[日本語] English
万見
- PDB-4v4a: Crystal Structure of the Wild Type Ribosome from E. Coli 70S Ribosome. -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4v4a
タイトルCrystal Structure of the Wild Type Ribosome from E. Coli 70S Ribosome.
要素
  • (30S ribosomal protein ...) x 19
  • (50S ribosomal protein ...) x 30
  • 16S RIBOSOMAL RNA
  • 23S RIBOSOMAL RNA
  • 5S RIBOSOMAL RNA
  • general stress protein Ctc
キーワードRIBOSOME / 30S RIBOSOMAL SUBUNIT / PROTEIN-PROTEIN COMPLEX / PROTEIN-RNA COMPLEX / RNA-RNA COMPLEX
機能・相同性RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000)
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 9.5 Å
データ登録者Vila-Sanjurjo, A. / Ridgeway, W.K. / Seymaner, V. / Zhang, W. / Santoso, S. / Yu, K. / Cate, J.H.D.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2003
タイトル: X-ray crystal structures of the WT and a hyper-accurate ribosome from Escherichia coli
著者: Vila-Sanjurjo, A. / Ridgeway, W.K. / Seymaner, V. / Zhang, W. / Santoso, S. / Yu, K. / Cate, J.H.D.
履歴
登録2003年6月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
置き換え2014年12月10日ID: 1PNX, 1PNY
改定 1.12014年12月10日Group: Other
改定 1.22023年9月20日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_remark / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_remark.text
改定 1.32023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
Remark 400COMPOUND PDB ENTRIES 1PNX AND 1PNY REPRESENT ONE CRYSTAL STRUCTURE OF THE E. COLI 70S RIBOSOME. ...COMPOUND PDB ENTRIES 1PNX AND 1PNY REPRESENT ONE CRYSTAL STRUCTURE OF THE E. COLI 70S RIBOSOME. THIS FILE, 1PNX, CONTAINS ONLY MOLECULES OF THE 30S RIBOSOMAL SUBUNIT. THE 50S SUBUNIT IS IN THE PDB FILE 1PNY.
Remark 999SEQUENCE The 30S subunit is derived mainly from 1J5E, the T. thermophilus 30S subunit, with ...SEQUENCE The 30S subunit is derived mainly from 1J5E, the T. thermophilus 30S subunit, with modifications to the rRNA to make it match E. coli insertions and deletions. The sequence of this subunit represent that of pdb entry, 1J5E. As a result, no dbref was provided.

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
AA: 16S RIBOSOMAL RNA
AB: 30S ribosomal protein S2
AC: 30S ribosomal protein S3
AD: 30S ribosomal protein S4
AE: 30S ribosomal protein S5
AF: 30S ribosomal protein S6
AG: 30S ribosomal protein S7
AH: 30S ribosomal protein S8
AI: 30S ribosomal protein S9
AJ: 30S ribosomal protein S10
AK: 30S ribosomal protein S11
AL: 30S ribosomal protein S12
AM: 30S ribosomal protein S13
AN: 30S ribosomal protein S14
AO: 30S ribosomal protein S15
AP: 30S ribosomal protein S16
AQ: 30S ribosomal protein S17
AR: 30S ribosomal protein S18
AS: 30S ribosomal protein S19
AT: 30S ribosomal protein S20
B0: 23S RIBOSOMAL RNA
B9: 5S RIBOSOMAL RNA
BA: 50S ribosomal protein L2
BB: 50S ribosomal protein L3
BC: 50S ribosomal protein L4
BD: 50S ribosomal protein L5
BE: 50S ribosomal protein L6
BF: 50S ribosomal protein L9
BG: 50S ribosomal protein L11
BH: 50S ribosomal protein L13
BI: 50S ribosomal protein L14
BJ: 50S ribosomal protein L15
BK: 50S ribosomal protein L16
BL: 50S ribosomal protein L17
BM: 50S ribosomal protein L18
BN: 50S ribosomal protein L19
BO: 50S ribosomal protein L20
BP: 50S ribosomal protein L21
BQ: 50S ribosomal protein L22
BR: 50S ribosomal protein L23
BS: 50S ribosomal protein L24
BT: general stress protein Ctc
BU: 50S ribosomal protein L27
BV: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L28
BW: 50S ribosomal protein L29
BX: 50S ribosomal protein L30
BY: 50S ribosomal protein L31
BZ: 50S ribosomal protein L32
B1: 50S ribosomal protein L33
B2: 50S ribosomal protein L34
B3: 50S ribosomal protein L35
B4: 50S ribosomal protein L36
B5: 50S ribosomal protein L1P


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,141,52353
ポリマ－2,141,52353
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)683.89, 683.89, 386.72
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number97
Space group name H-MI422

-
要素

-
RNA鎖 , 3種, 3分子 AAB0B9

#1: RNA鎖 16S RIBOSOMAL RNA


分子量: 498797.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
#21: RNA鎖 23S RIBOSOMAL RNA


分子量: 935779.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
#22: RNA鎖 5S RIBOSOMAL RNA


分子量: 38029.777 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)

-
30S ribosomal protein ... , 19種, 19分子 ABACADAEAFAGAHAIAJAKALAMANAOAPAQARASAT

#2: タンパク質 30S ribosomal protein S2


分子量: 26987.271 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
#3: タンパク質 30S ribosomal protein S3


分子量: 22862.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
#4: タンパク質 30S ribosomal protein S4


分子量: 24242.254 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
#5: タンパク質 30S ribosomal protein S5


