 subunit alpha / T-complex protein 1 subunit beta / T-complex protein 1 subunit gamma / T-complex protein 1 subunit delta / T-complex protein 1 subunit zeta / T-complex protein 1 subunit epsilon / T-complex protein 1 subunit eta / T-complex protein 1 subunit theta
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Dekker, C. / Roe, S.M. / McCormack, E.A. / Beuron, F. / Pearl, L.H. / Willison, K.R.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2011
タイトル: The crystal structure of yeast CCT reveals intrinsic asymmetry of eukaryotic cytosolic chaperonins.
著者: Dekker, C. / Roe, S.M. / McCormack, E.A. / Beuron, F. / Pearl, L.H. / Willison, K.R.
履歴
登録2010年10月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
置き換え2014年12月10日ID: 3P9D, 3P9E
改定 1.12014年12月10日Group: Other
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: T-complex protein 1 subunit alpha
B: T-complex protein 1 subunit beta
C: T-complex protein 1 subunit gamma
D: T-complex protein 1 subunit delta
E: T-complex protein 1 subunit epsilon
F: T-complex protein 1 subunit zeta
G: T-complex protein 1 subunit eta
H: T-complex protein 1 subunit theta
I: T-complex protein 1 subunit alpha
J: T-complex protein 1 subunit beta
K: T-complex protein 1 subunit gamma
L: T-complex protein 1 subunit delta
M: T-complex protein 1 subunit epsilon
N: T-complex protein 1 subunit zeta
O: T-complex protein 1 subunit eta
P: T-complex protein 1 subunit theta
a: T-complex protein 1 subunit alpha
b: T-complex protein 1 subunit beta
c: T-complex protein 1 subunit gamma
d: T-complex protein 1 subunit delta
e: T-complex protein 1 subunit epsilon
f: T-complex protein 1 subunit zeta
g: T-complex protein 1 subunit eta
h: T-complex protein 1 subunit theta
i: T-complex protein 1 subunit alpha
j: T-complex protein 1 subunit beta
k: T-complex protein 1 subunit gamma
l: T-complex protein 1 subunit delta
m: T-complex protein 1 subunit epsilon
n: T-complex protein 1 subunit zeta
o: T-complex protein 1 subunit eta
p: T-complex protein 1 subunit theta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,948,78288
ポリマ－1,936,17732
非ポリマー12,60556
水1267
1
A: T-complex protein 1 subunit alpha
B: T-complex protein 1 subunit beta
C: T-complex protein 1 subunit gamma
D: T-complex protein 1 subunit delta
E: T-complex protein 1 subunit epsilon
F: T-complex protein 1 subunit zeta
G: T-complex protein 1 subunit eta
H: T-complex protein 1 subunit theta
I: T-complex protein 1 subunit alpha
J: T-complex protein 1 subunit beta
K: T-complex protein 1 subunit gamma
L: T-complex protein 1 subunit delta
M: T-complex protein 1 subunit epsilon
N: T-complex protein 1 subunit zeta
O: T-complex protein 1 subunit eta
P: T-complex protein 1 subunit theta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)974,78845
ポリマ－968,08816
非ポリマー6,70029
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area95730 Å2
ΔGint-602 kcal/mol
Surface area323170 Å2
手法PISA
2
a: T-complex protein 1 subunit alpha
b: T-complex protein 1 subunit beta
c: T-complex protein 1 subunit gamma
d: T-complex protein 1 subunit delta
e: T-complex protein 1 subunit epsilon
f: T-complex protein 1 subunit zeta
g: T-complex protein 1 subunit eta
h: T-complex protein 1 subunit theta
i: T-complex protein 1 subunit alpha
j: T-complex protein 1 subunit beta
k: T-complex protein 1 subunit gamma
l: T-complex protein 1 subunit delta
m: T-complex protein 1 subunit epsilon
n: T-complex protein 1 subunit zeta
o: T-complex protein 1 subunit eta
p: T-complex protein 1 subunit theta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)973,99443
ポリマ－968,08816
非ポリマー5,90627
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area94050 Å2
ΔGint-620 kcal/mol
Surface area323910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)159.100, 162.540, 268.100
Angle α, β, γ (deg.)85.23, 81.15, 61.17
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41
12
22
32
42
13
23
33
43
14
24
34
44
15
25
35
45
16
26
36
46
17
27
37
47
18
28
38
48

