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- PDB-4s2d: Joint X-ray/neutron structure of Trichoderma reesei xylanase II i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4s2d
タイトルJoint X-ray/neutron structure of Trichoderma reesei xylanase II in complex with MES at pH 5.7
要素Endo-1,4-beta-xylanase 2キシラナーゼ
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / glycoside hydrolase (グリコシダーゼ)
機能・相同性
機能・相同性情報


endo-1,4-beta-xylanase activity / キシラナーゼ / xylan catabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase family 11, active site 2 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) active site signature 2. / Glycoside hydrolase family 11/12, catalytic domain / Glycoside hydrolase family 11, active site 1 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) active site signature 1. / Glycoside hydrolase family 11 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) domain / Glycosyl hydrolases family 11 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) domain profile. / Glycoside hydrolase family 11/12 ...Glycoside hydrolase family 11, active site 2 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) active site signature 2. / Glycoside hydrolase family 11/12, catalytic domain / Glycoside hydrolase family 11, active site 1 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) active site signature 1. / Glycoside hydrolase family 11 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) domain / Glycosyl hydrolases family 11 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) domain profile. / Glycoside hydrolase family 11/12 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DEUTERATED WATER / IODIDE ION / Endo-1,4-beta-xylanase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Trichoderma reesei (菌類)
手法X線回折 / 中性子回折 / NUCLEAR REACTOR / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Kovalevsky, A.Y. / Wan, Q. / Langan, P.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2015
タイトル: Direct determination of protonation states and visualization of hydrogen bonding in a glycoside hydrolase with neutron crystallography.
著者: Wan, Q. / Parks, J.M. / Hanson, B.L. / Fisher, S.Z. / Ostermann, A. / Schrader, T.E. / Graham, D.E. / Coates, L. / Langan, P. / Kovalevsky, A.
履歴
登録2015年1月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年9月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年10月14日Group: Database references
改定 1.22015年10月21日Group: Database references
改定 1.32015年12月2日Group: Atomic model
改定 2.02019年12月25日Group: Derived calculations / Polymer sequence
カテゴリ: entity_poly / pdbx_struct_mod_residue / struct_conn
Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_struct_mod_residue.parent_comp_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endo-1,4-beta-xylanase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,1613
ポリマ－20,8381
非ポリマー3222
水2,720151
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.174, 60.214, 70.434
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Endo-1,4-beta-xylanase 2 / キシラナーゼ / Xylanase 2 / 1 / 4-beta-D-xylan xylanohydrolase 2


分子量: 20838.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trichoderma reesei (菌類) / 参照: UniProt: P36217, キシラナーゼ
#2: 化合物 ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド / ヨウ化物


分子量: 126.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#3: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸 / MES (緩衝剤)


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-DOD / water / 重水 / 重水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 151 / 由来タイプ: 天然 / 式: D2O

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実験情報

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実験

実験
手法使用した結晶の数
X線回折1
中性子回折2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.84 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 1.5M MES, 0.2M NaI, PEG8000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K, pH 6.0

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
12931
22911
放射光源
由来ビームラインタイプID波長 (Å)波長
回転陽極RIGAKU MICROMAX-007 HF11.54
NUCLEAR REACTORPCSその他20.7-6.0
検出器
タイプID検出器日付詳細
RIGAKU RAXIS IV++1IMAGE PLATE2009年10月10日OSMIC VARIMAX
3HE POSITION SENSITIVE DETECTOR2AREA DETECTOR2010年2月2日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1noneSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2noneneutron1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.541
20.71
361
反射

Entry-ID: 4S2D

解像度 (Å)Num. obs% possible obs (%)Observed criterion σ(I)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-IDNet I/σ(I)
1.55-403040297.940.046122.2
2-22.851239885.51.43.30.22325
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.55-1.612.40.2034.6183.4
2-2.1120.3691.6272.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
nCNS1.0.0精密化
HKL-2000FOR X-RAYデータ収集
d*TREKFOR NEUTRONデータスケーリング
HKL-2000FOR X-RAYデータ削減
d*TREKFOR NEUTRONデータ削減
HKL-2000FOR X-RAYデータスケーリング
CNS位相決定
精密化

