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- PDB-4s2n: OXA-48 in complex with Avibactam at pH 8.5 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4s2n
タイトルOXA-48 in complex with Avibactam at pH 8.5
要素(Beta-lactamaseΒ-ラクタマーゼ) x 2
キーワードhydrolase/antibiotic / hydrolase-antibiotic complex
機能・相同性
機能・相同性情報


penicillin binding / antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / Β-ラクタマーゼ / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase, class-D active site / Beta-lactamase class-D active site. / Penicillin-binding protein, transpeptidase / Penicillin binding protein transpeptidase domain / Β-ラクタマーゼ / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-NXL / Β-ラクタマーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者King, D.T. / Strynadka, N.C.J.
引用ジャーナル: ACS Infect Dis / 年: 2015
タイトル: Molecular Mechanism of Avibactam-Mediated beta-Lactamase Inhibition.
著者: King, D.T. / King, A.M. / Lal, S.M. / Wright, G.D. / Strynadka, N.C.
履歴
登録2015年1月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年2月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年6月3日Group: Non-polymer description
改定 1.22016年9月28日Group: Database references
改定 1.32017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase
B: Beta-lactamase
C: Beta-lactamase
D: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,7428
ポリマ－121,6734
非ポリマー1,0694
水6,936385
1
A: Beta-lactamase
C: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,3714
ポリマ－60,8362
非ポリマー5352
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Beta-lactamase
D: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,3714
ポリマ－60,8362
非ポリマー5352
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,7072
ポリマ－30,4401
非ポリマー2671
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
B: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,7072
ポリマ－30,4401
非ポリマー2671
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
C: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,6642
ポリマ－30,3971
非ポリマー2671
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
D: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,6642
ポリマ－30,3971
非ポリマー2671
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)142.039, 142.039, 50.401
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32
詳細This protein behaves as a dimer in solution

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要素

#1: タンパク質 Beta-lactamase / Β-ラクタマーゼ


分子量: 30439.725 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: bla OXA-48, blaOXA-48, FP68_27275, KPE71T_00045 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6XEC0, Β-ラクタマーゼ
#2: タンパク質 Beta-lactamase / Β-ラクタマーゼ


分子量: 30396.721 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: bla OXA-48, blaOXA-48, FP68_27275, KPE71T_00045 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6XEC0, Β-ラクタマーゼ
#3: 化合物
ChemComp-NXL / (2S,5R)-1-formyl-5-[(sulfooxy)amino]piperidine-2-carboxamide / avibactam, bound form / NXL104, bound form / Avibactam


分子量: 267.260 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H13N3O6S / コメント: 抗生剤, 阻害剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 385 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.02 %
結晶化温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1M TRIS pH 8.5, 20% ethanol, 2mM avibactam, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08B1-1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月13日
放射モノクロメーター: double crystal monochromator (DCM)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→52.66 Å / Num. all: 76871 / Num. obs: 76256 / % possible obs: 99.2 %
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxDCデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0071精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3HBR

3hbr


解像度: 2→52.66 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.182 / ESU R Free: 0.155 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22293 3823 5 %RANDOM
Rwork0.19167 ---
obs0.19321 72459 99.27 %-
all-73039 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 34.586 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.47 Å2-0.73 Å20 Å2
2---1.47 Å20 Å2
3---4.76 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→52.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7935 0 68 385 8388
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.0198207
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.027701
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.4211.92711123
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.757317643
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.5735965
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.73324.476420
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.882151424
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.1311548
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1520.21173
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0160.029341
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0310.022055
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.7933.2113884
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.7933.2113883
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.7234.7984841
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.7234.7994842
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.3023.5974323
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.2993.5944317
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.2375.2296262
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.07726.32710085
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.08326.279898
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.303 282 -
Rwork0.29 5343 -
obs--99.26 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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