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- PDB-4v4y: Crystal structure of the 70S Thermus thermophilus ribosome with t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4v4y
タイトルCrystal structure of the 70S Thermus thermophilus ribosome with translocated and rotated Shine-Dalgarno Duplex.
要素
  • (30S ribosomal protein ...) x 20
  • (50S ribosomal protein ...) x 29
  • 16S ribosomal RNA16SリボソームRNA
  • 23S ribosomal RNA23SリボソームRNA
  • 5S ribosomal RNA5SリボソームRNA
  • Ribosomal protein L27
  • mRNA伝令RNA
  • tRNA PHE (unmodified bases)
キーワードRIBOSOME (リボソーム) / SHINE-DALGARNO (シャイン・ダルガノ配列) / POST-INITIATION
機能・相同性
機能・相同性情報


large ribosomal subunit rRNA binding / large ribosomal subunit / regulation of translation / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / transferase activity / tRNA binding / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome ...large ribosomal subunit rRNA binding / large ribosomal subunit / regulation of translation / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / transferase activity / tRNA binding / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / ribonucleoprotein complex / response to antibiotic / mRNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L1, bacterial-type / 30S ribosomal protein Thx / 30S ribosomal protein Thx / 30S ribosomal protein / Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / Ribosomal protein S14, type Z / Ribosomal protein L1, conserved site ...Ribosomal protein L1, bacterial-type / 30S ribosomal protein Thx / 30S ribosomal protein Thx / 30S ribosomal protein / Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / Ribosomal protein S14, type Z / Ribosomal protein L1, conserved site / Ribosomal protein L1 / Ribosomal protein L1 signature. / Ribosomal protein L1, 3-layer alpha/beta-sandwich / Ribosomal protein L1-like / Ribosomal protein L1/ribosomal biogenesis protein / Ribosomal protein L1p/L10e family / Ribosomal protein L11, bacterial-type / Ribosomal protein L31 type A / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L11, conserved site / Ribosomal protein L11 signature. / Ribosomal protein L11, N-terminal / Ribosomal protein L9 signature. / Ribosomal protein L9, bacteria/chloroplast / Ribosomal protein L9, C-terminal / Ribosomal protein L9, C-terminal domain / Ribosomal protein L9, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, C-terminal / Ribosomal protein L11, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, N-terminal domain / Ribosomal protein L11, RNA binding domain / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein S14/S29 / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein L18, bacterial-type / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein S4, bacterial-type / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 superfamily / : / Ribosomal protein L30, bacterial-type / Ribosomal protein L16 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / L28p-like
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / : / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein uS14 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Small ribosomal subunit protein uS8 ...: / : / : / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein uS14 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein uL1 / Large ribosomal subunit protein bL9 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Large ribosomal subunit protein bL33 / Large ribosomal subunit protein uL11 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Small ribosomal subunit protein bTHX / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein bL36 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein bL36 / Large ribosomal subunit protein bL25 / Small ribosomal subunit protein bTHX / Small ribosomal subunit protein uS15 / Large ribosomal subunit protein bL31 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Large ribosomal subunit protein uL11 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein bL17
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 5.5 Å
データ登録者Jenner, L. / Yusupova, G. / Rees, B. / Moras, D. / Yusupov, M.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2006
タイトル: Structural basis for messenger RNA movement on the ribosome.
著者: Yusupova, G. / Jenner, L. / Rees, B. / Moras, D. / Yusupov, M.
履歴
登録2006年6月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
置き換え2014年12月10日ID: 2HGP, 2HGQ
改定 1.12014年12月10日Group: Other
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Remark 400COMPOUND THE COMPLETE ASYMMETRIC UNIT CONTAINS 30S AND 50S RIBOSOMAL SUBUNITS. THIS ENTRY 2HGP ...COMPOUND THE COMPLETE ASYMMETRIC UNIT CONTAINS 30S AND 50S RIBOSOMAL SUBUNITS. THIS ENTRY 2HGP CONTAINS 30S RIBOSOMAL SUBUNIT. THE 50S RIBOSOMAL SUBUNIT CAN BE FOUND IN PDB ENTRY 2HGQ.
Remark 999SEQUENCE THE TRNA SEQUENCES (MOL. B, C AND D) WERE TAKEN FROM SPRINZL : TRNA COMPILATION 2000 (HTTP: ...SEQUENCE THE TRNA SEQUENCES (MOL. B, C AND D) WERE TAKEN FROM SPRINZL : TRNA COMPILATION 2000 (HTTP://WWW.STAFF.UNI-BAYREUTH.DE/~BTC914/SEARCH/).

