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- PDB-4uql: High-resolution structure of a Ni-A Ni-Sox mixture of the D. fruc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4uql
タイトルHigh-resolution structure of a Ni-A Ni-Sox mixture of the D. fructosovorans NiFe-hydrogenase L122A mutant
要素
  • HYDROGENASE (NIFE) SMALL SUBUNIT HYDA
  • NICKEL-DEPENDENT HYDROGENASE LARGE SUBUNIT
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / NIFE-SITE / NI-A STATE / SULFENATE (スルフェン酸) / NI-SOX STATE / PERSULFIDE
機能・相同性
機能・相同性情報


シトクロムc3ヒドロゲナーゼ / cytochrome-c3 hydrogenase activity / ferredoxin hydrogenase complex / ferredoxin hydrogenase activity / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / nickel cation binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / ペリプラズム / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome-c3 Hydrogenase; Chain A, domain 2 / Cytochrome-c3 hydrogenase, C-terminal domain / NADH:ubiquinone oxidoreductase-like, 20kDa subunit / Cytochrome-c3 Hydrogenase; chain B / Cytochrome-c3 Hydrogenase, chain B / [NiFe]-hydrogenase, small subunit / Cytochrome-c3 hydrogenase, C-terminal / [NiFe]-hydrogenase, small subunit, C-terminal domain superfamily / NiFe/NiFeSe hydrogenase small subunit C-terminal / Nickel-dependent hydrogenases large subunit signature 2. ...Cytochrome-c3 Hydrogenase; Chain A, domain 2 / Cytochrome-c3 hydrogenase, C-terminal domain / NADH:ubiquinone oxidoreductase-like, 20kDa subunit / Cytochrome-c3 Hydrogenase; chain B / Cytochrome-c3 Hydrogenase, chain B / [NiFe]-hydrogenase, small subunit / Cytochrome-c3 hydrogenase, C-terminal / [NiFe]-hydrogenase, small subunit, C-terminal domain superfamily / NiFe/NiFeSe hydrogenase small subunit C-terminal / Nickel-dependent hydrogenases large subunit signature 2. / Nickel-dependent hydrogenases large subunit signature 1. / [NiFe]-hydrogenase, small subunit, N-terminal domain superfamily / Nickel-dependent hydrogenase, large subunit, nickel binding site / Nickel-dependent hydrogenase, large subunit / Nickel-dependent hydrogenase / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence, bacterial/archaeal / NADH:ubiquinone oxidoreductase-like, 20kDa subunit / NADH ubiquinone oxidoreductase, 20 Kd subunit / [NiFe]-hydrogenase, large subunit / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / Few Secondary Structures / イレギュラー / ロスマンフォールド / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FE3-S4 CLUSTER / CARBONMONOXIDE-(DICYANO) IRON / グリシン / 硫化水素 / NICKEL (II) ION / 鉄・硫黄クラスター / morpholine-4-sulfonic acid / Nickel-dependent hydrogenase large subunit / シトクロムc3ヒドロゲナーゼ / Periplasmic [NiFe] hydrogenase small subunit / Periplasmic [NiFe] hydrogenase large subunit
類似検索 - 構成要素
生物種DESULFOVIBRIO FRUCTOSOVORANS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.22 Å
データ登録者Volbeda, A. / Martin, L. / Barbier, E. / Gutierrez-Sanz, O. / DeLacey, A.L. / Liebgott, P.P. / Dementin, S. / Rousset, M. / Fontecilla-Camps, J.C.
引用
ジャーナル: J.Biol.Inorg.Chem. / 年: 2015
タイトル: Crystallographic Studies of [Nife]-Hydrogenase Mutants: Towards Consensus Structures for the Elusive Unready Oxidized States.
著者: Volbeda, A. / Martin, L. / Barbier, E. / Gutierrez-Sanz, O. / De Lacey, A.L. / Liebgott, P. / Dementin, S. / Rousset, M. / Fontecilla-Camps, J.C.
#1: ジャーナル: J.Biol.Inorg.Chem. / 年: 2005
タイトル: Structural Differences between the Ready and Unready Oxidized States of [Nife] Hydrogenases.
著者: Volbeda, A. / Martin, L. / Cavazza, C. / Matho, M. / Faber, B.W. / Roseboom, W. / Albracht, S.P.J. / Garcin, E. / Rousset, M. / Fontecilla-Camps, J.C.
履歴
登録2014年6月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年10月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年1月21日Group: Database references
改定 1.22019年2月27日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_biol / struct_conn
Item: _exptl_crystal_grow.method / _exptl_crystal_grow.temp ..._exptl_crystal_grow.method / _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.32023年3月15日Group: Advisory / Database references ...Advisory / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HYDROGENASE (NIFE) SMALL SUBUNIT HYDA
B: HYDROGENASE (NIFE) SMALL SUBUNIT HYDA
Q: NICKEL-DEPENDENT HYDROGENASE LARGE SUBUNIT
R: NICKEL-DEPENDENT HYDROGENASE LARGE SUBUNIT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)183,12933
ポリマ－179,2184
非ポリマー3,91129
水31,5621752
1
B: HYDROGENASE (NIFE) SMALL SUBUNIT HYDA
R: NICKEL-DEPENDENT HYDROGENASE LARGE SUBUNIT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,91520
ポリマ－89,6092
非ポリマー2,30618
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11080 Å2
ΔGint-127.4 kcal/mol
Surface area25110 Å2
手法PISA
2
A: HYDROGENASE (NIFE) SMALL SUBUNIT HYDA
Q: NICKEL-DEPENDENT HYDROGENASE LARGE SUBUNIT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,21413
ポリマ－89,6092
非ポリマー1,60511
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9600 Å2
ΔGint-131.9 kcal/mol
Surface area25080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.690, 100.850, 116.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.96, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ABQR

