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万見
- PDB-4tn7: Crystal structure of mouse KDM2A-H3K36ME-NO complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4tn7
タイトルCrystal structure of mouse KDM2A-H3K36ME-NO complex
要素
  • (Lysine-specific demethylase ...) x 2
  • Peptideペプチド
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素)
機能・相同性
機能・相同性情報


histone H3K36me/H3K36me2 demethylase activity / [histone H3]-dimethyl-L-lysine36 demethylase / HDMs demethylate histones / neuroepithelial cell differentiation / unmethylated CpG binding / histone H3K36 demethylase activity / negative regulation of transcription by competitive promoter binding / heart looping / histone demethylase activity / Chromatin modifying enzymes ...histone H3K36me/H3K36me2 demethylase activity / [histone H3]-dimethyl-L-lysine36 demethylase / HDMs demethylate histones / neuroepithelial cell differentiation / unmethylated CpG binding / histone H3K36 demethylase activity / negative regulation of transcription by competitive promoter binding / heart looping / histone demethylase activity / Chromatin modifying enzymes / epigenetic regulation of gene expression / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / telomere organization / RNA Polymerase I Promoter Opening / Interleukin-7 signaling / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / DNAメチル化 / Condensation of Prophase Chromosomes / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / HCMV Late Events / PRC2 methylates histones and DNA / Defective pyroptosis / neural tube closure / HDACs deacetylate histones / RNA Polymerase I Promoter Escape / transcription coregulator activity / Transcriptional regulation by small RNAs / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / circadian regulation of gene expression / multicellular organism growth / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / NoRC negatively regulates rRNA expression / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / regulation of circadian rhythm / HDMs demethylate histones / neuron differentiation / PKMTs methylate histone lysines / RMTs methylate histone arginines / 遺伝的組換え / Pre-NOTCH Transcription and Translation / nucleosome assembly / double-strand break repair via nonhomologous end joining / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / HCMV Early Events / Transcriptional regulation of granulopoiesis / structural constituent of chromatin / ヌクレオソーム / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / 遺伝子発現 / chromatin organization / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / HATs acetylate histones / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / Oxidative Stress Induced Senescence / Estrogen-dependent gene expression / in utero embryonic development / cadherin binding / protein heterodimerization activity / Amyloid fiber formation / negative regulation of gene expression / クロマチン / positive regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of apoptotic process / protein-containing complex / DNA binding / extracellular exosome / zinc ion binding / extracellular region / 核質 / 生体膜 / 細胞核
類似検索 - 分子機能
Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #250 / PHD-finger / Jumonji, helical domain / Jumonji helical domain / Leucine-rich repeat, cysteine-containing subtype / Leucine-rich repeat - CC (cysteine-containing) subfamily / F-box-like / CXXC zinc finger domain / Zinc finger, CXXC-type / Zinc finger CXXC-type profile. ...Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #250 / PHD-finger / Jumonji, helical domain / Jumonji helical domain / Leucine-rich repeat, cysteine-containing subtype / Leucine-rich repeat - CC (cysteine-containing) subfamily / F-box-like / CXXC zinc finger domain / Zinc finger, CXXC-type / Zinc finger CXXC-type profile. / Fボックスタンパク質 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Cupin / A domain family that is part of the cupin metalloenzyme superfamily. / JmjC domain / JmjC domain profile. / Zinc finger, PHD-type, conserved site / Zinc finger PHD-type signature. / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger / Helix non-globular / Histone H3 signature 1. / Leucine-rich repeat domain superfamily / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Histone H3 signature 2. / ヒストンH3 / Histone H3/CENP-A / Special / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Histone-fold / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Jelly Rolls / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / 一酸化窒素 / コハク酸 / Lysine-specific demethylase 2A / ヒストンH3
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Cheng, Z.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
Lymphoma Society and the STARR foundation 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM079641 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM066569 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)F32 GM097779 米国
引用ジャーナル: Genes Dev. / 年: 2014
タイトル: A molecular threading mechanism underlies Jumonji lysine demethylase KDM2A regulation of methylated H3K36.
著者: Cheng, Z. / Cheung, P. / Kuo, A.J. / Yukl, E.T. / Wilmot, C.M. / Gozani, O. / Patel, D.J.
履歴
登録2014年6月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年5月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月20日Group: Advisory / Author supporting evidence ...Advisory / Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_entity_src_syn / pdbx_struct_oper_list / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_keywords
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_keywords.pdbx_keywords
改定 1.22019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年9月27日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lysine-specific demethylase 2A
B: Lysine-specific demethylase 2A
C: Lysine-specific demethylase 2A
D: Lysine-specific demethylase 2A
E: Peptide
F: Peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,81611
ポリマ－96,4386
非ポリマー3785
水7,278404
1
A: Lysine-specific demethylase 2A
B: Lysine-specific demethylase 2A
E: Peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,4236
ポリマ－48,2193
非ポリマー2043
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Lysine-specific demethylase 2A
D: Lysine-specific demethylase 2A
F: Peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,3935
ポリマ－48,2193
非ポリマー1742
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)55.063, 157.928, 48.706
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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Lysine-specific demethylase ... , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 Lysine-specific demethylase 2A / F-box and leucine-rich repeat protein 11 / F-box/LRR-repeat protein 11 / JmjC domain-containing ...F-box and leucine-rich repeat protein 11 / F-box/LRR-repeat protein 11 / JmjC domain-containing histone demethylation protein 1A / [Histone-H3]-lysine-36 demethylase 1A


