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- PDB-4urx: The crystal structure of H-Ras and SOS in complex with ligands -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4urx
タイトルThe crystal structure of H-Ras and SOS in complex with ligands
要素
  • GTPASE HRASHRAS
  • SON OF SEVENLESS HOMOLOG 1
キーワードSIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


midbrain morphogenesis / regulation of pro-B cell differentiation / vitellogenesis / pericardium morphogenesis / cardiac atrium morphogenesis / heart trabecula morphogenesis / regulation of T cell differentiation in thymus / GTPase complex / positive regulation of small GTPase mediated signal transduction / Interleukin-15 signaling ...midbrain morphogenesis / regulation of pro-B cell differentiation / vitellogenesis / pericardium morphogenesis / cardiac atrium morphogenesis / heart trabecula morphogenesis / regulation of T cell differentiation in thymus / GTPase complex / positive regulation of small GTPase mediated signal transduction / Interleukin-15 signaling / Activation of RAC1 / oncogene-induced cell senescence / positive regulation of ruffle assembly / blood vessel morphogenesis / regulation of neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / negative regulation of GTPase activity / positive regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of miRNA metabolic process / T-helper 1 type immune response / Regulation of KIT signaling / epidermal growth factor receptor binding / positive regulation of wound healing / leukocyte migration / NRAGE signals death through JNK / regulation of T cell proliferation / roof of mouth development / defense response to protozoan / eyelid development in camera-type eye / Fc-epsilon receptor signaling pathway / Signaling by RAS GAP mutants / Signaling by RAS GTPase mutants / Activation of RAS in B cells / neurotrophin TRK receptor signaling pathway / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / B cell homeostasis / RAS signaling downstream of NF1 loss-of-function variants / positive regulation of protein targeting to membrane / SOS-mediated signalling / Activated NTRK3 signals through RAS / RET signaling / Activated NTRK2 signals through RAS / hair follicle development / SHC1 events in ERBB4 signaling / Signalling to RAS / fibroblast growth factor receptor signaling pathway / SHC-related events triggered by IGF1R / Activated NTRK2 signals through FRS2 and FRS3 / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / adipose tissue development / Signal attenuation / Estrogen-stimulated signaling through PRKCZ / Interleukin receptor SHC signaling / SHC-mediated cascade:FGFR3 / MET activates RAS signaling / positive regulation of phospholipase C activity / PTK6 Regulates RHO GTPases, RAS GTPase and MAP kinases / Schwann cell development / Signaling by PDGFRA transmembrane, juxtamembrane and kinase domain mutants / Signaling by PDGFRA extracellular domain mutants / SHC-mediated cascade:FGFR2 / SHC-mediated cascade:FGFR4 / protein-membrane adaptor activity / Signaling by FGFR4 in disease / SHC-mediated cascade:FGFR1 / Erythropoietin activates RAS / FRS-mediated FGFR3 signaling / Signaling by FLT3 ITD and TKD mutants / FRS-mediated FGFR2 signaling / FRS-mediated FGFR4 signaling / Signaling by FGFR3 in disease / p38MAPK events / FRS-mediated FGFR1 signaling / Tie2 Signaling / Signaling by FGFR2 in disease / RAC1 GTPase cycle / GRB2 events in EGFR signaling / EPHB-mediated forward signaling / SHC1 events in EGFR signaling / 髄鞘 / EGFR Transactivation by Gastrin / Signaling by FLT3 fusion proteins / Ras activation upon Ca2+ influx through NMDA receptor / FLT3 Signaling / Signaling by FGFR1 in disease / GRB2 events in ERBB2 signaling / molecular condensate scaffold activity / NCAM signaling for neurite out-growth / CD209 (DC-SIGN) signaling / GTPase activator activity / SHC1 events in ERBB2 signaling / Downstream signal transduction / Insulin receptor signalling cascade / Constitutive Signaling by Overexpressed ERBB2 / FCERI mediated Ca+2 mobilization / intrinsic apoptotic signaling pathway / guanyl-nucleotide exchange factor activity / 低分子量GTPアーゼ / G protein activity / insulin-like growth factor receptor signaling pathway / Signaling by phosphorylated juxtamembrane, extracellular and kinase domain KIT mutants
類似検索 - 分子機能
Son of sevenless (SoS) protein; Chain S, domain 1 / Son of sevenless (SoS) protein Chain: S domain 1 / Son of Sevenless (SoS) protein; Chain S, domain 2 / Ras guanine-nucleotide exchange factors catalytic domain / Ras guanine-nucleotide exchange factor, conserved site / Ras Guanine-nucleotide exchange factors domain signature. / RasGEF N-terminal motif / Guanine nucleotide exchange factor for Ras-like GTPases; N-terminal motif / Ras-like guanine nucleotide exchange factor, N-terminal / Ras guanine-nucleotide exchange factors N-terminal domain profile. ...Son of sevenless (SoS) protein; Chain S, domain 1 / Son of sevenless (SoS) protein Chain: S domain 1 / Son of Sevenless (SoS) protein; Chain S, domain 2 / Ras guanine-nucleotide exchange factors catalytic domain / Ras guanine-nucleotide exchange factor, conserved site / Ras Guanine-nucleotide exchange factors domain signature. / RasGEF N-terminal motif / Guanine nucleotide exchange factor for Ras-like GTPases; N-terminal motif / Ras-like guanine nucleotide exchange factor, N-terminal / Ras guanine-nucleotide exchange factors N-terminal domain profile. / Ras-like guanine nucleotide exchange factor / Ras guanine-nucleotide exchange factor, catalytic domain superfamily / Ras guanine nucleotide exchange factor domain superfamily / RasGEF domain / Ras guanine-nucleotide exchange factors catalytic domain profile. / Guanine nucleotide exchange factor for Ras-like small GTPases / Ras guanine-nucleotide exchange factors catalytic domain / Dbl homology (DH) domain superfamily / RhoGEF domain / Guanine nucleotide exchange factor for Rho/Rac/Cdc42-like GTPases / Dbl homology (DH) domain / Dbl homology (DH) domain profile. / Small GTPase, Ras-type / small GTPase Ras family profile. / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / 低分子量GTPアーゼ / 低分子量GTPアーゼ / Rab subfamily of small GTPases / Histone-fold / Small GTP-binding protein domain / PH-like domain superfamily / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Up-down Bundle / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / ロスマンフォールド / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
6-bromo-1H-indole / ギ酸 / 1-(4-bromobenzyl)pyrrolidine / GTPase HRas / Son of sevenless homolog 1
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.49 Å
データ登録者Winter, J.J.G. / Anderson, M. / Blades, K. / Brassington, C. / Breeze, A.L. / Chresta, C. / Embrey, K. / Fairley, G. / Faulder, P. / Finlay, M.R.V. ...Winter, J.J.G. / Anderson, M. / Blades, K. / Brassington, C. / Breeze, A.L. / Chresta, C. / Embrey, K. / Fairley, G. / Faulder, P. / Finlay, M.R.V. / Kettle, J.G. / Nowak, T. / Overman, R. / Patel, S.J. / Perkins, P. / Spadola, L. / Tart, J. / Tucker, J. / Wrigley, G.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2015
タイトル: Small Molecule Binding Sites on the Ras:SOS Complex Can be Exploited for Inhibition of Ras Activation.
著者: Winter, J. / Anderson, M. / Blades, K. / Chresta, C. / Embrey, K.J. / Fairley, G. / Faulder, P. / Finlay, M.R.V. / Kettle, J.G. / Nowak, T. / Overman, R. / Patel, S.J. / Perkins, P. / ...著者: Winter, J. / Anderson, M. / Blades, K. / Chresta, C. / Embrey, K.J. / Fairley, G. / Faulder, P. / Finlay, M.R.V. / Kettle, J.G. / Nowak, T. / Overman, R. / Patel, S.J. / Perkins, P. / Spadola, L. / Tart, J. / Tucker, J.A. / Wrigley, G.
履歴
登録2014年7月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年3月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年3月25日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
R: GTPASE HRAS
S: SON OF SEVENLESS HOMOLOG 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,7435
ポリマ－78,2612
非ポリマー4823
水3,513195
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3850 Å2
ΔGint-4.7 kcal/mol
Surface area28910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)149.874, 149.874, 199.701
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 RS