分子量: 16331.079 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
#6: タンパク質 30S ribosomal protein S6 / TS9


分子量: 11988.753 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
#7: タンパク質 30S ribosomal protein S7


分子量: 17919.775 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
#8: タンパク質 30S ribosomal protein S8


分子量: 15868.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
#9: タンパク質 30S ribosomal protein S9


分子量: 14298.466 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
#10: タンパク質 30S ribosomal protein S10


分子量: 11299.176 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
#11: タンパク質 30S ribosomal protein S11


分子量: 12606.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
#12: タンパク質 30S ribosomal protein S12


分子量: 13804.311 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
#13: タンパク質 30S ribosomal protein S13


分子量: 14207.666 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
#14: タンパク質 30S ribosomal protein S14


分子量: 7027.529 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
#15: タンパク質 30S ribosomal protein S15


分子量: 10447.213 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
#16: タンパク質 30S ribosomal protein S16


分子量: 9924.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
#17: タンパク質 30S ribosomal protein S17


分子量: 12193.475 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
#18: タンパク質 30S ribosomal protein S18


分子量: 8483.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
#19: タンパク質 30S ribosomal protein S19


分子量: 9203.743 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
#20: タンパク質 30S ribosomal protein S20


分子量: 10907.060 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)

+
50S ribosomal protein ... , 30種, 30分子 BABBBCBDBEBFBGBHBIBJBKBLBMBNBOBPBQBRBSBUBVBWBXBYBZB1B2B3B4B5

#23: タンパク質 50S ribosomal protein L2 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 29519.994 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
#24: タンパク質 50S ribosomal protein L3 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 21962.529 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
#25: タンパク質 50S ribosomal protein L4 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 21405.232 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
#26: タンパク質 50S ribosomal protein L5 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 20120.586 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
#27: タンパク質 50S ribosomal protein L6 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 18680.418 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
#28: タンパク質 50S ribosomal protein L9 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 5734.673 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
#29: タンパク質 50S ribosomal protein L11 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 14818.137 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
#30: タンパク質 50S ribosomal protein L13 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 15936.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
#31: タンパク質 50S ribosomal protein L14 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 14012.183 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
#32: タンパク質 50S ribosomal protein L15 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 15177.267 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
#33: タンパク質 50S ribosomal protein L16 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 14033.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
#34: タンパク質 50S ribosomal protein L17 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 12637.677 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
#35: タンパク質 50S ribosomal protein L18 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 11860.560 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
#36: タンパク質 50S ribosomal protein L19 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 14322.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
#37: タンパク質 50S ribosomal protein L20 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 13860.079 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
#38: タンパク質 50S ribosomal protein L21 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 11165.743 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
#39: タンパク質 50S ribosomal protein L22 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 14790.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
#40: タンパク質 50S ribosomal protein L23 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 10336.936 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
#41: タンパク質 50S ribosomal protein L24 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 12138.118 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
#43: タンパク質 50S ribosomal protein L27 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 9121.521 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
#44: タンパク質・ペプチド 50S RIBOSOMAL PROTEIN L28 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 1379.692 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
#45: タンパク質 50S ribosomal protein L29 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 7515.659 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
#46: タンパク質 50S ribosomal protein L30 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 6079.235 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
#47: タンパク質 50S ribosomal protein L31 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 8597.846 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
#48: タンパク質 50S ribosomal protein L32 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 6579.690 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
#49: タンパク質 50S ribosomal protein L33 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 6144.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
#50: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L34 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 5497.474 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
#51: タンパク質 50S ribosomal protein L35 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 7130.701 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
#52: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L36 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 4134.048 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
#53: タンパク質 50S ribosomal protein L1P / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 24690.396 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)

-
タンパク質 , 1種, 1分子 BT

#42: タンパク質 general stress protein Ctc / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 18929.711 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 10

-
試料調製

結晶マシュー密度: 5.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.7 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: MPD, ethanol, magnesium chloride, ammonium chloride, spermine, spermidine, MES , pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1MPD11
2ethanol11
3magnesium chloride11
4ammonium chloride11
5spermine11
6spermidine11
7MES11
8H2O11
9MPD12
10magnesium chloride12
11ammonium chloride12
12H2O12

-
データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1.0, 1.1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年12月8日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
21.11
反射解像度: 9.5→300 Å / Num. all: 29028 / Num. obs: 26821 / % possible obs: 92.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 25.1 % / Rmerge(I) obs: 0.142 / Net I/σ(I): 44.8
反射 シェル解像度: 9.5→9.68 Å / 冗長度: 9.7 % / Rmerge(I) obs: 0.549 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 71.8

-
解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1J5E,1LNR

1j5e

1lnr
PDB 未公開エントリ


解像度: 9.5→70 Å / Isotropic thermal model: ANISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: NA
詳細: 87 RIGID-BODIES REFINEMENT, GROUPED B-FACTOR REFINEMENT. There are many long O3'-P distances. Coordinates used for solving and refining this structure mainly comes from PDB entry, 1J5E, where ...詳細: 87 RIGID-BODIES REFINEMENT, GROUPED B-FACTOR REFINEMENT. There are many long O3'-P distances. Coordinates used for solving and refining this structure mainly comes from PDB entry, 1J5E, where the sequence represents that of T. thermophilus.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.407 1215 -RANDOM
Rwork0.389 ---
all-29028 --
obs-26821 92.1 %-
原子変位パラメータBiso mean: 696.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 9.5→70 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19012 32939 0 0 51951

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る