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- PDB-4tqv: Crystal structure of a bacterial ABC transporter involved in the ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4tqv
タイトルCrystal structure of a bacterial ABC transporter involved in the import of the acidic polysaccharide alginate
要素
  • AlgM1
  • AlgM2
  • AlgSApex Legends Global Series
キーワードTRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / ABC / sphingomonas (スフィンゴモナス属) / alginate (アルギン酸) / transporter (運搬体タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


carbohydrate transport / ABC-type transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / transmembrane transport / ATP hydrolysis activity / ATP binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Transport-associated OB, type 1 / TOBE domain / MalK, OB fold domain / MalK OB fold domain / ABC transporter, maltose/maltodextrin import, MalK-like / : / Molybdate/tungstate binding, C-terminal / ABC transporter type 1, transmembrane domain MetI-like / MetI-like superfamily / Binding-protein-dependent transport system inner membrane component ...Transport-associated OB, type 1 / TOBE domain / MalK, OB fold domain / MalK OB fold domain / ABC transporter, maltose/maltodextrin import, MalK-like / : / Molybdate/tungstate binding, C-terminal / ABC transporter type 1, transmembrane domain MetI-like / MetI-like superfamily / Binding-protein-dependent transport system inner membrane component / ABC transporter integral membrane type-1 domain profile. / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Nucleic acid-binding, OB-fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
AlgM2 / AlgM1 / AlgS
類似検索 - 構成要素
生物種Sphingomonas sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 4.504 Å
データ登録者Maruyama, Y. / Itoh, T. / Kaneko, A. / Nishitani, Y. / Mikami, B. / Hashimoto, W. / Murata, K.
資金援助 日本, 2件
組織認可番号国
Grants-in-Aid for Scientific Research from Japan Society for the Promotion of Science 日本
Targeted Proteins Research Program from Ministry of Education, Culture, Sports, Science, and Technology 日本
引用ジャーナル: Structure / 年: 2015
タイトル: Structure of a Bacterial ABC Transporter Involved in the Import of an Acidic Polysaccharide Alginate
著者: Maruyama, Y. / Itoh, T. / Kaneko, A. / Nishitani, Y. / Mikami, B. / Hashimoto, W. / Murata, K.
履歴
登録2014年6月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年7月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年8月19日Group: Database references
改定 1.22015年9月16日Group: Database references
改定 1.32020年1月29日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: AlgM1
B: AlgM2
C: AlgS
D: AlgS
E: AlgM1
F: AlgM2
G: AlgS
H: AlgS
I: AlgM1
J: AlgM2
K: AlgS
L: AlgS
M: AlgM1
N: AlgM2
O: AlgS
P: AlgS


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)591,72916
ポリマ－591,72916
非ポリマー00
水0
1
A: AlgM1
B: AlgM2
C: AlgS
D: AlgS


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,9324
ポリマ－147,9324
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14190 Å2
ΔGint-119 kcal/mol
Surface area57620 Å2
手法PISA
2
E: AlgM1
F: AlgM2
G: AlgS
H: AlgS


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,9324
ポリマ－147,9324
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14120 Å2
ΔGint-119 kcal/mol
Surface area58250 Å2
手法PISA
3
I: AlgM1
J: AlgM2
K: AlgS
L: AlgS


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,9324
ポリマ－147,9324
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14220 Å2
ΔGint-121 kcal/mol
Surface area57620 Å2
手法PISA
4
M: AlgM1
N: AlgM2
O: AlgS
P: AlgS


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,9324
ポリマ－147,9324
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14170 Å2
ΔGint-116 kcal/mol
Surface area57630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)115.245, 151.187, 162.406
Angle α, β, γ (deg.)68.66, 81.76, 90.10
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
AlgM1


分子量: 34286.555 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 25-324 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sphingomonas sp. (バクテリア) / 遺伝子: algM1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9KWT8
#2: タンパク質
AlgM2


分子量: 34496.594 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sphingomonas sp. (バクテリア) / 遺伝子: algM2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9KWT7
#3: タンパク質
AlgS / Apex Legends Global Series


分子量: 39574.508 Da / 分子数: 8 / Mutation: E160Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sphingomonas sp. (バクテリア) / 遺伝子: algS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9KWT9

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.05 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: PEG4000, sodium potassium tartrate, N-(2-acetamido)iminodiacetic acid

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.5→30 Å / Num. obs: 57115 / % possible obs: 96.2 % / 冗長度: 2 % / Net I/σ(I): 14.7
反射 シェル解像度: 4.5→4.58 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.597 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / % possible all: 91.4

-
解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.9_1692) / 分類: 精密化
精密化解像度: 4.504→29.816 Å / SU ML: 0.84 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 43.75 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3201 1989 3.5 %
Rwork0.2786 --
obs0.28 56880 95.62 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.504→29.816 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数40472 0 0 0 40472
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00441320
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1256148
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.17615108
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0436620
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0057100
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
4.5042-4.61640.37391330.36063618X-RAY DIFFRACTION87
4.6164-4.74080.38541340.35623744X-RAY DIFFRACTION92
4.7408-4.87970.3651380.33913805X-RAY DIFFRACTION93
4.8797-5.03650.41841380.3423838X-RAY DIFFRACTION93
5.0365-5.21550.42641420.33613864X-RAY DIFFRACTION94
5.2155-5.42320.38751410.33973896X-RAY DIFFRACTION95
5.4232-5.66840.41961410.32743886X-RAY DIFFRACTION96
5.6684-5.9650.40521470.33224030X-RAY DIFFRACTION98
5.965-6.33540.41450.32834025X-RAY DIFFRACTION98
6.3354-6.81910.37681460.30264052X-RAY DIFFRACTION98
6.8191-7.49550.31981470.26473997X-RAY DIFFRACTION98
7.4955-8.55760.32061460.23114043X-RAY DIFFRACTION98
8.5576-10.69820.22661470.19864074X-RAY DIFFRACTION99
10.6982-29.81620.28331440.28174019X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 32.1965 Å / Origin y: -26.0895 Å / Origin z: 12.7038 Å
111213212223313233
T0.8142 Å2-0.0427 Å20.141 Å2-1.0365 Å2-0.2192 Å2--0.8572 Å2
L0.1164 °2-0.0844 °2-0.3609 °2--0.1108 °20.1538 °2--0.4905 °2
S0.0314 Å °-0.1171 Å °0.075 Å °0.1068 Å °0.0681 Å °0.0274 Å °-0.0809 Å °0.1704 Å °-0.1048 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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