#1: タンパク質 HYDROGENASE (NIFE) SMALL SUBUNIT HYDA / NIFE-HYDROGENASE SMALL SUBUNIT


分子量: 28418.389 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 50-314 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) DESULFOVIBRIO FRUCTOSOVORANS (バクテリア)
発現宿主: DESULFOVIBRIO FRUCTOSOVORANS (バクテリア)
参照: UniProt: E1K248, UniProt: P18187*PLUS, シトクロムc3ヒドロゲナーゼ
#2: タンパク質 NICKEL-DEPENDENT HYDROGENASE LARGE SUBUNIT / / NIFE-HYDROGENASE LARGE SUBUNIT


分子量: 61190.777 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 2-549 / Mutation: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) DESULFOVIBRIO FRUCTOSOVORANS (バクテリア)
発現宿主: DESULFOVIBRIO FRUCTOSOVORANS (バクテリア)
参照: UniProt: E1K247, UniProt: P18188*PLUS, シトクロムc3ヒドロゲナーゼ

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非ポリマー , 11種, 1781分子

#3: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター


分子量: 351.640 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#4: 化合物 ChemComp-F3S / FE3-S4 CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター


分子量: 295.795 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe3S4
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-GLY / GLYCINE / グリシン / グリシン


タイプ: peptide linking / 分子量: 75.067 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H5NO2
#7: 化合物 ChemComp-SOT / morpholine-4-sulfonic acid


分子量: 167.184 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H9NO4S
#8: 化合物 ChemComp-H2S / HYDROSULFURIC ACID / HYDROGEN SULFIDE / 硫化水素 / 硫化水素


分子量: 34.081 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H2S
#9: 化合物 ChemComp-FCO / CARBONMONOXIDE-(DICYANO) IRON


分子量: 135.890 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3FeN2O
#10: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION / ニッケル


分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#11: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#12: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#13: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1752 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細L122A MUTATION AND N-TERMINAL STREP-TAG IN LARGE SUBUNIT

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.6 % / 解説: NONE
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.1
詳細: VAPOR DIFFUSION, ANAEROBIC, 298 K, PEG 6000, MES, HEPES, PH 6.1

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97618
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97618 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.15→46 Å / Num. obs: 487248 / % possible obs: 95.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.61 % / Biso Wilson estimate: 12 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 7.95
反射 シェル解像度: 1.15→1.22 Å / 冗長度: 3.16 % / Rmerge(I) obs: 0.68 / Mean I/σ(I) obs: 1.22 / % possible all: 88

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1YQW

1yqw


解像度: 1.22→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.98 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.97 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.036 / ESU R Free: 0.037 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.152 20888 5 %RANDOM
Rwork0.12043 ---
obs0.12202 393990 97.38 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 10.508 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.44 Å20 Å20.05 Å2
2---0.29 Å20 Å2
3----0.16 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.22→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12287 0 156 1752 14195
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.01913212
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.0212702
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6621.98917961
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.579329482
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.12251619
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.40224.634546
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.237152241
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.3821550
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1070.22001
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.02114571
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0180.022799
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1480.7936482
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.1460.7926472
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.3971.4978092
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.7490.9966730
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr13.4225914
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free25.8135534
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded6.11826856
LS精密化 シェル解像度: 1.22→1.252 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.246 1498 -
Rwork0.226 28877 -
obs--96.84 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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