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AA: 16S ribosomal RNA
A1: mRNA
AC: tRNA PHE (unmodified bases)
AD: tRNA PHE (unmodified bases)
AB: tRNA PHE (unmodified bases)
AE: 30S ribosomal protein S2
AF: 30S ribosomal protein S3
AG: 30S ribosomal protein S4
AH: 30S ribosomal protein S5
AI: 30S ribosomal protein S6
AJ: 30S ribosomal protein S7
AK: 30S ribosomal protein S8
AL: 30S ribosomal protein S9
AM: 30S ribosomal protein S10
AN: 30S ribosomal protein S11
AO: 30S ribosomal protein S12
AP: 30S ribosomal protein S13
AQ: 30S ribosomal protein S14
AR: 30S ribosomal protein S15
AS: 30S ribosomal protein S16
AT: 30S ribosomal protein S17
AU: 30S ribosomal protein S18
AV: 30S ribosomal protein S19
AW: 30S ribosomal protein S20
AX: 30S ribosomal protein Thx
BA: 23S ribosomal RNA
BB: 5S ribosomal RNA
BC: 50S ribosomal protein L1
BD: 50S ribosomal protein L2
BE: 50S ribosomal protein L3
BF: 50S ribosomal protein L4
BG: 50S ribosomal protein L5
BH: 50S ribosomal protein L6
BK: 50S ribosomal protein L9
BL: 50S ribosomal protein L11
BM: 50S ribosomal protein L13
BN: 50S ribosomal protein L14
BO: 50S ribosomal protein L15
BP: 50S ribosomal protein L16
BQ: 50S ribosomal protein L17
BR: 50S ribosomal protein L18
BS: 50S ribosomal protein L19
BT: 50S ribosomal protein L20
BU: 50S ribosomal protein L21
BV: 50S ribosomal protein L22
BW: 50S ribosomal protein L23
BX: 50S ribosomal protein L24
BY: 50S ribosomal protein L25
BZ: Ribosomal protein L27
B1: 50S ribosomal protein L29
B2: 50S ribosomal protein L30
B3: 50S ribosomal protein L31
B4: 50S ribosomal protein L32
B5: 50S ribosomal protein L33
B6: 50S ribosomal protein L34
B7: 50S ribosomal protein L35
B8: 50S ribosomal protein L36


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,287,27157
ポリマ－2,287,27157
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)508.540, 508.540, 806.290
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422

-
要素

-
RNA鎖 , 5種, 7分子 AAA1ACADABBABB

#1: RNA鎖 16S ribosomal RNA / 16SリボソームRNA


分子量: 493958.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / 参照: GenBank: 155076
#2: RNA鎖 mRNA / 伝令RNA


分子量: 15565.702 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: solid-phase system (Dharmacon, Inc., Boulder, CO)
#3: RNA鎖 tRNA PHE (unmodified bases)


分子量: 24485.539 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
#24: RNA鎖 23S ribosomal RNA / 23SリボソームRNA


分子量: 948280.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / 参照: GenBank: 48268
#25: RNA鎖 5S ribosomal RNA / 5SリボソームRNA


分子量: 39846.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / 参照: GenBank: 48271

-
30S ribosomal protein ... , 20種, 20分子 AEAFAGAHAIAJAKALAMANAOAPAQARASATAUAVAWAX

#4: タンパク質 30S ribosomal protein S2 /


分子量: 29317.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / 参照: UniProt: P80371
#5: タンパク質 30S ribosomal protein S3 /


分子量: 26751.076 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / 参照: UniProt: P80372
#6: タンパク質 30S ribosomal protein S4 /


分子量: 24373.447 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / 参照: UniProt: P80373
#7: タンパク質 30S ribosomal protein S5 /


分子量: 17583.416 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / 参照: UniProt: P27152, UniProt: Q5SHQ5*PLUS
#8: タンパク質 30S ribosomal protein S6 / / TS9


分子量: 11988.753 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / 参照: UniProt: P23370, UniProt: Q5SLP8*PLUS
#9: タンパク質 30S ribosomal protein S7 /


分子量: 18050.973 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / 参照: UniProt: P17291
#10: タンパク質 30S ribosomal protein S8 /


分子量: 15868.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / 参照: UniProt: P24319, UniProt: P0DOY9*PLUS
#11: タンパク質 30S ribosomal protein S9 /


分子量: 14410.614 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / 参照: UniProt: P80374
#12: タンパク質 30S ribosomal protein S10 /


分子量: 11954.968 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / 参照: UniProt: P80375, UniProt: Q5SHN7*PLUS
#13: タンパク質 30S ribosomal protein S11 /