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111CHAIN A AND (RESID 8:551)
211CHAIN a AND (RESID 1008:1551)
311CHAIN I AND (RESID 8:551)
411CHAIN i AND (RESID 1008:1551)
112CHAIN J AND (RESID 3:517)
212CHAIN b AND (RESID 1003:1517)
312CHAIN j AND (RESID 1003:1517)
412CHAIN B AND (RESID 3:517)
113CHAIN c AND (RESID 1006:1531)
213CHAIN k AND (RESID 1006:1531)
313CHAIN C AND (RESID 6:531)
413CHAIN K AND (RESID 6:531)
114CHAIN d AND (RESID 1007:1530)
214CHAIN l AND (RESID 1007:1530)
314CHAIN D AND (RESID 7:530)
414CHAIN L AND (RESID 7:530)
115CHAIN M AND (RESID 30:559)
215CHAIN m AND (RESID 1030:1559)
315CHAIN e AND (RESID 1030:1559)
415CHAIN E AND (RESID 30:559)
116CHAIN F AND (RESID 1:544)
216CHAIN f AND (RESID 1001:1544)
316CHAIN N AND (RESID 1:544)
416CHAIN n AND (RESID 1001:1544)
117CHAIN g AND (RESID 1016:1549)
217CHAIN G AND (RESID 16:549)
317CHAIN o AND (RESID 1016:1549)
417CHAIN O AND (RESID 16:549)
118CHAIN h AND (RESID 1005:1538)
218CHAIN H AND (RESID 5:538)
318CHAIN P AND (RESID 5:538)
418CHAIN p AND (RESID 1005:1538)

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8

-
要素

-
T-complex protein 1 subunit ... , 8種, 32分子 AIaiBJbjCKckDLdlEMemFNfnGOgoHPhp

#1: タンパク質
T-complex protein 1 subunit alpha / TCP-1-alpha / CCT-alpha


分子量: 60557.566 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: CCT1, TCP1, YD8142.13, YD8142B.04, YDR212W / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P12612
#2: タンパク質
T-complex protein 1 subunit beta / TCP-1-beta / CCT-beta


分子量: 57276.254 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: BIN3, CCT2, TCP2, YIL142W / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P39076
#3: タンパク質
T-complex protein 1 subunit gamma / TCP-1-gamma / CCT-gamma


分子量: 64939.828 Da / 分子数: 4 / Mutation: insertion mutant / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: BIN2, CCT3, J1336, TCP3, YJL014W / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P39077
#4: タンパク質
T-complex protein 1 subunit delta / TCP-1-delta / CCT-delta


分子量: 57740.449 Da / 分子数: 4 / Mutation: G345D / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: ANC2, CCT4, TCP4, YDL143W / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P39078
#5: タンパク質
T-complex protein 1 subunit epsilon / TCP-1-epsilon / CCT-epsilon


分子量: 61995.004 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: CCT5, J1752, TCP5, YJR064W / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P40413
#6: タンパク質
T-complex protein 1 subunit zeta / TCP-1-zeta / CCT-zeta


分子量: 59997.559 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: CCT6, TCP20, TCP6, YD9395.21, YDR188W / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P39079
#7: タンパク質
T-complex protein 1 subunit eta / TCP-1-eta / CCT-eta


分子量: 59802.438 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: CCT7, J0804, YJL111W / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P42943
#8: タンパク質
T-complex protein 1 subunit theta / TCP-1-theta / CCT-theta


分子量: 61735.102 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: CCT8, J1374, YJL008C / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P47079

-
非ポリマー , 4種, 63分子

#9: 化合物...
ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / アデノシン二リン酸


分子量: 427.201 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#10: 化合物...
ChemComp-BEF / BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION


分子量: 66.007 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: BeF3
#11: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#12: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

