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- PDB-4v7e: Model of the small subunit RNA based on a 5.5 A cryo-EM map of Tr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4v7e
タイトルModel of the small subunit RNA based on a 5.5 A cryo-EM map of Triticum aestivum translating 80S ribosome
要素
  • (40S ribosomal protein ...) x 32
  • (60S ribosomal protein ...) x 45
  • 18S ribosomal RNA
  • 5'-R(*AP*AP*AP*AP*GP*AP*CP*UP*UP*CP*A)-3'
  • 5.8S ribosomal RNA
  • 5S ribosomal RNA
  • 60S acidic ribosomal protein P0
  • 60S ribosomal RNA
  • Acidic ribosomal protein P2
  • P-site tRNA
  • RACK1
キーワードRIBOSOME / eukaryotic ribosome / homology modeling / de novo modeling / ribosomal RNA / rRNA / RNA expansion segments
機能・相同性
機能・相同性情報


protein kinase activator activity / translational elongation / ribonucleoprotein complex binding / maturation of LSU-rRNA / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / rRNA processing / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly ...protein kinase activator activity / translational elongation / ribonucleoprotein complex binding / maturation of LSU-rRNA / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / rRNA processing / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / negative regulation of translation / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / signal transduction / RNA binding / zinc ion binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L12/P1/P2 family / Ribosomal protein P1/P2, N-terminal domain / 60s Acidic ribosomal protein / Ribosomal protein L1, conserved site / Ribosomal protein L1 signature. / Ribosomal protein L1 / : / 40S ribosomal protein S29/30S ribosomal protein S14 type Z / Ribosomal protein S7e signature. / Ribosomal protein L19, eukaryotic ...Ribosomal protein L12/P1/P2 family / Ribosomal protein P1/P2, N-terminal domain / 60s Acidic ribosomal protein / Ribosomal protein L1, conserved site / Ribosomal protein L1 signature. / Ribosomal protein L1 / : / 40S ribosomal protein S29/30S ribosomal protein S14 type Z / Ribosomal protein S7e signature. / Ribosomal protein L19, eukaryotic / Ribosomal protein S3, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L19/L19e conserved site / Ribosomal protein L19e signature. / Ribosomal protein L34e, conserved site / Ribosomal protein L34e signature. / Ribosomal protein L6e signature. / Ribosomal protein L30e signature 1. / Ribosomal protein L1, 3-layer alpha/beta-sandwich / Ribosomal protein L30e signature 2. / Ribosomal protein L30e, conserved site / Ribosomal protein 60S L18 and 50S L18e / Ribosomal protein L36e signature. / Ribosomal protein L39e, conserved site / Ribosomal protein L39e signature. / Ribosomal protein S7e / Ribosomal protein S7e / Ribosomal protein L18/L18-A/B/e, conserved site / Ribosomal protein L18e signature. / Ribosomal protein L34Ae / Ribosomal protein L34e / 60S ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L30/YlxQ / 60S ribosomal protein L35 / Ribosomal Protein L6, KOW domain / Ribosomal protein L13, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L6e / Ribosomal protein L18e / 60S ribosomal protein L6E / Ribosomal protein S28e conserved site / Ribosomal protein S28e signature. / Ribosomal protein L37ae / Ribosomal L37ae protein family / Ribosomal protein S28e / Ribosomal protein L7, eukaryotic / Ribosomal protein S28e / Ribosomal_L19e / Ribosomal protein L30, N-terminal / Ribosomal L30 N-terminal domain / Ribosomal protein L19/L19e / Ribosomal protein L19/L19e, domain 1 / Ribosomal protein L19/L19e superfamily / Ribosomal protein L19e / Ribosomal protein L36e / Ribosomal protein L36e domain superfamily / Ribosomal protein L36e / Ribosomal protein L39e / Ribosomal protein L39e domain superfamily / Ribosomal L39 protein / Ribosomal protein L1-like / Ribosomal protein L1/ribosomal biogenesis protein / Ribosomal protein L1p/L10e family / Ribosomal protein L21e / Ribosomal protein L21e, conserved site / Ribosomal protein L21 superfamily / Ribosomal protein L21e / Ribosomal protein L21e signature. / Ribosomal protein L3, domain 3, archaeal type superfamily / Ribosomal protein L3, archaeal/eukaryotic type / Ribosomal protein L37ae/L37e / Ribosomal protein L7, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L7/L30 / Ribosomal protein S14/S29 / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 family / 50S ribosomal protein L30e-like / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit / G-protein, beta subunit / Ribosomal protein L30, conserved site / Ribosomal protein L30 signature. / Ribosomal protein S3, conserved site / Ribosomal protein S3 signature. / Ribosomal protein L5, conserved site / Ribosomal protein L5 signature. / KH domain / Type-2 KH domain profile. / K Homology domain, type 2 / Ribosomal protein S3, C-terminal / Ribosomal protein S3, C-terminal domain / Ribosomal protein S3, C-terminal domain superfamily / K homology domain superfamily, prokaryotic type / Ribosomal protein L5, N-terminal / Ribosomal protein L5 / Ribosomal protein L5, C-terminal / ribosomal L5P family C-terminus / Ribosomal protein L5 / Ribosomal protein S13, conserved site / Ribosomal protein S13 signature. / Ribosomal protein L5 domain superfamily / Ribosomal protein S13 / 30s ribosomal protein S13, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / 60S ribosomal protein L37a, expressed / 60S ribosomal protein L21 / 40S ribosomal protein S7 ...: / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / 60S ribosomal protein L37a, expressed / 60S ribosomal protein L21 / 40S ribosomal protein S7 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein P1 / Ribosomal protein L7 / Ribosomal protein L39 / Ribosomal protein l34 / Large ribosomal subunit protein eL30 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal protein L13a / Ribosomal protein L11 / Ribosomal protein / 60S ribosomal protein L6 / 60S ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L3 / S28 ribosomal protein / Ribosomal protein L19 / 30S ribosomal protein S3, chloroplastic / Large ribosomal subunit protein uL29 / Putative ribosomal protein S18 / G protein beta subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Triticum aestivum (コムギ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.5 Å
データ登録者Barrio-Garcia, C. / Armache, J.-P. / Jarasch, A. / Anger, A.M. / Villa, E. / Becker, T. / Bhushan, S. / Jossinet, F. / Habeck, M. / Dindar, G. ...Barrio-Garcia, C. / Armache, J.-P. / Jarasch, A. / Anger, A.M. / Villa, E. / Becker, T. / Bhushan, S. / Jossinet, F. / Habeck, M. / Dindar, G. / Franckenberg, S. / Marquez, V. / Mielke, T. / Thomm, M. / Berninghausen, O. / Beatrix, B. / Soeding, J. / Westhof, E. / Wilson, D.N. / Beckmann, R.
引用
ジャーナル: Nature / 年: 2014
タイトル: Structures of the Sec61 complex engaged in nascent peptide translocation or membrane insertion.
著者: Marko Gogala / Thomas Becker / Birgitta Beatrix / Jean-Paul Armache / Clara Barrio-Garcia / Otto Berninghausen / Roland Beckmann /
要旨: The biogenesis of secretory as well as transmembrane proteins requires the activity of the universally conserved protein-conducting channel (PCC), the Sec61 complex (SecY complex in bacteria). In ...The biogenesis of secretory as well as transmembrane proteins requires the activity of the universally conserved protein-conducting channel (PCC), the Sec61 complex (SecY complex in bacteria). In eukaryotic cells the PCC is located in the membrane of the endoplasmic reticulum where it can bind to translating ribosomes for co-translational protein transport. The Sec complex consists of three subunits (Sec61α, β and γ) and provides an aqueous environment for the translocation of hydrophilic peptides as well as a lateral opening in the Sec61α subunit that has been proposed to act as a gate for the membrane partitioning of hydrophobic domains. A plug helix and a so-called pore ring are believed to seal the PCC against ion flow and are proposed to rearrange for accommodation of translocating peptides. Several crystal and cryo-electron microscopy structures revealed different conformations of closed and partially open Sec61 and SecY complexes. However, in none of these samples has the translocation state been unambiguously defined biochemically. Here we present cryo-electron microscopy structures of ribosome-bound Sec61 complexes engaged in translocation or membrane insertion of nascent peptides. Our data show that a hydrophilic peptide can translocate through the Sec complex with an essentially closed lateral gate and an only slightly rearranged central channel. Membrane insertion of a hydrophobic domain seems to occur with the Sec complex opening the proposed lateral gate while rearranging the plug to maintain an ion permeability barrier. Taken together, we provide a structural model for the basic activities of the Sec61 complex as a protein-conducting channel.