分子量: 39031.324 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 36-364 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Kdm2a, Fbxl11, Jhdm1a, Kiaa1004 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL(DE3)
参照: UniProt: P59997, [histone H3]-dimethyl-L-lysine36 demethylase
#2: タンパク質 Lysine-specific demethylase 2A / F-box and leucine-rich repeat protein 11 / F-box/LRR-repeat protein 11 / JmjC domain-containing ...F-box and leucine-rich repeat protein 11 / F-box/LRR-repeat protein 11 / JmjC domain-containing histone demethylation protein 1A / [Histone-H3]-lysine-36 demethylase 1A


分子量: 7534.759 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 450-517 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Kdm2a, Fbxl11, Jhdm1a, Kiaa1004 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL(DE3)
参照: UniProt: P59997, [histone H3]-dimethyl-L-lysine36 demethylase

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タンパク質・ペプチド , 1種, 2分子 EF

#3: タンパク質・ペプチド Peptide / ペプチド


分子量: 1652.940 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Chemically synthesized peptide / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P68431*PLUS

-
非ポリマー , 4種, 409分子

#4: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION / 鉄


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#5: 化合物 ChemComp-NO / NITRIC OXIDE / Nitrogen monoxide / ニトロキシル / 一酸化窒素


分子量: 30.006 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO
#6: 化合物 ChemComp-SIN / SUCCINIC ACID / コハク酸 / コハク酸


分子量: 118.088 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O4
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 404 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.77 % / 解説: PLATE-LIKE CRYSTALS
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 100 mM Li-citrate 18-30% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 40902 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 2.9 % / Net I/σ(I): 9.1
反射 シェル解像度: 2.2→2.25 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.482 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 97.5

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: dev_1760) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2YU1

2yu1


解像度: 2.2→45.166 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.43 / 位相誤差: 28.34 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2794 2067 5.06 %RANDOM SELECTION
Rwork0.2294 ---
obs0.232 40864 97.63 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→45.166 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6673 0 20 404 7097
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0026873
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5329314
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.1112558
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0221000
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0021194
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.25440.33131380.27792367X-RAY DIFFRACTION93
2.2544-2.31080.31771240.27192634X-RAY DIFFRACTION98
2.3108-2.37330.32961360.26942596X-RAY DIFFRACTION98
2.3733-2.44310.34241550.27292608X-RAY DIFFRACTION98
2.4431-2.5220.30751330.25262571X-RAY DIFFRACTION98
2.522-2.61210.33661260.252637X-RAY DIFFRACTION98
2.6121-2.71670.30291460.24982584X-RAY DIFFRACTION98
2.7167-2.84030.28221300.24212581X-RAY DIFFRACTION98
2.8403-2.990.31281360.2442564X-RAY DIFFRACTION98
2.99-3.17730.31631400.23652608X-RAY DIFFRACTION98
3.1773-3.42250.28461490.2262586X-RAY DIFFRACTION97
3.4225-3.76680.23851290.20232604X-RAY DIFFRACTION98
3.7668-4.31150.23541380.19862625X-RAY DIFFRACTION98
4.3115-5.43060.23721390.20382612X-RAY DIFFRACTION98
5.4306-45.17570.261480.22442620X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 13.8096 Å / Origin y: -1.0164 Å / Origin z: 10.9226 Å
111213212223313233
T0.2097 Å20.0113 Å2-0.0055 Å2-0.2252 Å20.0119 Å2--0.191 Å2
L0.0586 °2-0.1748 °2-0.1084 °2-0.466 °20.1921 °2---0.033 °2
S-0.0151 Å °0.0075 Å °0.0036 Å °0.0141 Å °0.0055 Å °0.0292 Å °-0.005 Å °-0.0072 Å °0.0017 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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