#1: タンパク質 GTPASE HRAS / HRAS / H-RAS-1 / HA-RAS / TRANSFORMING PROTEIN P21 / C-H-RAS / P21RAS / H-RAS


分子量: 21083.557 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 1-166 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P01112
#2: タンパク質 SON OF SEVENLESS HOMOLOG 1 / SOS-1 / SON OF SEVENLESS-1


分子量: 57177.426 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 564-1049 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q07889

-
非ポリマー , 4種, 198分子

#3: 化合物 ChemComp-FK1 / 6-bromo-1H-indole / 6-ブロモ-1H-インド-ル


分子量: 196.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H6BrN
#4: 化合物 ChemComp-HXY / 1-(4-bromobenzyl)pyrrolidine / 1-(4-ブロモベンジル)ピロリジン


分子量: 240.140 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H14BrN
#5: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸 / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 195 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.66 % / 解説: NONE

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.975
検出器日付: 2010年7月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.975 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.48→119.87 Å / Num. obs: 40264 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 12 % / Biso Wilson estimate: 62.02 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 33.4
反射 シェル解像度: 2.48→2.62 Å / 冗長度: 11.3 % / Rmerge(I) obs: 0.51 / Mean I/σ(I) obs: 5.1 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.5精密化
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1BKD

1bkd


解像度: 2.49→59.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9377 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9227 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.251 / SU Rfree Blow DPI: 0.201
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2265 2013 5.03 %RANDOM
Rwork0.1937 ---
obs0.1954 40039 99.98 %-
原子変位パラメータBiso mean: 54.98 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.0812 Å20 Å20 Å2
2---0.0812 Å20 Å2
3---0.1624 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.283 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.49→59.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5043 0 26 195 5264
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0110190HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.0118429HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2248SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes142HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1452HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it10190HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.22
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.16
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion673SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact11024SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.49→2.56 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.249 167 5.7 %
Rwork0.2056 2762 -
all0.2081 2929 -
obs--99.98 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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