分子量: 13737.868 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / 参照: UniProt: P80376
#14: タンパク質 30S ribosomal protein S12 /


分子量: 14637.384 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / 参照: UniProt: P17293, UniProt: Q5SHN3*PLUS
#15: タンパク質 30S ribosomal protein S13 /


分子量: 14338.861 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / 参照: UniProt: P80377
#16: タンパク質 30S ribosomal protein S14 /


分子量: 7158.725 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / 参照: UniProt: P24320, UniProt: P0DOY6*PLUS
#17: タンパク質 30S ribosomal protein S15 /


分子量: 10578.407 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / 参照: UniProt: P80378, UniProt: Q5SJ76*PLUS
#18: タンパク質 30S ribosomal protein S16 /


分子量: 10409.983 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SJH3
#19: タンパク質 30S ribosomal protein S17 /


分子量: 12324.670 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / 参照: UniProt: P24321
#20: タンパク質 30S ribosomal protein S18 /


分子量: 10244.272 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / 参照: UniProt: P80382
#21: タンパク質 30S ribosomal protein S19 /


分子量: 10605.464 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / 参照: UniProt: P80381, UniProt: Q5SHP2*PLUS
#22: タンパク質 30S ribosomal protein S20 /


分子量: 11736.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / 参照: UniProt: P80380
#23: タンパク質・ペプチド 30S ribosomal protein Thx / リボソーム


分子量: 3350.030 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / 参照: UniProt: P62612, UniProt: Q5SIH3*PLUS

+
50S ribosomal protein ... , 29種, 29分子 BCBDBEBFBGBHBKBLBMBNBOBPBQBRBSBTBUBVBWBXBYB1B2B3B4B5B6B7B8

#26: タンパク質 50S ribosomal protein L1 /


分子量: 24867.699 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / 参照: UniProt: P27150
#27: タンパク質 50S ribosomal protein L2 /


分子量: 30532.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / 参照: UniProt: P60405
#28: タンパク質 50S ribosomal protein L3 /


分子量: 22450.213 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / 参照: UniProt: P52860, UniProt: Q5SHN8*PLUS
#29: タンパク質 50S ribosomal protein L4 / / L1e


分子量: 23271.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHN9
#30: タンパク質 50S ribosomal protein L5 / / TthL5 / TL4


分子量: 21061.596 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / 参照: UniProt: P41201, UniProt: Q5SHQ0*PLUS
#31: タンパク質 50S ribosomal protein L6 /


分子量: 19568.926 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / 参照: UniProt: P24316, UniProt: P0DOY8*PLUS
#32: タンパク質 50S ribosomal protein L9 /


分子量: 16422.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / 参照: UniProt: P27151
#33: タンパク質 50S ribosomal protein L11 /


分子量: 15526.111 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / 参照: UniProt: P36238, UniProt: Q5SLP6*PLUS
#34: タンパク質 50S ribosomal protein L13 /


分子量: 15927.903 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / 参照: UniProt: P60488
#35: タンパク質 50S ribosomal protein L14 /


分子量: 13309.586 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / 参照: UniProt: P60558
#36: タンパク質 50S ribosomal protein L15 /


分子量: 16319.142 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / 参照: UniProt: P74910, UniProt: Q5SHQ7*PLUS
#37: タンパク質 50S ribosomal protein L16 /


分子量: 15993.909 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / 参照: UniProt: P60489
#38: タンパク質 50S ribosomal protein L17 /


分子量: 13750.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / 参照: UniProt: Q9Z9H5
#39: タンパク質 50S ribosomal protein L18 / / TL24


分子量: 12639.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / 参照: UniProt: P80320, UniProt: Q5SHQ4*PLUS
#40: タンパク質 50S ribosomal protein L19 /


分子量: 17188.830 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / 参照: UniProt: P60490
#41: タンパク質 50S ribosomal protein L20 /


分子量: 13779.275 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / 参照: UniProt: P60491
#42: タンパク質 50S ribosomal protein L21 /


分子量: 11069.153 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / 参照: UniProt: P60492
#43: タンパク質 50S ribosomal protein L22 /


分子量: 12808.055 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / 参照: UniProt: P48286, UniProt: Q5SHP3*PLUS
#44: タンパク質 50S ribosomal protein L23 / / L*23


分子量: 10759.808 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / 参照: UniProt: Q9RA57, UniProt: Q5SHP0*PLUS
#45: タンパク質 50S ribosomal protein L24 /


