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- PDB-4v2k: Crystal structure of the thiosulfate dehydrogenase TsdA in comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4v2k
タイトルCrystal structure of the thiosulfate dehydrogenase TsdA in complex with thiosulfate
要素THIOSULFATE DEHYDROGENASEチオ硫酸デヒドロゲナーゼ
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / CYTOCHROME C (シトクロムc) / HIS/CYS HEME / DISULFIDE FORMATION / CYSTEINE MODIFICATION
機能・相同性
機能・相同性情報


チオ硫酸デヒドロゲナーゼ / thiosulfate dehydrogenase activity / electron transfer activity / ペリプラズム / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
SoxA/TsdA, cytochrome c domain / Cytochrome C oxidase, cbb3-type, subunit III / Cytochrome c-like domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
HEME C / チオ硫酸塩 / チオ硫酸デヒドロゲナーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種ALLOCHROMATIUM VINOSUM (紅色硫黄細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.29 Å
データ登録者Grabarczyk, D.B. / Chappell, P.E. / Eisel, B. / Johnson, S. / Lea, S.M. / Berks, B.C.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Mechanism of Thiosulfate Oxidation in the Soxa Family of Cysteine-Ligated Cytochromes
著者: Grabarczyk, D.B. / Chappell, P.E. / Eisel, B. / Johnson, S. / Lea, S.M. / Berks, B.C.
履歴
登録2014年10月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年2月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年7月22日Group: Database references
改定 2.02019年9月25日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Non-polymer description / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / exptl_crystal_grow / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_alt_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _exptl_crystal_grow.method / _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site_gen.auth_comp_id / _struct_site_gen.label_comp_id
改定 2.12024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: THIOSULFATE DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,4084
ポリマ－27,0581
非ポリマー1,3493
水3,621201
1
A: THIOSULFATE DEHYDROGENASE
ヘテロ分子

A: THIOSULFATE DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,8158
ポリマ－54,1172
非ポリマー2,6986
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area7220 Å2
ΔGint-123.1 kcal/mol
Surface area19250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.280, 70.420, 57.910
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 129.34, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2146-

HOH

21A-2159-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 THIOSULFATE DEHYDROGENASE / チオ硫酸デヒドロゲナーゼ


分子量: 27058.393 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: PERSULFIDE MODIFICATION ON C123
由来: (組換発現) ALLOCHROMATIUM VINOSUM (紅色硫黄細菌)
プラスミド: PQE80L / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): L56
参照: UniProt: D3RVD4, チオ硫酸デヒドロゲナーゼ
#2: 化合物 ChemComp-HEC / HEME C / Heme C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-THJ / THIOSULFATE / チオ硫酸塩


分子量: 112.128 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: O3S2
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 201 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.25 % / 解説: NONE
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: 10 MM AMMONIUM ACETATE, 7.5% PEG 10K PH 4.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.92
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.29→44.52 Å / Num. obs: 60432 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.03 / Net I/σ(I): 15.5
反射 シェル解像度: 1.29→1.32 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 98

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
XDSTHROUGH XIA2データ削減
AimlessTHROUGH XIA2データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 1H32 AND 2ZOO

1h32

2zoo


解像度: 1.29→44.52 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.981 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.979 / SU B: 1.721 / SU ML: 0.034 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.039 / ESU R Free: 0.04 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.15528 3003 5 %RANDOM
Rwork0.14259 ---
obs0.14325 56552 96.31 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.924 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.56 Å20 Å2-0.11 Å2
2--1.29 Å20 Å2
3----0.23 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.29→44.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1755 0 91 201 2047
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0290.0191951
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.021786
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.4112.0272677
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.5533.0024084
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0725244
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg26.37522.34681
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.84615265
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.7011518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1650.2274
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0180.0212270
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0170.02478
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.61.244952
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.5811.24951
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.4091.8631192
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.6911.527999
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.29→1.323 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.243 215 -
Rwork0.226 3804 -
obs--87.79 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -19.2128 Å / Origin y: 2.8352 Å / Origin z: 4.4805 Å
111213212223313233
T0.0117 Å20.0009 Å2-0.0032 Å2-0.0869 Å20.0028 Å2--0.0036 Å2
L3.0726 °20.4738 °2-0.5928 °2-0.4212 °2-0.0099 °2--0.9722 °2
S0.0593 Å °-0.1188 Å °-0.001 Å °0.0418 Å °-0.0498 Å °-0.0354 Å °-0.0832 Å °-0.0575 Å °-0.0095 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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