#1: ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2010
タイトル: Cryo-EM structure and rRNA model of a translating eukaryotic 80S ribosome at 5.5-A resolution.
著者: Jean-Paul Armache / Alexander Jarasch / Andreas M Anger / Elizabeth Villa / Thomas Becker / Shashi Bhushan / Fabrice Jossinet / Michael Habeck / Gülcin Dindar / Sibylle Franckenberg / Viter ...著者: Jean-Paul Armache / Alexander Jarasch / Andreas M Anger / Elizabeth Villa / Thomas Becker / Shashi Bhushan / Fabrice Jossinet / Michael Habeck / Gülcin Dindar / Sibylle Franckenberg / Viter Marquez / Thorsten Mielke / Michael Thomm / Otto Berninghausen / Birgitta Beatrix / Johannes Söding / Eric Westhof / Daniel N Wilson / Roland Beckmann /
要旨: Protein biosynthesis, the translation of the genetic code into polypeptides, occurs on ribonucleoprotein particles called ribosomes. Although X-ray structures of bacterial ribosomes are available, ...Protein biosynthesis, the translation of the genetic code into polypeptides, occurs on ribonucleoprotein particles called ribosomes. Although X-ray structures of bacterial ribosomes are available, high-resolution structures of eukaryotic 80S ribosomes are lacking. Using cryoelectron microscopy and single-particle reconstruction, we have determined the structure of a translating plant (Triticum aestivum) 80S ribosome at 5.5-Å resolution. This map, together with a 6.1-Å map of a Saccharomyces cerevisiae 80S ribosome, has enabled us to model ∼98% of the rRNA. Accurate assignment of the rRNA expansion segments (ES) and variable regions has revealed unique ES-ES and r-protein-ES interactions, providing insight into the structure and evolution of the eukaryotic ribosome.
#2: ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2010
タイトル: Localization of eukaryote-specific ribosomal proteins in a 5.5-Å cryo-EM map of the 80S eukaryotic ribosome.
著者: Jean-Paul Armache / Alexander Jarasch / Andreas M Anger / Elizabeth Villa / Thomas Becker / Shashi Bhushan / Fabrice Jossinet / Michael Habeck / Gülcin Dindar / Sibylle Franckenberg / Viter ...著者: Jean-Paul Armache / Alexander Jarasch / Andreas M Anger / Elizabeth Villa / Thomas Becker / Shashi Bhushan / Fabrice Jossinet / Michael Habeck / Gülcin Dindar / Sibylle Franckenberg / Viter Marquez / Thorsten Mielke / Michael Thomm / Otto Berninghausen / Birgitta Beatrix / Johannes Söding / Eric Westhof / Daniel N Wilson / Roland Beckmann /
要旨: Protein synthesis in all living organisms occurs on ribonucleoprotein particles, called ribosomes. Despite the universality of this process, eukaryotic ribosomes are significantly larger in size than ...Protein synthesis in all living organisms occurs on ribonucleoprotein particles, called ribosomes. Despite the universality of this process, eukaryotic ribosomes are significantly larger in size than their bacterial counterparts due in part to the presence of 80 r proteins rather than 54 in bacteria. Using cryoelectron microscopy reconstructions of a translating plant (Triticum aestivum) 80S ribosome at 5.5-Å resolution, together with a 6.1-Å map of a translating Saccharomyces cerevisiae 80S ribosome, we have localized and modeled 74/80 (92.5%) of the ribosomal proteins, encompassing 12 archaeal/eukaryote-specific small subunit proteins as well as the complete complement of the ribosomal proteins of the eukaryotic large subunit. Near-complete atomic models of the 80S ribosome provide insights into the structure, function, and evolution of the eukaryotic translational apparatus.
履歴
登録2013年11月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
置き換え2014年12月10日ID: 3J5Z, 3J60, 3J61, 3J62
改定 1.12014年12月10日Group: Other
改定 1.22015年4月15日Group: Other
改定 1.32018年7月18日Group: Data collection / カテゴリ: em_software / Item: _em_software.image_processing_id
改定 1.42019年12月18日Group: Other / カテゴリ: atom_sites
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]
改定 1.52023年2月1日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / database_2
Item: _citation_author.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