分子量: 12085.611 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / 参照: UniProt: Q56435, UniProt: Q5SHP9*PLUS
#46: タンパク質 50S ribosomal protein L25 / / TL5


分子量: 23238.572 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHZ1
#48: タンパク質 50S ribosomal protein L29 /


分子量: 8112.597 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / 参照: UniProt: Q9LCY4
#49: タンパク質 50S ribosomal protein L30 /


分子量: 6799.126 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / 参照: UniProt: P74909, UniProt: Q5SHQ6*PLUS
#50: タンパク質 50S ribosomal protein L31 /


分子量: 8300.543 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SJE1
#51: タンパク質 50S ribosomal protein L32 /


分子量: 6722.050 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / 参照: UniProt: P80339
#52: タンパク質 50S ribosomal protein L33 /


分子量: 6632.896 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / 参照: UniProt: P35871
#53: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L34 /


分子量: 6132.449 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / 参照: UniProt: P80340
#54: タンパク質 50S ribosomal protein L35 /


分子量: 7506.178 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / 参照: UniProt: P80341, UniProt: Q5SKU1*PLUS
#55: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L36 / / Ribosomal protein B


分子量: 4435.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / 参照: UniProt: P80256, UniProt: Q5SHR2*PLUS

-
タンパク質 , 1種, 1分子 BZ

#47: タンパク質 Ribosomal protein L27 /


分子量: 9529.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / 参照: UniProt: P60493

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 4

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 87.1 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: MPD, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1MPD11
2H2O11
3MPD12
4H2O12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.98016 Å
検出器タイプ: MAR CCD 225 mm / 検出器: CCD / 日付: 2005年11月27日 / 詳細: DYNAMICALLY BENDABLE MIRROR
放射モノクロメーター: Si (III) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98016 Å / 相対比: 1
反射解像度: 5.5→300 Å / Num. all: 170516 / Num. obs: 169350 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.102 / Χ2: 1.086 / Net I/σ(I): 9.4
反射 シェル解像度: 5.5→5.59 Å / 冗長度: 6.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 8395 / Χ2: 1.142 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
MAR345データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 5.5→300 Å / FOM work R set: 0.749 / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.326 7828 4.6 %RANDOM
Rwork0.243 ---
all0.251 167896 --
obs0.247 163918 96.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: CNS / Bsol: 152 Å2 / ksol: 0.34 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 226.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 5.5→300 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19231 38448 0 0 57679
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.933
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.524
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.578
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 50

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs
5.5-5.540.4071660.36629863152
5.54-5.580.4121660.36430303196
5.58-5.610.4311540.35529723126
5.61-5.660.3661630.33630223185
5.66-5.70.3771520.34430323184
5.7-5.740.4111580.32830293187
5.74-5.780.3411510.32130303181
5.78-5.830.3611400.29230703210
5.83-5.880.4021320.30230903222
5.88-5.920.4031660.29930593225
5.92-5.970.3771590.28930283187
5.97-6.030.3521100.26530803190
6.03-6.080.3381630.27730563219
6.08-6.140.3211470.2530883235
6.14-6.190.3251490.25630983247
6.19-6.250.3421670.25130433210
6.25-6.320.3341370.23630583195
6.32-6.380.3541430.24331143257
6.38-6.450.3531480.22631023250
6.45-6.520.321480.21631283276
6.52-6.60.3361560.2230873243
6.6-6.670.3361570.22831033260
6.67-6.750.3091630.21731203283
6.75-6.840.3581730.23130863259
6.84-6.930.3031660.22231063272
6.93-7.020.3011470.19731313278
7.02-7.120.3361580.22131033261
7.12-7.230.3631520.22131133265
7.23-7.340.3521710.19831283299
7.34-7.460.3571390.20931293268
7.46-7.590.3351900.19331103300
7.59-7.730.3371460.20931383284
7.73-7.880.3571410.21131543295
7.88-8.040.3531690.20931393308
8.04-8.220.3591360.20731663302
8.22-8.410.2991500.18131723322
8.41-8.620.31550.18131473302
8.62-8.850.3381640.20431863350
8.85-9.110.3451660.21431483314
9.11-9.40.3681570.22331613318
9.4-9.740.3871540.23731703324
9.74-10.130.3831540.23832033357
10.13-10.590.3331830.22231923375
10.59-11.150.3371640.22331503314
11.15-11.850.3351820.20331823364
11.85-12.760.3351740.21932043378
12.76-14.050.3441800.22431983378
14.05-16.080.3351660.2132243390
16.08-20.260.2871290.22133343463
20.26-3000.2211670.30134913658
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_modif.param
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_ext.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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