PDB-4s3k: Crystal structure of the Bacillus megaterium QM B1551 spore corte...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4s3k

タイトル

Crystal structure of the Bacillus megaterium QM B1551 spore cortex-lytic enzyme SleL

要素

Spore germination protein YaaH

発芽

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) /

TIM Barrel (TIMバレル) /

N-acetylglucosaminidase

機能・相同性

機能・相同性情報

加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素 / hydrolase activity, acting on glycosyl bonds /

chitin binding / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus megaterium (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Christie, G. / Chirgadze, D.Y. / Ustok, F.I.

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2015
タイトル: Structural and functional analysis of SleL, a peptidoglycan lysin involved in germination of Bacillus spores.
著者: Ustok, F.I. / Chirgadze, D.Y. / Christie, G.

履歴

登録	2015年2月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年8月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年9月23日	Group: Database references
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4s3k.cif.gz	261.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4s3k.ent.gz	217 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4s3k.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s3/4s3k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s3/4s3k	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4s3jC 3cz8 4f55 4fet C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1c1a-d 6tbk-2 5dmk-3 5lm5-1 3au1-d 6pkc-1 2qx2-d 4fbw-2 6syi-d 6tbk-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#211 - 2017年7月線毛機械 (Pilus Machine) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Spore germination protein YaaH

ヘテロ分子

49.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	63.439, 80.496, 90.328
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Spore germination protein YaaH / 発芽分子量: 49261.215 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 2-433 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus megaterium (バクテリア) 株: ATCC 12872 / QMB1551 / 遺伝子: 8984459 (BMQ_0021), BMQ_0021, yaaH / プラスミド: pNZ / 発現宿主: Lactococcus lactis (乳酸菌) 参照: UniProt: D5DUS2, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 441 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.46 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M sodium sulfate, 20% (w/v) PEG 3,350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年3月10日
放射	モノクロメーター: Single crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→43.63 Å / Num. all: 51363 / Num. obs: 51055 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5 % / B_iso Wilson estimate: 17.7 Å² / R_merge(I) obs: 0.087 / R_sym value: 0.087 / Net I/σ(I): 11.6
反射シェル	解像度: 1.7→1.79 Å / 冗長度: 5.1 % / R_merge(I) obs: 0.725 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 7431 / R_sym value: 0.725 / % possible all: 98.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MxCuBE		データ収集
PHENIX	(phenix.refine: 1.9_1692)	モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.9_1692)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.9_1692	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.7→40.248 Å / SU ML: 0.14 / σ(F): 1.45 / 位相誤差: 16.96 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1844	2000	3.92 %	Random
R_work	0.1672	-	-	-
obs	0.1679	50990	98.85 %	-
all	-	51583	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→40.248 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3402	0	10	441	3853

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	3485
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.864	4721
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.466	1311
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.036	511
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	615

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7-1.7426	0.27	139	0.2627	3402	X-RAY DIFFRACTION	98
1.7426-1.7897	0.2748	142	0.2482	3477	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7897-1.8423	0.2528	141	0.2257	3463	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8423-1.9018	0.244	141	0.2072	3454	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9018-1.9698	0.1869	142	0.1818	3466	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9698-2.0486	0.1766	142	0.1705	3470	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0486-2.1419	0.1884	140	0.1612	3452	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1419-2.2548	0.1982	143	0.1529	3501	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2548-2.3961	0.1836	143	0.1535	3499	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3961-2.581	0.1762	143	0.1581	3509	X-RAY DIFFRACTION	99
2.581-2.8407	0.1715	144	0.1626	3517	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8407-3.2516	0.1556	144	0.1567	3534	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2516-4.096	0.1635	146	0.1527	3564	X-RAY DIFFRACTION	99
4.096-40.2593	0.1798	150	0.1572	3682	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2378	0.0094	-0.052	0.0776	-0.0477	0.1709	0.0117	0.0099	-0.0141	0.0688	-0.0303	-0.0429	-0.0665	0.0845	-0.0151	0.1453	-0.015	-0.0256	0.1368	0.0159	0.1392	52.3001	29.0296	84.7644
2	0.3499	0.0193	-0.0324	0.2177	-0.2839	0.441	-0.5731	0.3665	0.3907	-0.397	0.0315	0.162	-0.0444	0.4962	-0.3864	0.4657	-0.0138	-0.1655	0.3845	-0.0125	0.2995	54.4526	48.9621	91.2799
3	0.9987	0.0961	-0.2023	0.7706	-0.221	0.4593	-0.0167	0.114	0.0205	-0.0581	0.0294	0.0549	0.023	-0.0477	-0.0001	0.123	0.0042	-0.0041	0.1309	0.0036	0.0966	19.1228	29.9393	68.9989
4	0.3823	-0.0234	-0.1761	0.4688	0.0712	0.7575	-0.0315	0.1441	-0.0581	-0.0962	0.0018	-0.1082	0.0223	-0.0747	0.0201	0.1182	-0.0219	0.0114	0.1304	-0.0236	0.1459	46.4119	18.9693	65.4839
5	0.2832	-0.0254	0.0895	0.0675	0.0145	0.1567	-0.0342	0.0088	-0.0035	0.0658	0.0202	-0.0341	-0.0515	0.011	-0.0043	0.1303	-0.0016	-0.0026	0.1131	0.0015	0.1406	34.4571	34.8558	77.3315

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID -2:48 )	A	-2 - 48
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 49:98 )	A	49 - 98
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 99:323 )	A	99 - 323
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND RESID 324:384 )	A	324 - 384
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN A AND RESID 385:430 )	A	385 - 430

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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