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  • マップデータ: EMDB-1780
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MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
Ad: 18S ribosomal RNA
Ae: P-site tRNA
Af: 5'-R(*AP*AP*AP*AP*GP*AP*CP*UP*UP*CP*A)-3'
BY: 40S ribosomal protein S24E
BI: 40S ribosomal protein S8E
BK: 40S ribosomal protein S10E
BM: 40S ribosomal protein S12E
Bf: 40S ribosomal protein S31e
BX: 40S ribosomal protein S12
Bg: RACK1
BD: 40S ribosomal protein S3
BE: 40S ribosomal protein S4E
BF: 40S ribosomal protein S7
BQ: 40S ribosomal protein S9
BU: 40S ribosomal protein S10
BO: 40S ribosomal protein S11
BS: 40S ribosomal protein S13
BN: 40S ribosomal protein S15
BL: 40S ribosomal protein S17
BT: 40S ribosomal protein S19E
BP: 40S ribosomal protein S19
BZ: 40S ribosomal protein S25E
Bc: 40S ribosomal protein S28E
BW: 40S ribosomal protein S8
Bd: 40S ribosomal protein S14
Bb: 40S ribosomal protein S27E
Be: 40S ribosomal protein S30E
BA: 40S ribosomal protein S2
BR: 40S ribosomal protein S17E
BB: 40S ribosomal protein S1E
BV: 40S ribosomal protein S21E
Ba: 40S ribosomal protein S26E
BJ: 40S ribosomal protein S4
BC: 40S ribosomal protein S5
BG: 40S ribosomal protein S6
BH: 40S ribosomal protein S7E
CG: 60S ribosomal protein L8E
CT: 60S ribosomal protein L21E
CZ: 60S ribosomal protein L27E
Cz: 60S ribosomal protein L1
CA: 60S ribosomal protein L2
CJ: 60S ribosomal protein L5
CH: 60S ribosomal protein L6
CV: 60S ribosomal protein L14
CN: 60S ribosomal protein L15E
Ca: 60S ribosomal protein L15
CQ: 60S ribosomal protein L18E
CD: 60S ribosomal protein L18
CR: 60S ribosomal protein L19E
CP: 60S ribosomal protein L22
CX: 60S ribosomal protein L23
CW: 60S ribosomal protein L24E
CY: 60S ribosomal protein L24
Cr: 60S ribosomal protein L28E
Cc: 60S ribosomal protein L30E
Cd: 60S ribosomal protein L31E
Ce: 60S ribosomal protein L32E
Cj: 60S ribosomal protein L37E
Cl: 60S ribosomal protein L39E
Co: 60S ribosomal protein L44E
CM: 60S ribosomal protein L14E
CS: 60S ribosomal protein L20
CU: 60S ribosomal protein L22E
Ci: 60S ribosomal protein L36E
CK: 60S ribosomal protein L11
Cu: 60S ribosomal protein P1
Cv: 60S ribosomal protein P1
Cs: Acidic ribosomal protein P2
Ct: Acidic ribosomal protein P2
Ch: 60S ribosomal protein L29
CF: 60S ribosomal protein L30
Cq: 60S acidic ribosomal protein P0
CB: 60S ribosomal protein L3
CC: 60S ribosomal protein L4
CO: 60S ribosomal protein L13
Cp: 60S ribosomal protein L43E
CI: 60S ribosomal protein L16
Cn: 60S ribosomal protein L41E
Cm: 60S ribosomal protein L40E
CL: 60S ribosomal protein L13E
CE: 60S ribosomal protein L6E
Cf: 60S ribosomal protein L33E
Ck: 60S ribosomal protein L38E
Cb: 60S ribosomal protein L29E
Cg: 60S ribosomal protein L34E
Aa: 60S ribosomal RNA
Ac: 5.8S ribosomal RNA
Ab: 5S ribosomal RNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,326,87888
ポリマ－3,326,87888
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