配列の詳細THIS IS A HIS-CBP-STREP-TAG INSERTED BETWEEN PRO 374 AND LYS 375.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.32 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Prior to crystallisation CCT was complexed to alpha-Actin and Plp2 and purified as described (Altschuler et al., 2009, Febs Letters, 583, 782-786) and crystallised in hanging drops in the ...詳細: Prior to crystallisation CCT was complexed to alpha-Actin and Plp2 and purified as described (Altschuler et al., 2009, Febs Letters, 583, 782-786) and crystallised in hanging drops in the presence of ATP and Beryllium Fluoride, which was added as BeSO4 and KF. Equilibration buffer contained 100 mM Hepes pH 7.6, 50 mM MgCl2, 300 mM Na2SeO4, 6% PEG8k,1.0 mM TCEP, and 20% glycerol. Note that in the drop, protein at 4.3 mg/ml was mixed with equal amounts of equilibration buffer lacking glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.0001 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2008年9月12日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0001 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.8→90 Å / Num. all: 392007 / Num. obs: 209755 / % possible obs: 91.6 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 1.86 % / Biso Wilson estimate: 112 Å2 / Rsym value: 0.077 / Net I/σ(I): 8.4
反射 シェル解像度: 3.8→4 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.92 / Rsym value: 0.392 / % possible all: 93.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
PHENIX(phenix.refine)精密化
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1Q3Q

1q3q


解像度: 3.8→89.946 Å / SU ML: 0.76 / σ(F): 1.99 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3443 10483 5 %5% (XDSCONV)
Rwork0.307 ---
obs0.3089 209673 91.56 %-
all-392007 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 161.787 Å2 / ksol: 0.317 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-17.1038 Å28.2778 Å232.079 Å2
2---7.3146 Å26.802 Å2
3----9.7892 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.8→89.946 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数55221 0 418 4 55643
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.003112348
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.678153988
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.41437196
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04319836
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00220356
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A3458X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12A3458X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.013
13I3458X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.013
14I3458X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.012
21J3460X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
22B3460X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.013
23J3460X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.016
24B3460X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.015
31C3395X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
32K3395X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.012
33C3395X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.012
34K3395X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.012
41D3401X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
42L3401X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.011
43D3401X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.011
44L3401X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.01
51M3441X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
52M3441X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.014
53E3441X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.013
54E3441X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.014
61F3651X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
62F3651X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.017
63N3651X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.017
64N3651X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.015
71G3314X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
72G3314X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.013
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74O3314X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.012
81H3487X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
82H3487X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.011
83P3487X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.011
84P3487X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.011
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)
3.8-3.84320.42733530.3996699705293
3.8432-3.88840.40993610.38336869723094
3.8884-3.93580.39863510.38226673702493
3.9358-3.98560.4313570.3716764712193
3.9856-4.03810.40433510.36686679703093
4.0381-4.09340.39413590.34526824718393
4.0934-4.15190.37123510.34486659701092
4.1519-4.21390.4023550.34296733708892
4.2139-4.27970.36423510.33416669702092
4.2797-4.34990.40543450.33836574691992
4.3499-4.42490.40463510.33846665701691
4.4249-4.50530.35663400.31366472681289
4.5053-4.5920.34533290.31746239656887
4.592-4.68570.34143390.31426450678988
4.6857-4.78760.36293560.30046746710293
4.7876-4.8990.34613560.29196776713294
4.899-5.02150.33533570.29456787714494
5.0215-5.15720.36753590.3066820717994
5.1572-5.30890.36013540.31626743709793
5.3089-5.48030.38753590.32476804716393
5.4803-5.67610.36593490.33326640698992
5.6761-5.90330.35953430.3236510685390
5.9033-6.1720.36743290.32246264659386
6.172-6.49730.34933600.32236839719994
6.4973-6.90420.35833570.29856776713393
6.9042-7.43710.28883540.25086721707593
7.4371-8.1850.24493420.21366501684390
8.185-9.36830.25463260.19736196652286
9.3683-11.79890.21783500.19036651700192
11.7989-89.97070.32243390.32766447678689

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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