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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4un8 | ||||||
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タイトル | THE CRYSTAL STRUCTURE OF I-DMOI IN COMPLEX WITH ITS TARGET DNA AT 1H INCUBATION IN 5MM MN (STATE 2) | ||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE/DNA / HYDROLASE-DNA COMPLEX / DNA-BINDING PROTEIN / CATALYSIS / PROTEIN-DNA INTERACTION | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 intein-mediated protein splicing / intron homing / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | DESULFUROCOCCUS MOBILIS (古細菌) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å | ||||||
データ登録者 | Molina, R. / Stella, S. / Redondo, P. / Gomez, H. / Marcaida, M.J. / Orozco, M. / Prieto, J. / Montoya, G. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2015 タイトル: Visualizing Phosphodiester-Bond Hydrolysis by an Endonuclease. 著者: Molina, R. / Stella, S. / Redondo, P. / Gomez, H. / Marcaida, M.J. / Orozco, M. / Prieto, J. / Montoya, G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4un8.cif.gz | 212.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4un8.ent.gz | 162.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4un8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4un8_validation.pdf.gz | 473.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4un8_full_validation.pdf.gz | 482.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4un8_validation.xml.gz | 27.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4un8_validation.cif.gz | 39 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/un/4un8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/un/4un8 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 4d6nC 4d6oC 4un7C 4un9C 4unaC 4unbC 4uncC 4ut0C 2vs7S 4un6 C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-HOMING ENDONUCLEASE I- ... , 2種, 3分子 ADG
#1: タンパク質 | 分子量: 23265.057 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) DESULFUROCOCCUS MOBILIS (古細菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA PLYSS 参照: UniProt: P21505, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 #4: タンパク質 | | 分子量: 23280.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) DESULFUROCOCCUS MOBILIS (古細菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA PLYSS 参照: UniProt: P21505, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 |
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-DNA鎖 , 2種, 6分子 BEHCFI
#2: DNA鎖 | 分子量: 7707.932 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物) #3: DNA鎖 | 分子量: 7654.926 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物) |
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-非ポリマー , 2種, 164分子
#5: 化合物 | ChemComp-MN / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 6 / 詳細: pH 6 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.65 |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.65 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→46.64 Å / Num. obs: 42078 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 52.87 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 15.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.74 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.65 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 95.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2VS7 解像度: 2.6→46.642 Å / SU ML: 0.32 / σ(F): 1.12 / 位相誤差: 22.96 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→46.642 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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