-
要素

-
RNA鎖 , 6種, 6分子 AdAeAfAaAcAb

#1: RNA鎖 18S ribosomal RNA


分子量: 583613.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: GenBank: AY049040.1
#2: RNA鎖 P-site tRNA


分子量: 24135.262 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: GenBank: M25599.1
#3: RNA鎖 5'-R(*AP*AP*AP*AP*GP*AP*CP*UP*UP*CP*A)-3'


分子量: 3498.178 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: messenger RNA / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ)
#84: RNA鎖 60S ribosomal RNA


分子量: 1097289.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ)
#85: RNA鎖 5.8S ribosomal RNA


分子量: 51535.613 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ)
#86: RNA鎖 5S ribosomal RNA


分子量: 38716.957 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: GenBank: X06094.1

+
40S ribosomal protein ... , 32種, 32分子 BYBIBKBMBfBXBDBEBFBQBUBOBSBNBLBTBPBZBcBWBdBbBeBABRBBBVBaBJBCBGBH

#4: タンパク質 40S ribosomal protein S24E


分子量: 15788.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ)
#5: タンパク質 40S ribosomal protein S8E


分子量: 24883.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ)
#6: タンパク質 40S ribosomal protein S10E


分子量: 20292.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ)
#7: タンパク質 40S ribosomal protein S12E


分子量: 18404.377 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ)
#8: タンパク質 40S ribosomal protein S31e


分子量: 17720.691 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ)
#9: タンパク質 40S ribosomal protein S12


分子量: 15696.476 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ)
#11: タンパク質 40S ribosomal protein S3


分子量: 23255.113 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: Q8L804
#12: タンパク質 40S ribosomal protein S4E


分子量: 29922.018 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ)
#13: タンパク質 40S ribosomal protein S7


分子量: 21249.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ)
#14: タンパク質 40S ribosomal protein S9


分子量: 16852.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ)
#15: タンパク質 40S ribosomal protein S10


分子量: 14070.350 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ)
#16: タンパク質 40S ribosomal protein S11


分子量: 16351.802 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ)
#17: タンパク質 40S ribosomal protein S13


分子量: 17702.686 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: Q8L806
#18: タンパク質 40S ribosomal protein S15


分子量: 17152.379 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ)
#19: タンパク質 40S ribosomal protein S17


分子量: 18027.361 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ)
#20: タンパク質 40S ribosomal protein S19E


分子量: 16414.846 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ)
#21: タンパク質 40S ribosomal protein S19


分子量: 17449.520 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ)
#22: タンパク質 40S ribosomal protein S25E


分子量: 11944.909 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ)
#23: タンパク質 40S ribosomal protein S28E


