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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4tpy | ||||||||||||
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タイトル | High throughput screening using acoustic droplet ejection to combine protein crystals and chemical libraries on crystallization plates at high density | ||||||||||||
要素 | Cationic trypsin | ||||||||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / Thrombin (トロンビン) / Serpins (セルピン) / Fibrin (フィブリン) | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 トリプシン / serpin family protein binding / serine protease inhibitor complex / 消化 / endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / タンパク質分解 / extracellular space / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.3 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Teplitsky, E. / Joshi, K. / Mullen, J.D. / Soares, A.S. | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2015 タイトル: High throughput screening using acoustic droplet ejection to combine protein crystals and chemical libraries on crystallization plates at high density. 著者: Teplitsky, E. / Joshi, K. / Ericson, D.L. / Scalia, A. / Mullen, J.D. / Sweet, R.M. / Soares, A.S. #1: ジャーナル: Acta Crystallographica Section D Biological Crystallography 年: 2014 タイトル: Hitting the target: fragment screening with acoustic in situ co-crystallization of proteins plus fragment libraries on pin-mounted data-collection micromeshes 著者: Yin, X. / Scalia, A. / Leroy, L. / Cuttitta, C.M. / Polizzo, G.M. / Ericson, D.L. / Roessler, C.G. / Campos, O. / Ma, M.Y. / Agarwal, R. / Jackimowicz, R. / Allaire, M. / Orville, A.M. / ...著者: Yin, X. / Scalia, A. / Leroy, L. / Cuttitta, C.M. / Polizzo, G.M. / Ericson, D.L. / Roessler, C.G. / Campos, O. / Ma, M.Y. / Agarwal, R. / Jackimowicz, R. / Allaire, M. / Orville, A.M. / Sweet, R.M. / Soares, A.S. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4tpy.cif.gz | 74.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4tpy.ent.gz | 53 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4tpy.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tp/4tpy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tp/4tpy | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 23324.287 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 詳細: Bromine derivative identified using acoustic droplet ejection to screen 1728 distinct conditions on each micro plate. 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00760, トリプシン |
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-非ポリマー , 7種, 427分子
#2: 化合物 | ChemComp-CA / | ||||||||||
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#3: 化合物 | ChemComp-NA / #4: 化合物 | ChemComp-BR / #5: 化合物 | ChemComp-BEN / | #6: 化合物 | ChemComp-TRS / | #7: 化合物 | ChemComp-EDO / #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.13 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 詳細: 30mg/ml trypsin and 10mg/ml benzamidine in buffer (10mM CaCl2, 20mM HEPES pH 7.0) is combined with 1x precipitant (20% PEG 8000, 20mM ammonium s., 100 mM Bis Tris pH 7.0). Vapour diffusion ...詳細: 30mg/ml trypsin and 10mg/ml benzamidine in buffer (10mM CaCl2, 20mM HEPES pH 7.0) is combined with 1x precipitant (20% PEG 8000, 20mM ammonium s., 100 mM Bis Tris pH 7.0). Vapour diffusion against 2x precipitant (40% PEG 8000, 40mM ammonium s., 200mM Bis Tris pH 7.0). PH範囲: 7.0-7.2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 0.9198 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年5月31日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9198 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.3→50 Å / Num. all: 44900 / Num. obs: 44900 / % possible obs: 90.39 % / 冗長度: 10.6 % / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 27.41 |
反射 シェル | 解像度: 1.3→1.32 Å / Rmerge(I) obs: 0.425 / Mean I/σ(I) obs: 1.07 / % possible all: 33.2 |
-解析
ソフトウェア | 名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0069 / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 解像度: 1.3→43.95 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.978 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.965 / SU B: 0.837 / SU ML: 0.034 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.048 / ESU R Free: 0.052 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 14.323 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.3→43.95 Å
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拘束条件 |
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