Biso max: 76.77 Å2 / Biso mean: 22.77 Å2 / Biso min: 10.1 Å2 / R Free selection details: RANDOM / 交差検証法: FREE R-VALUE / 構造決定の手法: 分子置換 / 立体化学のターゲット値: JOINT X-RAY/NEUTRON ML / 溶媒モデル: CNS BULK SOLVENT MODEL USED

解像度 (Å)Refine-IDRfactor RfreeRfactor Rfree errorRfactor RworkNum. reflection RfreeNum. reflection RworkNum. reflection allNum. reflection obs% reflection Rfree (%)% reflection obs (%)Diffraction-IDBsol (Å2)ksol (e/Å3)
1.6-19.99X-RAY DIFFRACTION0.1960.0050.19213512539328247267445.194.7145.0840.306471
2-19.99NEUTRON DIFFRACTION0.2790.0110.243588111011465811689579.7236.54050.630218
Refine analyze
Refine-ID#notag 0
X-RAY DIFFRACTION
FreeObs
Luzzati coordinate error0.180.17
Luzzati d res low-5
Luzzati sigma a0.10.1
Luzzati d res high-1.6
NEUTRON DIFFRACTION
FreeObs
Luzzati coordinate error0.340.3
Luzzati d res low-5
Luzzati sigma a0.640.55
Luzzati d res high-2
Refine funct minimized
Refine-IDタイプ
X-RAY DIFFRACTIONJOINT X-RAY/NEUTRON ML
NEUTRON DIFFRACTIONJOINT X-RAY/NEUTRON ML
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→19.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1480 0 13 151 1644
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d23.5
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d2.62
NEUTRON DIFFRACTIONx_bond_d0.01
NEUTRON DIFFRACTIONx_angle_deg1
NEUTRON DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d23.5
NEUTRON DIFFRACTIONx_improper_angle_d2.62
LS精密化 シェル

Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection Rfree% reflection Rfree (%)Rfactor RworkNum. reflection RworkRefine-IDRfactor Rfree errorNum. reflection allNum. reflection obs% reflection obs (%)
1.6-1.670.251545.30.2482734X-RAY DIFFRACTION0.023485288882.9
1.67-1.760.2191414.50.2222960X-RAY DIFFRACTION0.0183481310189.1
1.76-1.870.2091705.20.23098X-RAY DIFFRACTION0.0163484326893.8
1.87-2.020.2081755.20.1983205X-RAY DIFFRACTION0.0163518338096.1
2.02-2.220.2071785.20.2053244X-RAY DIFFRACTION0.0153507342297.6
2.22-2.540.2141815.30.2113264X-RAY DIFFRACTION0.0163516344598
2.54-3.20.2311654.60.2063386X-RAY DIFFRACTION0.0183577355199.2
3.2-19.990.1541875.10.1613502X-RAY DIFFRACTION0.0113719368999.2
2-2.090.392625.50.3741060NEUTRON DIFFRACTION0.051802112262.3
2.09-2.20.36625.10.3571146NEUTRON DIFFRACTION0.0461796120867.3
2.2-2.340.353665.10.3151228NEUTRON DIFFRACTION0.0431819129471.1
2.34-2.520.314765.60.3011283NEUTRON DIFFRACTION0.0361802135975.4
2.52-2.770.335704.70.2831424NEUTRON DIFFRACTION0.041824149481.9
2.77-3.170.302684.30.2491528NEUTRON DIFFRACTION0.0371832159687.1
3.17-3.990.211965.50.1721647NEUTRON DIFFRACTION0.0221847174394.4
3.99-19.990.191884.70.1621785NEUTRON DIFFRACTION0.021951187396

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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