分子量: 7477.787 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: Q7X9K4
#24: タンパク質 40S ribosomal protein S8


分子量: 14825.377 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ)
#25: タンパク質 40S ribosomal protein S14


分子量: 6392.440 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: Q5I7K3
#26: タンパク質 40S ribosomal protein S27E


分子量: 9542.145 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ)
#27: タンパク質 40S ribosomal protein S30E


分子量: 6953.253 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ)
#28: タンパク質 40S ribosomal protein S2


分子量: 28723.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ)
#29: タンパク質 40S ribosomal protein S17E


分子量: 16461.135 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ)
#30: タンパク質 40S ribosomal protein S1E


分子量: 29781.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ)
#31: タンパク質 40S ribosomal protein S21E


分子量: 9266.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ)
#32: タンパク質 40S ribosomal protein S26E


分子量: 15029.448 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ)
#33: タンパク質 40S ribosomal protein S4


分子量: 22629.166 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ)
#34: タンパク質 40S ribosomal protein S5


分子量: 28859.619 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ)
#35: タンパク質 40S ribosomal protein S6


分子量: 28106.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ)
#36: タンパク質 40S ribosomal protein S7E


分子量: 21902.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: Q5I7K2

-
タンパク質 , 3種, 4分子 BgCsCtCq

#10: タンパク質 RACK1


分子量: 41794.809 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: Q8LNY6
#67: タンパク質 Acidic ribosomal protein P2


分子量: 11596.995 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ)
#70: タンパク質 60S acidic ribosomal protein P0


分子量: 34418.574 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ)

+
60S ribosomal protein ... , 45種, 46分子 CGCTCZCzCACJCHCVCNCaCQCDCRCPCXCWCYCrCcCdCeCjClCoCMCSCUCiCKCu...

#37: タンパク質 60S ribosomal protein L8E


分子量: 29236.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ)
#38: タンパク質 60S ribosomal protein L21E


分子量: 18719.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: F4YWL9
#39: タンパク質 60S ribosomal protein L27E


分子量: 15508.620 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ)
#40: タンパク質 60S ribosomal protein L1


分子量: 24604.240 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: Q5I7L3
#41: タンパク質 60S ribosomal protein L2


分子量: 28309.662 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ)
#42: タンパク質 60S ribosomal protein L5


分子量: 20727.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: Q5I7L2
#43: タンパク質 60S ribosomal protein L6


分子量: 21382.818 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ)
#44: タンパク質 60S ribosomal protein L14


分子量: 15040.856 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: Q5I7K4
#45: タンパク質 60S ribosomal protein L15E


分子量: 23760.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ)
#46: タンパク質 60S ribosomal protein L15


分子量: 15834.768 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ)
#47: タンパク質 60S ribosomal protein L18E


分子量: 21379.338 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: Q5I7L0
#48: タンパク質 60S ribosomal protein L18


分子量: 34723.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ)
#49: タンパク質 60S ribosomal protein L19E


分子量: 24485.947 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: Q7XY20
#50: タンパク質 60S ribosomal protein L22


分子量: 19536.494 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ)
#51: タンパク質 60S ribosomal protein L23


分子量: 17091.447 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ)
#52: タンパク質 60S ribosomal protein L24E


分子量: 18504.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ)
#53: タンパク質 60S ribosomal protein L24


分子量: 16971.777 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ)
#54: タンパク質 60S ribosomal protein L28E


分子量: 16639.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ)
#55: タンパク質 60S ribosomal protein L30E


分子量: 12294.396 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: Q5I7K9
#56: タンパク質 60S ribosomal protein L31E


分子量: 14092.330 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ)
#57: タンパク質 60S ribosomal protein L32E


分子量: 15740.655 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ)
#58: タンパク質 60S ribosomal protein L37E


分子量: 10823.657 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ)
#59: タンパク質 60S ribosomal protein L39E


分子量: 6528.786 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: Q5I7K7
#60: タンパク質 60S ribosomal protein L44E


分子量: 12174.439 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ)
#61: タンパク質 60S ribosomal protein L14E


分子量: 15418.365 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ)
#62: タンパク質 60S ribosomal protein L20


分子量: 21444.225 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ)
#63: タンパク質 60S ribosomal protein L22E


分子量: 14443.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ)
#64: タンパク質 60S ribosomal protein L36E


分子量: 12563.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: Q5I7L5
#65: タンパク質 60S ribosomal protein L11


分子量: 17775.705 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ)
#66: タンパク質 60S ribosomal protein P1


分子量: 11204.584 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: Q5I7K5
#68: タンパク質 60S ribosomal protein L29


分子量: 14401.041 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: Q8L805
#69: タンパク質 60S ribosomal protein L30


分子量: 28175.119 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: Q5I7K6
#71: タンパク質 60S ribosomal protein L3


分子量: 44720.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: Q7X744
#72: タンパク質 60S ribosomal protein L4


分子量: 44822.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ)
#73: タンパク質 60S ribosomal protein L13


分子量: 23581.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: Q5I7L1
#74: タンパク質 60S ribosomal protein L43E


分子量: 10266.146 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: D8L9P6
#75: タンパク質 60S ribosomal protein L16


分子量: 25400.791 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ)
#76: タンパク質・ペプチド 60S ribosomal protein L41E


分子量: 3445.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ)
#77: タンパク質 60S ribosomal protein L40E


分子量: 6295.639 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ)
#78: タンパク質 60S ribosomal protein L13E


分子量: 24070.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ)
#79: タンパク質 60S ribosomal protein L6E


分子量: 24589.756 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: Q5I7L4
#80: タンパク質 60S ribosomal protein L33E


分子量: 12684.730 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ)
#81: タンパク質 60S ribosomal protein L38E


分子量: 8053.604 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ)
#82: タンパク質 60S ribosomal protein L29E


分子量: 7069.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ)
#83: タンパク質 60S ribosomal protein L34E


分子量: 13808.402 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: Q5I7K8

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプParent-ID
1Programmed Wheat Germ 80S RibosomeRIBOSOME0
2Tritcum aestivum 80S ribosomeRIBOSOME1
分子量値: 4.2 MDa / 実験値: YES
緩衝液名称: 20 mM HEPES/KOH, pH 7.5, 100 mM KOAc, 10 mM Mg(OAc)2, 0.01 mg/mL cycloheximide, 1 mM DTT, 0.01% Nikkol
pH: 7.5
詳細: 20 mM HEPES/KOH, pH 7.5, 100 mM KOAc, 10 mM Mg(OAc)2, 0.01 mg/mL cycloheximide, 1 mM DTT, 0.01% Nikkol
試料濃度: 0.02 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: Quantifoil Grid with 2 nm carbon on top
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK I / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 %
詳細: Blot for 10 seconds (using 2 layers of filter paper) before plunging into liquid ethane (FEI VITROBOT).
手法: Blot for 10 seconds before plunging, use 2 layers of filter paper

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TECNAI F30
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 39000 X / 倍率（補正後）: 38900 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 4500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.26 mm
試料ホルダ試料ホルダーモデル: OTHER / 資料ホルダタイプ: FEI Polara Cartridge System
撮影電子線照射量: 25 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM
詳細: Scanned at 5334 dpi on a Heidelberg Primescan Drum Scanner
画像スキャンデジタル画像の数: 1374
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1

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解析

EMソフトウェア名称: SPIDER / カテゴリ: ３次元再構成
CTF補正詳細: Wiener Filter on 3D volumes (SPIDER)
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成手法: Projection Matching / 解像度: 5.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / 粒子像の数: 2108230 / ピクセルサイズ（公称値）: 1.24 Å / ピクセルサイズ（実測値）: 1.24 Å / 対称性のタイプ: POINT
精密化ステップサイクル: LAST
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 39411 0 0 39411

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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